牡蠣很棒，店裡的客人更讓人印象深刻。我坐在巴黎的一家小酒館，點上一盤新鮮的貝類，細細品嘗著來自海洋的美味。然而，那天更深刻的記憶來自店裡的另一位客人。我附近的一張桌子邊，坐著一位堪稱無可挑剔的法國女士，她的手袋、短裙和短襪都搭配得很得體。她的晚餐同伴坐在她右側——一隻坐在椅子上，喝著桌上一隻碗里的水的迷你貴賓犬。它享用的美食（我想是幾塊雞肉），掉在盤子一邊，混上了它主人口中落下的麵包屑。
在世界各地人們的生活中，狗都扮演著重要角色。我結束了在亞非為期一個月的研究之旅後回國，途中在巴黎作短暫逗留。我記憶中與狗有關的事件只能用離奇來形容。旅行中我在婆羅洲的部分地區待過，那裡的人吃狗肉，我也入鄉隨俗吃了一次；我也去過馬來半島的穆斯林地區，因為宗教信仰的原因，那裡虔誠的人們甚至不碰狗；我還去了中非，見到當地獵人和沉默的巴辛吉小獵狗一起打獵——這些獵狗單獨生活，但為了換得一些人類的殘羹冷炙，不得不跟隨獵人們到森林裡幫著捕獲獵物；在美國，很多人把狗當作家庭成員，為其支付巨額醫療費用，死後舉行哀悼儀式。坐在舊金山我寓所附近的海灘上，一小時內必會見到有人用嘴親吻狗。在巴黎目睹那位女士與狗共進晚餐，更強化了我的觀點：人類與這些動物之間的聯繫非常密切。
無論將狗作為夥伴、役用動物、晚宴賓客還是食物，人與狗之間的關係再怎麼親密，我們都不會感到驚訝。狗在人類歷史上扮演著一個特殊的角色。如果我們打算編撰一部人類進化大事記，狩獵和蒸煮食物當然不可或缺，語言和擁有直立行走能力也會入選。但歷史事件的重中之重是馴養活動——而在一長串人類祖先馴養的動植物名單里，狗排在第一位。
現在我們所說的很多人類特徵，都是在馴養動物的能力奠定了基礎後形成的。設想一個沒有馴養活動的世界，我們不得不在地球上寥寥數十支人類部落中的一支待著，仍然以狩獵和採集食物為生，就像如今生活在中非的巴卡部落（Baka）和巴克利部落（Bakoli）里的人一樣。或者我們會像生活在南美的艾克人（Aché）一樣。這些部落的人沒有麵包，沒有米飯，沒有乳酪；沒有農業，因此地球上很多主要的傳統儀式，比如收穫和播種的祭祀朝拜儀式以及相關節日也統統沒有——沒有像伊斯蘭教齋月（Ramadan）、基督教復活節（Easter）或者感恩節（Thanksgiving Day）這樣的節日；沒有羊毛，沒有棉花，只有用野樹皮或草製成的織物和獵物身上扒下的獸皮。
這些狩獵—採集者部落有著複雜的歷史。在回到四處覓食的生活方式之前，他們中的很多部落有段時間是靠某種農業形式過活的。但他們為我們提供了一些值得關注的線索，使我們了解到祖先在大範圍馴養活動出現之前的生活面貌 。狩獵—採集者部落的共同特徵是較小的人口規模和游牧的生活方式。正如我們將看到的，這些特性對其群落的微生物庫有重要影響，使微生物庫保持在低水平狀態。
人類從抓捕動物轉變到馴養動物，第一步是將狼馴化為今天我們所知的犬科動物。考古和DNA證據顯示，早在3萬年前中東人和東亞人就把灰狼馴化成看門狗和役用動物，並食用其肉，取其毛皮保暖。早期的馴狗歷史尚不清楚。一種假說認為狼跟著人類，吃他們所殺獵物的腐肉。久而久之，狼就變得依賴人類了。這一趨向為日後的馴養活動打下了基礎。無論馴狗是如何開始的，到了距今14000年前，狗在人類生活和文化中已扮演著一個十分重要的角色。在以色列的一些考古發掘地，人們甚至見到人和狗埋葬在一起。這些早期的狗恐怕類似於今天中非獵人們鍾愛的沉默的巴辛吉小獵犬（見圖4-1）。
馴犬活動大約發生在12000年前，那時人類尚未馴養其他動物。馴犬成了其他馴養活動的先驅。距今約10000～12000年前，一場馴養革命（domestication revolution）正式拉開帷幕，以馴養綿羊和種植黑麥開始，隨後興起了各種動植物的馴養繁殖。
馴養革命無論從引發的結果還是創造的機會來看，都堪稱意義非凡。在馴養活動之前，野生環境中的人口數量受食物供給所限。野生動物遷移，捕食野生動物的人類祖先也被迫跟著遷移。棲息地的野果和其他食用植物四處播種，又迫使人類季節性地流動。除了少數特例外，野生環境一般缺乏維繫大規模人口的能力 。因此，人類群居規模較小，一個部落可能有50～100人，過著游牧生活（見圖4-2）。
隨著距今約5000～10000年前馴養活動的真正開始，一切都改變了。人類將植物種植和動物馴養相結合，保證了長年擁有充足的熱量資源。農業（也就是植物種植）使人類部落有可能在一個地方安家落戶，這樣就避免了像狩獵—採集者部落和僅僅馴養動物的部落那樣的不斷流動。僅僅馴養動物的人類部落之所以需要流動，是為了給家畜尋找飼料。定居生活和有食物盈餘的能力，使人口增長的可能性大為增加，第一批真正的小鎮和城市誕生了。人口規模的擴大、人類群落的定居和家畜數量的增長形成了特有的混合因素，在人類和微生物關係轉變中扮演了核心角色。
流行病大事記
人口規模的擴大、人類群落的定居和家畜數量的增長，形成了特有的混合因素，在人類和微生物關係轉變中扮演了核心角色。
馴養能力雖然是人類的傳統智慧，但並非人類獨有。動物王國里最令人驚嘆的馴養例子，並非來自靈長類動物、海豚或者大象。事實上，它不是來自脊椎動物，而是來自螞蟻。螞蟻們遠非頭腦簡單的昆蟲，而是獨特又複雜的蟻群的組成部分。每個蟻群與其說是一隻只螞蟻組成的群體，還不如說是一個群集的螞蟻「巨無霸」 。
美洲的大部分熱帶棲息地都有切葉蟻（leaf-cutter ant）群，人們知道這些工蟻是大力士。它們能馱著比自己大很多倍的綠葉在叢林中行進，回到蟻穴。但是力大無比還不是切葉蟻最有趣的特性，這一令人驚訝的蟻群已掌握了馴養之術。工蟻們不是將碩大的樹葉吃掉，而是將其嚼碎製成一種肥料，蟻群用肥料給它們的菜園子施肥。因為這些切葉蟻——即組成美切葉蟻屬（Atta）和頂切葉蟻屬（Aex）蟻群的螞蟻在種植一種真菌基材的農作物，幾百萬年來一直以此為生。這些螞蟻就是農民（見圖4-3）。
種植菌類幫助切葉蟻成為地球上最成功的物種之一。成熟的切葉蟻群，其洞穴直徑有15米，深5米，可容納多達800萬隻螞蟻。這些巨大的地下蟻穴是固定不動的，有時可以在同一地點存在20多年。
這些出類拔萃的螞蟻吸引了很多科學家的關注，包括一位叫作卡梅隆·柯里（Cameron Currie）的加拿大研究者。柯里博士用分子生物學技術檢測這個非凡社區的螞蟻、菌類和其他成員的遺傳特徵，其研究顯示出螞蟻和它們所種植菌類作物之間的進化聯繫。蟻群已和其農作物物種共存了幾千萬年，它們之間如同農民與農作物之間的關係可比人類社會的成熟多了。
像人類的農田一樣，螞蟻的世界裡也有農業害蟲，其中有一種特有的破壞農田的寄生性真菌。柯里博士的研究表明，不僅螞蟻和其農作物長期共存，寄生性真菌也從一開始就跟它們作伴了。這一高級系統里另一個令人驚訝的亮點，是像人類的農民一樣，螞蟻也使用殺蟲劑。它們培育了一種能製造抗真菌化學物質的細菌，有助於控制害蟲。一些人把螞蟻當作害蟲，但這些螞蟻有自己的害蟲問題要解決。
切葉蟻在幾百萬年前就開始從事馴養活動，而人類馴養其他物種僅始於幾千年前。像螞蟻一樣，人類已經發現高密度種植農作物的一個後果就是寄生蟲問題。螞蟻種植的真菌物種肯定在幾千萬年前就有了害蟲，那個時候它們還是野生植物。但當切葉蟻將真菌集中種植並施肥後，與之前沒有農業耕作時相比，更多真菌緊挨在了一起。種植業導緻密集的種群，而密集的種群帶來更多的寄生性天敵，無論是真菌還是病毒。
當切葉蟻專註於種植真菌作物時，人類的農業和畜牧業發展已進入一個全新的水平。從進化的角度來說，幾千年光景不過是彈指一揮間，其間人類所馴養的動植物不止一兩種。
人類所馴養動植物多樣性之豐富，令人咋舌。一般每天我們可能墊著床單（棉花）、蓋著羊毛毯（羊）醒來，穿上皮鞋（牛），也許外加一件羊毛衫（羊）。早餐吃雞蛋（雞）和熏肉（豬），臨上班前向寵物（狗、貓）告別。午飯我們可能吃一份澆上調料（橄欖油）的沙拉（生菜、芹菜、甜菜、黃瓜、鷹嘴豆、葵花子）。若吃快餐，我們可能吃一份水果沙拉（菠蘿、桃子、櫻桃、百香果）或者混合堅果（腰果、杏仁、花生）。晚餐是一盤義大利番茄沙拉（番茄、水牛芝士）和義大利面（小麥），配有豌豆和拌上新鮮羅勒葉的