吳軍果然在巷戰中進展極不順利，即便炸開了九江東門的內外兩道城門和兩道應急千斤閘，劉銘傳的銘字營主力直接殺進了城內，吳軍將士也無法迅速擊潰敵人，殺入城池內部迫使太平軍棄城。
具體原因和左宗棠預料分析的完全一模一樣，太平軍的巷戰準備做得太充足了，城內每一條街道上都有幾十上百的半地下工事，依靠民房院牆修築的地上工事更是數不勝數，大大小小的射擊孔密密麻麻連房頂上都有，嚴密封鎖了城裡的大街小巷，對城中道路地形一無所知的劉銘傳軍貿然殺入城內，自然遭到了太平軍將士的迎頭痛擊。
如果不是太平軍此前對東門重視程度不夠，各種各樣的巷戰工事大半閑置，劉銘傳軍肯定是在城裡立足多難。如果不是左宗棠知人善任，派出了楊文定麾下最精銳的曹炎忠部啃這塊硬骨頭，換成其他軍隊，也肯定早就被太平軍的密集巷戰火力給攆出城去了。
即便如此，劉銘傳軍在九江城裡仍然打得是萬分艱難，敵人的巷戰火力太過密集，地形又不熟悉，只能是靠著附近的房屋和太平軍準備用來堵塞城門的沙包隱蔽藏身，一邊不斷開槍射擊，一邊將手雷彈擲入民房，逐房逐院的與太平軍爭奪城內空間。期間不斷遭到太平軍明暗工事的冷槍射擊，還有城牆上的太平軍士卒也不斷開槍襲擊劉銘傳軍，吳軍將士也因此傷亡相當不小。
攻堅經驗欠缺，還是在吳軍後隊用飛梯向城牆高地發起進攻時，過於緊張的劉銘傳才突然想起曹炎忠的戰前叮囑——進城後一定得首先搶佔上城坡道，奪占城牆高地！暗罵自己糊塗之餘，劉銘傳不敢再浪費時間，趕緊派軍向鄰近的上城坡道發起進攻，然而亡羊補牢的時間稍微晚了一點，經驗豐富的太平軍早已用火力嚴密封鎖了上城坡道，劉銘傳軍的第一次進攻被直接殺退。
這時，匆匆從南門趕來增援的太平軍林啟榮部也已經加入了戰場，向吳軍陣地發起猛攻，徹底回過神來的太平軍東門守軍李天開部也已經迅速進入工事就位，太平軍的火力為之猛增。劉銘傳別無選擇，只能是大吼一聲，親自率領本哨人馬向上城坡道發起衝鋒，不惜代價的搶佔城牆高地——只有搶到了這個位置，吳軍才有希望在城裡站穩腳步。
事實再一次證明了左宗棠的高瞻遠矚，面對著太平軍的密集火力，不管換楊文定麾下任何一支軍隊來，都絕無任何可能搶佔坡道攻上城牆。惟有經過嚴格訓練和武器裝備領先太平軍一個代差的吳軍將士有這個希望，不管太平軍的火力再猛烈，吳軍將士都是前仆後繼的衝鋒不止，一有機會就馬上拋出手雷彈，不惜代價以價格昂貴的苦味酸手雷，硬生生的炸亂了堵住坡道開槍的太平軍士兵，炸出上城道路，在付出了數十人的死傷後，終於還是殺上了城牆。
殺上了城牆也改變不了被動局面，城牆上的太平軍士卒象發了瘋一樣的不斷左右撲來，城下的林啟榮軍也吼叫著直接沖向上城坡道，阻止劉銘傳的後軍上城，同時城上城下的太平軍士兵也不斷開槍開炮，搬運土石沙包，堵塞城門甬道，拼了老命的阻止吳軍的後軍進城。曹炎忠派出的第二個營招架不住太平軍的猛烈火力和不斷投下的火藥包，沖不破城門封鎖，只能是在太平軍火力比較微弱的城門兩旁以飛梯上城，和劉銘傳軍打得是一樣的艱難痛苦，空有優勢武器卻難以發揮。
東門戰事直到劉銘傳軍大部分衝上了城牆，吳軍才逐漸穩住局面，靠著擊針槍的快射優勢和手雷奮力殺潰從兩旁湧來的太平軍士卒，排起密集橫隊施展線性戰術，把城牆上隨後趕來的太平軍士卒接連擊退，保護住了一定陣地空間，讓後軍可以踏著飛梯順利上城，逐步補強城上兵力。然而太平軍也憑藉著事前準備的充足沙包，迅速封鎖了城門甬道，堵住了吳軍將士直接進城的道路，逼迫吳軍只能是踏梯上城，成功延緩了吳軍將士的兵力投入速度，為主力驅逐吳軍出城創造了時間和機會。
事情到了這一步，太平軍當然是只能全力拚命了，不用林啟榮和李天開下令，經驗豐富的太平軍將士就已經自發的發起衝鋒，紅著眼睛大吼，「殺！殺！一定要把清妖趕下城去！絕不能讓他們在城牆上站穩了！」
擊針槍畢竟不是馬克沁機槍，射速再快也擋不住太平軍將士前仆後繼的瘋狂衝鋒，隨著之前被迫大量消耗的手雷逐漸用盡，太平軍將士也逐漸能夠殺到吳軍面前，吳軍將士被迫挺起刺刀打白刃戰，火力也隨之大減，本來就不小的傷亡迅速開始擴大。
這時，蕭啟江的副手胡中和也已經帶著兩個營的楚勇和左宗棠的最高指示來到了曹炎忠面前，正在猶豫是否投入預備隊的曹炎忠一聽大喜，趕緊讓胡中和派遣一個營上前助戰，攜帶飛梯衝擊城牆。同時果斷下令擲彈筒上前，以可以曲射的擲彈筒轟擊城牆上的太平軍，又命令後營設法向城牆上方輸送手雷，盡最大努力為正在苦戰的劉銘傳分擔壓力。
左宗棠和曹炎忠都做出最為正確的選擇，即便只是裝備火繩槍，但是胡中和麾下的楚勇用飛梯向城牆發起衝擊時，太平軍還是被迫分出了兵力封堵阻攔，同樣起到了為劉銘傳軍分擔壓力的作用。同時無法迅速大量上城的吳軍後隊也調整戰術，把手雷彈集中交給幾個士兵，讓他們背著攀爬上城，給手雷已經全部用光的劉銘傳軍送來近戰利器，劉銘傳所部將士將手雷大量拋出後，也果然就炸退了正在拚命上前的太平軍後隊，為正在打刺刀見紅戰的同伴緩解了巨大壓力。
這麼做不過只是讓劉銘傳可以稍微喘一口氣，深知能否奪回城牆關係九江存亡，別無選擇的太平軍將士仍然還在不斷從南北西三個方向殺來。而太平軍主將羅大綱更狠，一邊派軍從北門出城，迂迴殺來東門攻打攻城吳軍側翼，一邊緊急調集城中火炮趕赴東門增援，還大吼道：「瞄準清妖所在的位置，使勁的轟！不要誤傷我們的自己人，不管是多少人，都要把城牆上的清妖給我趕下去！」
……
劉銘傳在九江城上苦戰的時候，已經率軍抵達九江水面的太平軍水師大將韋俊卻陷入了尷尬之中——也不知道清軍水師是吃錯了什麼葯，明明肯定知道有運兵船的存在，卻死活不肯離開營地出港交戰，躲在有岸炮和鐵鏈保護的小池口營地中一動不動，太平軍水師正面進攻勝算微乎其微。
更尷尬的是，如果韋俊保護的是真的運兵船隊還好，那倒是可以乘機讓船上的陸師戰兵登陸，增援已經打得熱火朝天的東門戰場，然而太平軍的所謂運兵船上面裝的，卻偏偏是土石沙包，運兵船乘機靠岸也毫無作用。被迫無奈之下，韋俊只能是派遣快船返回湖口，向秦日綱請示如何應對。
很巧，韋俊的信使趕到湖口時，正好羅大綱的快船也帶來了求援的消息——鑒於東門戰場的形勢嚴峻，羅大綱要求秦日綱出兵一支，攻打東門外的清軍背後，為東門戰場緩解壓力。秦日綱聞訊也沒猶豫，馬上命令石鎮吉率領兩千戰兵登船，派遣一支小拔船隊保護了去三聖寺登陸，同時又命令韋俊解除偽裝，北上小池口攔截清軍水師的出擊道路，以免清軍水師忽然出兵，突襲太平軍的真正運兵船隊。
靠著斥候快船的辛苦努力，左宗棠及時收到了太平軍第二支運兵船隊出動的消息，然而非常遺憾的是，隨之傳來的，還有太平軍水師前隊已經解除偽裝並且向小池口開拔的消息。暗嘆了一句長毛那邊果然夠小心後，左宗棠抿嘴盤算了片刻，終於還是下令道：「發信號，讓鮑超出擊！不管能不能攔住，都要賭一把！」
命令發出，楊文定的親兵立即在約定地點燃放煙火，光點飛上半空炸開後，早就已經登上旗艦的鮑超也知道是出動的時候了，然而解除了偽裝的太平軍船隊已經趕到了小池口附近列隊，此時出擊無疑十分冒險，幾個部下都勸鮑超慎重考慮。但鮑超猶豫了一下，終於還是大吼道：「出擊！全力沖向下游！」
保護船隊的鐵鏈落入江中，水手一邊搖櫓划槳，一邊迅速張帆，爭分奪秒的駛出營地，調整船頭指向下游。早有準備的太平軍水師也立即搖櫓划槳迎上，全力攔截清軍船隊。
大概是曾老師的在天之靈保佑，關鍵時刻，狗屎運站在了受過曾國藩知遇之恩的鮑超一邊——清軍船隊出港時，之前還風力很小的北風突然加大，大大加快了地處北面的鮑超軍船速，卻給太平軍的長龍、快蟹和拖罟這些大船製造了巨大麻煩，無法跟上小拔船的速度。而小拔船又過於輕小，根本不敢和清軍的大船正面相撞，船借風勢，清軍的大船如同一條條利箭一般，直接就衝過了太平軍的小拔船隊，衝過阻攔直向下游。
「天助我也！天助我也！老天爺幫忙啊！老天爺，你幫我大忙啊！」
鮑超欣喜若狂大吼的時候，韋俊卻是急得臉色都白了，趕緊大吼道：「打旗號，全軍追擊！追！追！千萬不能讓清妖攔住我們的運兵船隊！」
清軍水師憑藉突然颳起的凜冽北風，奇蹟般突破太平軍水師攔截殺向下游的消息送到左宗棠等人面前後，楊文定當然是對著天空又拱手又作揖，連連感謝上天幫忙。左宗棠也難得開懷大笑，「運氣好