任何民族，都有關於他們部落列祖列宗的英雄傳說。這些傳說，往往形成他們的宗教崇拜。人們敬畏甚至崇拜自己的祖先，因為正是他們的祖先，而不是那些超自然的神靈，掌握著揭示生命奧秘的鑰匙。生命誕生後，大多數在長成之前就死了；能達到成年並繁殖後代的只是少數；能夠繁殖千代的，更是極少數。這少數中的極少數，是元祖中的精華，他們才是以後世世代代後人的真正祖先。祖先雖少，後代眾多。
現今所有活著的生物體，包括每一種動物和植物，所有的細菌和真菌，各種爬行類動物，還有本書的讀者，都能回顧自己的祖先並驕傲地宣稱：在我們的祖先中，沒有一個是幼年夭折的。他們都活到了成年，每位找到了至少一個異性夥伴並交配成功*。我們的祖先，沒有一個在有了至少一個孩子之前就死於敵手，或死於病毒侵染，或死於失足墜崖。我們祖先成千上萬的同齡人，有很多就是由於這些原因而不幸隕命。然而，我們的每個祖先都逃脫了這種厄運。上面的陳述是再明白不過的了，然而還遠不止這樣一些事情。
還有很多事既難以理解又出人意料，或者既清楚明瞭又讓人驚異。
所有這些都是本書將要討論的內容。
所有生物體的基因，都是從它們祖先那裡繼承的，而不是從列祖列宗那些失敗的同代人那裡遺傳的。因此，所有的生物都有一種傾向，那就是擁有成功的基因。它們具備能夠使它們自己成為祖先的那些東西，即生存能力和繁殖能力。這就是為什麼生物都自然地會繼承這樣的基因，這些基因傾向於建造一個設計良好的機器——一個積極工作的機體，彷彿是在努力使自己成為一個祖先。這也正是為什麼鳥兒那麼善於飛翔，魚兒那麼善於游水，猴子那麼善於攀緣，而病毒又是那麼善於傳播。這也正是為什麼我們熱愛生命，熱愛性事，熱愛孩子。這是因為我們所有的人無一例外地從延綿不斷的成功祖先們那裡繼承了我們全部的基因。這個世界到處都有生物，而這些生物都具有那些能夠使它們成為祖宗的東西。一句話，這就是達爾文的進化論。當然，達爾文的進化論遠不止這些；而且，現在我們能說的就更多，這也就是為什麼我們讀的這本書沒有到此止筆的原因。
這裡，很自然會出現對上面這段話的誤解，這是極有害的。它會使人認為，由於祖先們做了成功的事情，便產生了一種結果：它們傳給它們孩子的基因，比它們從上一代那裡繼承的基因有了提高。有關它們成功的某種東西留在了基因中，這正是它們的後代所以善飛翔、善游水和善於求愛的原因。錯了，大錯特錯了！基因不會在使用過程中得到改善，除非出現非常少見的偶然錯誤，它們只是被按原樣傳下去。並非成功產生了好的基因，是好的基因創造了成功。任何個體在它一生中所做的一切，都不會對基因產生任何影響。那些生下來就具有好基因的個體，最有可能成長為成功的祖先，因此，與不良基因相比，好的基因更有可能傳至後世。每一代就是一個篩檢程式、一個篩網：好的基因能夠穿過篩網到達下一世代；不良基因則由於個體幼年夭折，或者沒有後代而終止。或許，不良基因有幸與好的基因同在一個身體之內，它們也可能通過一兩代的篩選。然而，要一個接著一個地通過一千個篩網，就不僅是要有運氣了。通過一千個世代的逐次篩選之後，那些讓生物體能經受篩選的基因，很可能就是好基因了。
我曾說過，那些經歷一個接一個世代存活下來的基因，應該是曾成功地產生了祖先的基因。這話不錯，然而也有明顯的例外，需要在這裡加以說明，以免造成誤解。有些個體從本能上就不會生育，但它們似乎生來就是為了幫助把它們的基因傳給下一代。工蟻、工蜂、白蟻中的工白蟻和黃蜂中的工黃蜂，都是不能生育的。它們辛勤勞動不是為了成為祖先，而是為了使它們有繁殖能力的親屬（通常是它們的姐妹和兄弟）成為祖先。這裡有兩點需要弄明白。
第一，在任何一種動物中，姐妹兄弟共有相同基因的概率是很高的；第二，是外部環境，而不是基因，決定了一隻白蟻是變成能生殖的白蟻，還是變成不能生殖的工白蟻。所有的白蟻，都帶有這樣一些基因，它們在某些環境條件下能使白蟻成為不能生殖的工白蟻；而在另外一些條件下變為有生殖力的白蟻。能生殖的白蟻把一些基因一代代傳下去，這些基因能使得工白蟻幫助它們繁殖後代。工白蟻在基因的作用下辛勤工作，而這些基因的副本則存在於會生殖的白蟻體內。工白蟻這些基因拷貝竭盡全力說明有生殖力的拷貝通過世世代代的篩選。工白蟻既可能是雄性的，又可能是雌性的；但在螞蟻、蜜蜂和黃蜂中，做工的都是雌性。除此之外，原理上都是相同的。從廣義上說，這種情況也表現在若干種鳥類、哺乳動物和其他動物中，它們中的兄長或姐姐在一定程度上撫育弟弟或妹妹。總而言之，基因取得穿過篩網的通行證，不僅靠那些自身將要成為祖先的個體，而且也靠著那些有親屬將成為祖先的個體的助力。
本書標題所說的河，指的是一條ＤＮＡ之河，它是在時間中流淌，而不是在空間流淌。它是一條資訊之河，而不是骨肉之河。在這條河中流淌的，是用於建造軀體的抽象指令，而不是實在的軀體本身。這些資訊通過一個個軀體，並對其施加影響；然而資訊在通過這些軀體的過程中卻不受軀體的影響。這條河流經一連串的軀體，不僅不會受這些軀體的經歷與成就的影響，而且也不受一個潛在的、從表面上看，更具威力的「污染源」的影響，那就是：性。
在你的每一個細胞中，都有一半基因來自你母親，另一半基因來自你父親，這兩部分基因肩並肩地相依相伴。來自你母親的基因與來自你父親的基因最緊密地結合在一起，創造了你——他們的基因的不可分割的精妙混合體。但是來自雙親的基因本身並不融合，僅僅是發揮它們各自的作用，基因本身都具有堅實的完整性。
進入下一代的時刻到來了，一個基因或者進入這個孩子的體內，或者不參與這樣的行動。父親的基因不會與母親的基因混合，它們獨立地完成重組。你身體內的一個基因，或者來自你的母親，或者來自你的父親。這個基因來自你的四位祖輩之一，而且僅僅來自他們中的某一位；進一步推論，這個基因來自你的八位曾祖輩之一，而且僅僅來自他們之中的某一位。依此規律，可以追溯到更遠的世代。
我們談到了一條基因之河，但是，同樣我們可以說它們是通過地質年代行進的一隊好夥伴。從長遠的觀點來看，繁殖種群的所有基因互相都是夥伴。從短期來說，這些基因存在於個體之內，而且與同享一個軀體的其他基因成為「臨時的」比較密切的夥伴。只有基因善於組建個體，而這些個體又能在該物種所選擇的特定生活方式下，很好地生存和繁殖，這些基因才能代代相傳。為了能很好地活下去，一個基因必須與同一物種（同一條河中）的其他基因良好合作。為了能長久地生存下去，一個基因必須是一個好夥伴。這個基因作為同一河流中其他基因的伴侶，或者在其他基因的背景下，它必須做得很好。其他物種的基因是在另外的河流之中。不同物種的基因不會在同一個體中共存，因此，從某種意義上來說，它們不必相處得很好。
作為一個物種，其特徵是：任何一個物種的所有成員流過的基因之河都是相同的，而同一物種的所有基因都必須做好準備，相互成為良好的夥伴。當一個現有物種一分為二的時候，一個新的物種就誕生了。基因之河總是適時分出支流。從基因的角度來說，物種形成（即新物種的起源）便是「永別」。經歷一個短期的不完全的分離之後，這支流與主流不是永遠分道揚鑣，就是其中之一或雙方都趨向乾涸、消失。兩條河在各自的河道之內是「安全」的，通過性的重組，河水互相混合、再混合。但是，一河之水永遠不會漫過自己的河岸，去污染另一條河流。一個物種分裂為兩個物種之後；兩套基因就不再互為夥伴了。它們不會再在同一個軀體中相遇，因此也就無從要求它們和睦相處。它們之間不再有任何交往。這裡所說「交往」的字義是指兩套基因各自的暫時載體——個體之間的性交。
為什麼會發生物種分裂？是什麼因素導致兩套基因的永別？又是什麼原因使得一條河流分成兩條支流，並且互相疏遠以至永不匯合？儘管在細節上尚有爭論，但沒有人懷疑這一觀點，即，最主要的原因是由於偶然發生的地理上的分離。雖然基因之河是在時間中流淌，然而基因的重新配對，卻是發生在實在的個體之內，而這些個體都在空間中佔有一定位置。如果北美灰松鼠與英國灰松鼠相遇，它們是有可能交配並繁殖的。但是，它們不大可能相遇。北美灰松鼠的基因之河與英國灰松鼠的基因之河實際上被四千八百公里寬的海洋隔開了。儘管人們認為，一旦有機會，這兩支基因隊伍仍然能夠成為好夥伴，但事實上它們已經不再互為夥伴了。它們已經互道珍重，當然這還不是一次不可逆轉的永別。但是如果照這樣再分離數千年，這兩條河就會漂離得非常遠，以至如果這兩