我預備用這一章來專門討論反對我的觀點的各種各樣異議，因為這樣可以把先前的一些討論弄得更明白一些；但用不著把所有的異議都加以討論，因為有許多異議是由未曾用心去理解這個問題的作者們提出的。例如，一位著名的德國博物學者斷言我的學說裡最脆弱的一部分是我把一切生物都看作不完善的；其實我說的是，一切生物在與生活條件的關係中並沒有盡可能地那樣完善；世界上許多地方的土著生物讓位給外來侵入的生物，闡明了這是事實。縱使生物在過去任何一個時期能夠完全適應它們的生活條件，但當條件改變了的時候，除非它們自己也跟著改變，就不能再完全適應了；並且不會有人反對各處地方的物理條件以及生物的數目和種類曾經經歷過多次改變。
最近一位批評家，有些炫耀數學上的精確性，他堅決主張長壽對於一切物種都有巨大的利益，所以相信自然選擇的人「便該把他的系統樹」依照一切後代都比它們的祖先更長壽那種方式來排列！然而一種二年生植物或者一種低等動物如果分佈到寒冷的地方去，每到冬季便要死去；但是由於通過自然選擇所得到的利益，它們利用種籽或卵便能年年復生，我們的批評家難道不能考慮一下這種情形嗎，最近雷．蘭克斯特先生（Mr．E．Ray Lankester）討論過這個問題，他總結地說，在這個問題的極端複雜性所許可的範圍內，他的判斷是，長壽一般是與各個物種在體制等級中的標準有關聯的，以及與在生殖中和普通活動中的消耗量也是有關聯的。這些條件可能大部是通過自然選擇來決定的。
曾經有過這樣的議論，說在過去的三千或四千年裡，埃及的動物和植物，就我們所知道的，未曾發生過變化，所以世界上任何地方的生物大概也不曾變化過。但是，正如路易斯先生（Mr．G．H．Lewes）所說的，這種議論未免太過分了，因為刻在埃及的紀念碑上的、或製成木乃伊的古代家養族，雖與現今生存的家養族密切相像，甚至相同；然而一切博物學者都承認這些家養族是通過它們的原始類型的變異而產生出來的。自從冰期開始以來，許多保持不變的動物大概可以作為一個無比有力的例子，固為它們曾經暴露在氣候的巨大變化下，而且曾經移徙得很遙遠；相反地，在埃及，據我們所知，在過去的數千年裡，生活條件一直是完全一致的。自從冰期以來，少起或不起變化的事實，用來反對那些相信內在的和必然的發展法則的人們，大概是有一些效力的，但是用來反對自然選擇即最適音生存的學說，卻沒有任何力量，因為這學說意味著只有當有利性質的變異或個體差異發生的時候，它們才會被保存下來；但這只有在某種有利的環境條件下才能實現。
著名的古生物學者勃龍，在他譯的本書德文版的末尾問道：按照自然選擇的原理，一個變種怎麼能夠和親種並肩生存呢？如果二者都能夠適應稍微不同的生活習性或生活條件，它們大概能夠一起生存的；如果我們把多形的物種（它的變異性似乎具有特別性質），以及暫時的變異，如大小，皮膚變白症等等，擱置在一邊不談，其他比較穩定的變種，就我所能發見的，一般都是棲息於不同地點的，——如高地或低地，乾燥區域或潮濕區域。還有，在漫遊廣遠和自由交配的那些動物裡，它們的變種似乎一般都是局限於不同的地區的。
勃龍還主張不同的物種從來不僅是在一種性狀上，而且是在許多部分上都有差異；他並且問道，體制的許多部分怎樣由於變異和自然選擇常常同時發生變異呢？但是沒有必要去想像任何生物的一切部分都同時發生變化。最能適應某種目的的最顯著變異，加以前所說的，大概經過連續的變異，即使是輕微的，起初是在某一部分然後在另一部分而被獲得的：因為這些變異都是一起傳遞下來的，所以叫我們看起來好像是同時發展的了。有些家養族主要是由於人類選擇的力量，向著某種特殊目的進行變異的，這些家養族對於上述異議提供了最好的回答。看一看賽跑馬和駕車馬，或者長軀獵狗和獒（mastiff）吧。它們的全部軀體，甚至心理特性都已經被改變了；但是，如果我們能夠查出它們的變化史的每一階段，——最近的幾個階段是可以查出來的，——我們將看不到巨大的和同時的變化，而只是看到首先是這一部分，隨後是另一部分輕微地進行變異和改進。甚至當人類只對某一種性狀進行選擇時，——栽培植物在這方面可以提供最好的例子，——我們必然會看到，雖然這一部分——無論它是花、果實或葉子，大大地被改變了，則幾乎一切其他部分也要稍微被改變的。這一部分可以歸因於相關生長的原理，一部分可以歸出於所謂的自發變異。
勃龍以及最近布羅卡（Broca）提出過更嚴重的異議，他們說有許多性狀看來對於它們的所有者並沒有什麼用處，所以它們不能受自然選擇的影響。勃龍舉出不同種的山兔和鼠的耳朵以及尾巴的長度、許多動物牙齒上的琺瑯質的複雜皺褶，以及許多類似的情形作為例證，關於植物，內格利（Nageli）在一篇可稱讚的論文裡已經討論過這個問題了。他承認自然選擇很有影響，但他主張各科植物彼此的主要差異在於形態學的性狀，而這等性狀對於物種的繁盛看來並不十分重要。結果他相信生物有一種內在傾向，使它朝著進步的和更完善的方向發展。他特別以細胞在組織中的排列以及葉子在莖軸上的排列為例，說明自然選擇不能發生作用。我想，此外還可以加上花的各部分的數目，胚珠的位置，以及在散佈上沒有任何用處的種籽形狀等等。
上述異議頗有力量。儘管如此，第一，當我們決定什麼構造對於各個物種現在有用或從前曾經有用時，還應十分小心。第二，必須經常記住，某一部分發生變化時，其他部分也會發生變化，這是由於某些不大明白的原因，如：流到一部分去的養料的增加或減少，各部分之間的互相壓迫，先發育的一部分影響到後發育的一部分以及其他等等，——此外還有我們一些毫不理解的其他原因，它們導致了許多相關作用的神秘事例。這些作用，為求簡便起見，都可以包括在生長法則這一個用語裡。第三，我們必須考慮到改變了的生活條件有直接的和一定的作用，並且必須考慮到所謂的自發變異，在自發變異裡生活條件的性質顯然起著十分次要的作用。芽的變異——例如在普通薔薇上生長出苔薔薇，或者在桃樹上生長出油桃，便是自發變異的好例子；但是甚至在這等場合裡，如果我們記得蟲類的一小滴毒液在產生複雜的樹癭上的力量，我們就不應十分確信，上述變異不是由於生活條件的某些變化所引起的。樹液性質的局部變化的結果，對於每一個微細的個體差異，以及對於偶然發生的更顯著的變異，必有其某種有力的原因；並且如果這種未知的原因不間斷地發生作用，那末這個物種的一切個體幾乎一定要發生相似的變異。
在本書的前幾版裡，我過低地估計了因自發變異性而起的變異的頻度和重要性，現在看起來這似乎是可能的。但是絕不可能把各個物種的如此良好適應於生活習性的無數構造都歸功於這個原因，我不能相信這一點。對適應良好的賽跑馬或長軀獵狗，在人工選擇原理尚未被瞭解之前，曾使一些前輩的博物學者發出感嘆，我也不相信可以用這個原因來進行解釋的。
值得舉出例證來說明上述的一些論點。關於我們所假定的各種不同部分和器官的無用性，甚至在最熟知的高等動物裡，還有許多這樣的構造存在著，它們是如此發達，以致沒有人懷疑到它們的重要性，然而它們的用處還沒有被確定下來，或者只是在最近才被確定下來。關於這一點，幾乎不必要再說了。勃龍既然把若干種鼠類的耳朵和尾巴的長度作為構造沒有特殊用途而呈現差異的例子，雖然這不是很重要的例子，但我可以指出，按照薛布林博士（Dr，Schobl）的意見，普通鼠的外耳具有很多以特殊方式分佈的神經，它們無疑是當作觸覺器官用的：因此耳朵的長度就不會是不十分重要了。還有，我們就會看到，尾巴對於某些物種是一種高度有用的把握器官；因而它的用處就要大受它的長短所影響。
關於植物，因為已有內格利的論文，我僅作下列的說明。人們會承認蘭科植物的花有多種奇異的構造，幾年以前，這些構造還被看作只是形態學上的差異，並沒有任何特別的機能；但是現在知道這些構造通過昆蟲的幫助，在受精上是極度重要的，並且它們大概是通過自然選擇而被獲得的。一直到最近沒有人會想像到在二型性的或三型性的植物裡，雄蕊和雌蕊的不同長度以及它們的排列方法能有什麼用處，但我們現在知道這的確是有用處的。
在某些植物的整個群裡，胚珠直立，而在其他群裡胚珠則倒掛；也有少數植物，在同一個子房中，一個胚珠直立，而另一個則倒掛。這些位置當初一看好像純粹是形態學的，或者並不具有生理學的意義；但是胡克博士告訴我說，在同一個子房裡，有些只有上方的胚珠受精，有些只有下方的胚珠受精；他認為這大概是因為花粉管進入子房的方向不同所致。如果是這樣