大皇子朱慈焱遇刺之後，京城裡的氣氛陡然緊張起來，掀起的風浪與洶湧波濤也還在繼續，滿朝文武百官除了不斷上奏發表意見強烈要求把幕後真兇繩之以法外，背底里更是議論紛紛，分析事件真相。但還是那句話，魏忠賢一家獨大獨霸朝政，實在不得人心，雖然有不少官員明明已經看出魏忠賢被栽贓嫁禍的可能性非常之大，可是為了扳倒魏忠賢和打破閹黨獨霸朝政的局面，這些人還是不約而同的把矛頭指向魏忠賢，儘管明面上不敢公然指證出來，在暗底下卻是謠言滿頭飛，說得有鼻子有眼睛，就連魏忠賢是怎麼收買威逼的乳母刺殺朱慈焱的詳細細節都捏造了出來，眾口一詞全都把屎盆子扣到魏忠賢頭上——歷史上也是這樣，魏忠賢身上的所謂罪名，起碼有一半是別人硬扣上去的。
為了儘快抓捕真兇洗刷自己的冤屈，魏忠賢直接控制的東廠番役和鎮撫司錦衣衛也是傾巢出動，嚴密調查京城裡的一切可疑人物，尤其是嫌疑最大的客巴巴外宅所在的肥羊衚衕里，更是時時刻刻都有無數東廠密探、鎮撫司眼線上竄下跳，不要說客巴巴的正牌子老公侯二和親生兒子侯國興了，就是客府的一個普通下人上街買菜，身後也有三四個東廠的情報高手盯著。可是折騰來折騰去，東廠和鎮撫司不僅沒有在客巴巴家人身上找到半點線索，反而讓客巴巴勃然大怒，對魏忠賢怨恨更生，幾乎形同決裂。
狼狽為奸的魏忠賢和客巴巴終於產生分歧，早就恨這對姦夫淫婦狗男女入骨的張嫣乘虛而入，利用自己與客巴巴共同侍侯明熹宗養病的機會，聽從父親張國紀的驅虎吞狼建議，對客巴巴是刻意討好，加倍巴結，還借口自己兒子已經被魏忠賢買兇殺害，主動表明態度，準備將客巴巴侄女客妃所生的三皇子朱慈焜收入正宮撫養，明確客巴巴堂孫的皇帝嫡子身份，不讓魏忠賢的奸計得逞。天上掉下這麼大的一個餡餅，其實並沒有特別指望自己堂孫能夠當上皇帝的客巴巴自然是喜不自勝，不僅與張嫣的惡劣關係大為改善，還動起了與張嫣聯手幹掉魏忠賢的心思——畢竟，客巴巴也有自己的私心，為了利益可以和魏忠賢緊密勾結狼狽為奸，為了自己的利益，當然也能和魏忠賢反目成仇，拔刀相向。
有了客巴巴的幫助與配合，保皇黨與張嫣借刀殺人除掉魏忠賢的計畫自然進行得非常順利，加上朱由校心疼長子之死，也確實對魏忠賢產生了一點懷疑，所以到了十一月十七日這天、同時也是朱慈焱遇刺後的第二天，明熹宗聽從張嫣與客巴巴的建議，借口東廠與鎮撫司辦案不力，採納國子監副司業朱三俊的奏章，準備委派一名重臣會同三法司，專職調查此案。而躺在病榻上的魏忠賢聽到這個消息後，立時就嗅到了一股陰謀的味道，知道這肯定是自己對頭們搞的鬼，準備利用這個轟動天下的大案扳倒自己，膽怯之下，魏忠賢趕緊指使大小黨羽一起上書，舉薦鐵杆死黨崔呈秀專辦此案。
做出努力的不只魏忠賢一黨，張大少爺在京城的狗少黨官員害怕城門失火，殃及池魚，也是一起上書，把狗少黨中最有正名的劉若宰推了出去，請求明熹宗委派公認正直無私的劉若宰專職查辦此案，另外還有一些中立派官員也推出了一些正臣名臣查辦此案。可是眾人目瞪口呆的是，當他們的舉薦奏章還沒寫完的時候，明熹宗又飛快頒布了一道聖旨，點名讓自己的親弟弟、已經被廢為庶人又押回保定看押囚禁的前信王——朱由檢，專職查辦此案！
朱由檢與張大少爺的恩怨天下皆知，魂飛魄散之餘，狗少黨官員一邊趕緊向張大少爺稟報此事，一邊與閹黨勾結在一起，上書強烈反對明熹宗的這個決定，理由也十分之充分——廢信王朱由檢是獲罪於天地祖宗，這才導致了震驚天下的天啟大爆炸，重新啟用此人，只怕上天又會重新降下災難，重蹈覆轍。但很可惜的是，明熹宗只用了一句話就堵住了百官的嘴，「朱慈焱遇害是朕的家事，朕讓親弟弟查這個案子也是朕的家事，你們管不著。再說了，朕又沒有恢複朱由檢的王爵，更沒有委任他官職，只是讓他叔叔身份去查侄子遇害一案的真兇，既不違背朝廷例條，也沒有違反祖宗家法，有什麼不合適的？」
被保皇黨和張嫣蠱惑的明熹宗固執己見，強行通過了這個決議後，宣朱由檢進京查案的旨意很快送到了保定，五天後，朱由檢也終於再次回到了闊別已久的大明京城，並且立即得到了明熹宗的召見。時隔四年兄弟見面，少不得一場抱頭痛哭，好不容易等到哭夠了，明熹宗這才抱起跪在面前的弟弟，仔細打量，一看之下，明熹宗忍不住眼淚再次奪眶而出，短短四年多時間不見，朱由檢雖然長高了許多，臉龐卻消瘦成了骷髏模樣，二十歲剛到的人，兩鬢就已然有些花白，眼角還生出了不少皺紋。心疼之下，對家人極好的明熹宗忍不住嚎啕大哭，拉著朱由檢問道：「由檢，你怎麼頭髮白了這麼多？這些年，你一定吃了不少苦頭吧？都是哥哥把你削去王爵，發往甘肅圈禁，把你害成這樣的啊。」
「皇兄，這不怪你，這都是臣弟自作自受。」朱由檢大哭說道：「當年如果不是臣弟一念之差，私匿了皇兄的傳位詔書，上天又怎麼會降下大災，警醒皇兄？這都是臣弟自作自受，與皇兄無關。」說罷，朱由檢又從懷裡掏出三本書籍，舉起左手，露出五根儘是傷疤的手指，大哭說道：「這四年多來，臣弟每天都用自己的血書寫血經，為皇兄和皇嫂祈福，只是沒想到天不遂願，再次見面時，皇兄你竟然病成了這樣。這是臣弟書寫的三本血經，請皇兄收下，希望上天垂憐，讓皇兄的龍體早日康復。」
說著，朱由檢把血經捧到明熹宗面前，明熹宗打開書本一看，見上面果然是用鮮血寫成的祈壽延年經文，頓時更是淚如雨下，抱著朱由檢嚎啕大哭，「皇弟，你受苦了，哥哥對不起你，對不起當年把你託付給朕的母后啊。」朱由檢磕頭大哭，旁邊的張嫣也是眼淚汪汪，益發感覺自己力勸丈夫召回小叔子是一個無比正確的決定，有了小叔子幫忙，自己除掉魏忠賢的計畫肯定能夠成功。
好不容易又哭夠了，明熹宗這才抹著眼淚把朱由檢攙起來，讓他坐到自己的身邊，哽咽說道：「由檢，皇兄這才把你召回京城，除了想讓你替朕查出皇子遇害一案真相，還有就是希望你能借著這個機會，為朝廷和祖宗江山立下一份功勞，這樣朕才有機會重新封你為王。所以，這一次，你一定要盡心儘力的當差，一定要查出真相，為你的侄子報仇，也為皇兄爭上一口氣，出一口氣。」
「皇兄放心，臣弟一定盡心儘力，絕不辜負皇兄的一片苦心。」朱由檢含淚答道。見明熹宗欣慰點頭，朱由檢又試探著問道：「皇兄，臣弟斗膽問上一句，這個案子如果查出幕後真兇，乃是朝中重臣，或者是皇兄身邊得用的人，那臣弟應該怎麼辦？」
「只要你能查出真憑實據，那不管是誰，朕都絕不輕饒！」明熹宗咬牙切齒的回答一句，末了，明熹宗又補充一句，「當然了，你也不能藉機報復，冤枉好人，要實事求是，要依法依理辦案，千萬不能為了個人私怨冤枉了無辜，放跑了真正的兇手。」
「臣弟遵旨。」朱由檢流淚答應。旁邊張嫣插嘴問道：「小叔，這個案子，你打算怎麼查？從誰查起？」
「皇嫂請放心，臣弟都已經想好了。」朱由檢咬牙切齒的說道：「臣弟打算從那個刺客的身上查起，那個刺客雖然已經自殺身亡，她的家人也全部被人滅了口，可是臣弟認為，殺死刺客家眷滅口的人，未必不會害怕自己又被真兇滅口，所以只要查到這個滅口的人，就一定能查到殺害皇子的幕後真兇。」
「很好。」明熹宗不懂辦案只覺得弟弟說得有道理，根本不知道東廠和鎮撫司其實早就按著朱由檢說的法子去查得天翻地覆都沒有半點收穫了，只是點頭說道：「你就這麼去辦吧，朕已經頒布了旨意，讓刑部、都察院、大理寺、東廠、鎮撫司和順天府這樣衙門，全力配合你的查案，聽從你的指揮。朕還打算賜你一把尚方寶劍，讓你令行禁止，但凡有辦案不力或者故意包庇真兇的，你可以先斬後奏。」
「臣弟多謝皇兄。」朱由檢興奮得差點沒暈過去，做夢也沒想到哥哥會給自己這麼大的權力，更沒想到……稍一盤算後，朱由檢又小心翼翼的說道：「皇兄，臣弟有一句話，不知該不該說？」
「有話儘管說。」明熹宗擠出一點笑容，疼愛的說道：「你是朕的弟弟，還有什麼可顧忌的？」
「那臣弟說了。」朱由檢偷看著哥哥的臉色小聲說道：「臣弟不太放心京城裡的這些衙門，怕這些衙門裡有人和真兇勾結，故意破壞臣弟的差使。所以臣弟斗膽，想請皇兄從京城之外給臣弟調一些人手，協助臣弟查案，也順便護衛臣弟的安全。」
「不錯，那你有沒有合適的人選？」明熹宗也覺得弟弟說得很對。朱由檢更加小心的說道：「臣弟在保定圈禁之時，常聽人說漕運護漕軍隊之中，新湧現出了兩員虎將，一人叫倪浩，一人叫羅大千，為人正直又武藝高強，在普遍喜歡貪贓枉法的漕運軍隊中簡直就是鶴立雞群。臣弟想，這兩個人都是漕運千總，就駐紮在