對華萊士來說，阿魯群島歷險之行收穫雖豐，但肉體上卻飽受折磨。於是回到馬卡薩後，他讓自己暫時脫離艱苦寂寞的野外工作。從荷蘭郵件汽船停靠在馬卡薩來推想，或許是急於收到從家裏梢來的訊息，而且此時也是拆讀和回覆這半年多來信件的好時機。我們知道他寫了封信給達爾文。除此之外還要處理一些日常瑣事：如補充生活必需品、把槍枝送修、封裝標本並裝載上船、寫下最近的想法、郵寄稿件等。
除了阿魯群島的那篇文章外，華萊士還寄出另外幾篇，不久就刊登在英國的期刊上。說真的，華萊士實在是一位有雄心、多產的年輕人，那顆腦袋瓜中有豐富的野外資料和用不完的點子。
寄出的文章中，有一篇是討論在阿魯群島蒐集到的大翼蝴蝶所引起的一些迷思。這種昆蟲揉合黑絨與碧綠的翅膀、金色的身軀和緋紅的胸部，曾讓他：「目瞪口呆，迷失在驚嘆之中」。華萊士拿標本與已出版的文章描述比對，卻無法得到確認。牠和新幾內亞的不完全相同（Ornithoptera poseidon），也並非完全不同。論體型和外貌是完全吻合，但談到色彩卻有些差異。
這隻美呆了的大翼蝴蝶，也可能是出產於安波那島（Amboyna）的另一種相近種類，名為：綠鳥翼蝶（Ornithoptera priamus）。但依據華萊士手上一本鱗翅目昆蟲的書，他的標本也跟描述中的綠鳥翼蝶無法吻合——牠的綠色背翅上各有四個黑色斑點，「O.poseidon」為兩個，阿魯群島上的則為三個。
如此模稜兩可引發了一些問題。阿魯群島產的是否為一獨立種？華萊士在阿魯群島上所發現的其他動物，都無法與新幾內亞的明顯區分，為何這種蝴蝶特異獨行？但也許事實就是如此。另一種可能為：這種蝴蝶是新幾內亞的蝴蝶（O.poseidon）或綠鳥翼蝶的特殊變種。果真如此，那究竟是哪一種類的變種？牠似乎介於兩者之間。可能是兩者的共同變種嗎？這可能就要重新註解分類學上種與變種的關係。在現行的註解下，一個變種不可能介於兩種之間，好比一個小孩不會是兩個母親所生的。
不管牠是僅產於阿魯群島的新種——這會讓神造論更像是胡說八道，或者是介於兩種間的變種，從而挑戰種的傳統觀念。三點大翼蝴蝶把華萊士帶進一個未知的領域。
什麼叫種呢？這個範疇確定界線是什麼？種是永恆不變的嗎？種所劃定的界線非常清楚而沒有灰色地帶嗎？這隻三點大翼蝴蝶似乎不贊同。
在馬卡薩，華萊士還寫了一篇短文：＜地理性變種之永恆性學說隨筆＞（Note on the Theory of Permanent and Geographical Varieties ）。由於內容較為簡短，對大翼蝴蝶沒有具體描述，但還是點出因牠們而起的問題：如何界定種與變種的範疇。
博物學家基本上把這兩類視為不同：一個「種」是固定不變、註定的、水久的；而「變種」只是因為地理上的隔絕，造成些許族群自種的主族群分離出來時，由正常種所衍生的暫時性異類。現在，華萊士的資料卻指出，兩者間的差異不過是相對程度上的不同而已。這個弔詭問題似乎不可解。但至少要做到把問題釐清，而這就是他寫這篇＜隨筆＞的目的，華萊士希望人們能以更審慎、更有邏輯的態度，深思種和變種間的關係。
這兩個範疇的差異是可定量的（quantitative）嗎？兩種間的差異就一定大於單一種內之兩變種的差異嗎？果真如此，那麼有某些案例其種與種間的間隙，和變種與變種間的間隙，只大了那麼一丁點兒，兩範疇間的界線就變得模糊。如果他們是含混不清的，那麼相信種是出自於神造，而變種不是的說法，便完全不合邏輯！
或者這兩範疇間的不同是屬於定性的（qualitative）？如果成立，那麼是什麼特殊的性質讓種擺在較高位階。永久性嗎？不，那不能算數。變種並不像一般所認定的那樣，只是源自正常個體的暫時性變體，牠們也可以是永久的（例如亞馬遜的狐尾猴或馬來西亞的大翼蝴蝶），特別是以永久的地理界線隔離的族群。
如果不是永久性，又會是什麼？看來沒有其他合理的答案。種內個體的變異情況相當普遍，且極為多樣，往往一些用來區分種與種之間的性質也包含其中。華萊士夠資格講這樣的話！他經年的商業蒐集者生涯，不知網羅過多少生物，所見過的種內變異，只怕比大多數博物學者五輩子所見的還多。
如果沒有定性因子可資區分種和變種，那麼華萊士認為：「這項事實為否定物種乃源於獨立創造的有力證據。因為，在一些現存法則作用下，生物與另一生物間產生了些微差異，這難道還得勞駕『創造』此一動作介入嗎？」
郵件汽船雖慢，但當時的鉛字排版速度算是快了，六個月後，華萊士的＜隨筆＞一文出現在《動物學家》（Zoologist）這本期刊上。篇幅只有兩頁。當時埋首書堆、撰寫長篇鉅著的達爾文恐怕沒有注意到。但對華萊士來說，這又向前邁了一小步——他顯然已經來到必須跨躍的臨界點上。
那年底華萊士再度離開馬卡薩，這回他搭上郵件汽船，掉頭向東到更偏遠的地區，那是只有布吉人和荷蘭商人知道，英國博物學家未曾聽聞的世界：摩鹿加群島北部。在帝汶、班達和安波那短暫停留後，他抵達妥涅（Temate ）。時為一八五八年一月。