1944年1月14日，經過激烈爭論，斯大林親自審查並同意朱可夫有關「水星行動」作戰計畫的設想，對中亞作戰第一階段奪回撒馬爾罕、杜尚別、比什凱克、塔什乾等重要城市、並將德軍中亞集群關進費爾干納盆地的作戰結果感到滿意，更讓他滿意的是朱可夫先前發來的電報，電報以朱可夫深切「檢討」的方式，印證了斯大林同志一直以來對民族內部矛盾處理的高瞻遠矚和英明正確，提高了後者威望。在政治局會議上，斯大林難得有了幾分笑容，非但沒藉此批評朱可夫當初的幼稚，反而認為他在政治上愈發成熟了，希望他在軍事上也能再次力挽狂瀾。
為表示信任，斯大林親自主持最高統帥部會議並通過方案。他還根據朱可夫的請求，將馬利諾夫斯基的獨立集團軍也歸入中亞特別方面軍建制，同時又咬牙從南線三個方面軍中各抽調1個相對精銳的近衛坦克旅加強該獨立集團軍。此外，最高統帥部抽調最精銳的空降兵第1、3、5旅共1萬餘人組成空降軍，由蘇軍空降兵副司令員扎捷瓦欣少將任軍長，軍司令部也由空降兵司令部抽人組成，納入中央方面軍序列並歸朱可夫直接指揮，要求2周內部署到阿斯特拉罕附近。
由於從撒馬爾罕出發前往裏海東岸的路程超過1200公里，中間大部分都是戈壁，再加基層政權已被破壞、為數不多的民眾也逃亡殆盡，紅軍基本不可能就地籌措補給，為減輕中亞方面軍物資供應壓力，最高統帥部還將目前所能搜集到的所有運輸機都抽調出來用於給向西前進、擁有40餘萬之眾的進攻集群提供緊急物資補給。幸虧蘇軍機械化程度遠不如德軍，最仰仗的還是騾馬，否則根本不可能實現遠距離調度。
實際上，在中亞作戰進攻完全不是難事，難的是物資補給，切爾尼號霍夫斯基審時度勢，認為這麼大的範圍、這麼遠的距離讓部隊快速展開是不可能的，精心抽調3個騎兵師、3個坦克旅和2個機械化軍組成10萬人的突前攻擊部隊加速進軍，要求2月5日前必須部署到位，其餘部隊則根據戰術部署向前略微推進。由於民眾缺失，一路毫無蹤跡，如此龐大的軍隊調動一時間還未被德軍所掌握。等朱可夫幾天後回到中亞時，他對兩人各方面工作都表示滿意。
紅軍血洗中亞民族政權的消息很快就由舍爾納報告給了東方聯合戰區統帥曼施坦因元帥，後者對中亞政權一直不太感冒，再加上天寒地凍、中亞集群又被堵死在費爾干納盆地里，便建議等天氣好轉再想辦法。他本以為霍夫曼會對該決定不滿，不過堅持認為現在這個氣候和時節里，等待才是最佳辦法，甚至做好了抗命的準備。但柏林發來的指示令人出乎意料，批示內容只有一句話：政治問題不要和軍事問題混為一談。
這句話里蘊含的意思讓人很是費心思考了一番，曼施坦因認為自己把握住了元首的心態：中亞民族政權獨立後各種不老實，再加上彼此相互對立、「有槍便是草頭王」，亂象紛呈、秩序崩壞，必須有一次整肅過程。讓德軍來下這個手顯然不是很合適，現在既然斯大林願意出手，那就讓他洗吧，只要費爾干納盆地里不亂就好。
事實上盆地由於分屬三國，一直都不存在統一的地方獨立政權，同樣也是彼此攻訐，但舍爾納可不管這些，進入盆地後立即用鐵血手段嚴格控制了場面，甚至還建立起一整套統治體系，當地民眾普遍認為德軍給他們帶來了渴望已久的秩序和安定，整個盆地不但成為地理上的綠洲，也因為源源不斷有人前來投奔而變成了心理上的綠洲。
1月18日，完成相應請示的朱可夫再次返回塔什干坐鎮，親自指揮整個水星戰役，調兵遣將準備大幹一場。這一天正好也是角田覺治帶領二航戰出發赴中太平洋進行「武藏破交」的同一天，他的艦隊不但得到了全新整治的瑞鶴號航母，而且還得到了新的、擁有摺疊翼的Bf-219C戰鬥機和其他全新艦載機。
德方根據一線部隊的請求和紐芬蘭戰役中的實際使用情況，決定將Do-412（紫電改）正式列入艦上戰鬥機、Ju-198（流星改）正式列入艦上攻擊機，日本也依據技術合作備忘錄得到了相關信息和技術資料，但拿到實貨還要等不少時間，既然日方表示5月份才能出擊，一切都還完全來得及。
在過去半個月里，新任海軍樞密使，兼任軍令部總長和聯合艦隊司令長官兩大要職、實際控制整個海軍的堀悌吉以天皇詔書為原則、以海軍樞密令的方式展開了轟轟烈烈、前所未有的海軍大改革：
他第一把火就燒向了1886年就開始實施，已存在半個多世紀的《鎮守府條例》，一口氣撤銷了橫須賀、吳、佐世保、舞鶴四大鎮守府（舞鶴鎮守府曾在1923年降格為要港部，1939年恢複，實力最弱），全新組建了帝國海軍本土戰區，各鎮守府長官隨即全部下崗。隨後，原艦隊派骨幹、第二艦隊提督近藤信竹大將出任本土戰區司令長官，宇垣纏擔任參謀長，其他崗位在4大鎮守府中篩選合適官員進行出任。
新組建的帝國本土戰區主要劃分為整備與作戰兩大職能，前者是負責艦艇整備補給、新入役艦艇編組、艦員（陸戰隊）訓練、港務航道、各海軍機關學校管理等，後者是負責統一指揮駐紮本土的航空隊、海上護衛隊（水面艦艇和水下艦艇兩類）、特攻戰隊、陸戰隊、警備隊、海兵團等執行防禦任務。換而言之，本土戰區轄有一切歸屬於海軍的本土作戰力量，水面、水上、空中、陸戰隊、警備隊、港口要塞、雷達基地實現一體化指揮，但只負責防禦（進攻職能歸屬於聯合艦隊所有）和維護補給（主要針對聯合艦隊）。
改革還取消了滑稽可笑的艦艇和兵員鎮守府歸屬地限制，海軍今後可進行混亂編組，類似於「吳之雪風、佐世保之時雨」將變成回憶。更要緊的是，原《鎮守府條例》規定鎮守府司令長官直接隸屬於天皇，在軍政事務上接受海軍大臣領導，在軍令事務上接受軍令部總長領導。但改革後，本土戰區司令長官和聯合艦隊司令長官並級，改成隸屬於海軍樞密使領導，軍政、軍令事務依然分別歸屬於海軍大臣和軍令部總長領導。
這就讓各方進一步明確：今後天皇只能抓到樞密使、海軍大臣、軍令部總長這一級，頂多再加上諮詢角色的軍事參議官，不能再越過他們直接抓戰區長官或聯合艦隊司令長官，這就等於把天皇的海軍指揮權砍掉九成以上，堀悌吉成為名副其實的海軍第一人。
原橫須賀鎮守府長官、海軍大將古賀峰一被任命為天皇侍從長；與堀悌吉、山本五十六為同期同學的吉田善吾海軍大將轉任首席軍事參議官（不僅算航空派，還難得地贊同堀悌吉的思路）；原吳鎮守府長官、一直對改革持有反對意見的加藤隆義大將轉入預備役；原佐世保鎮守府長官、具有皇族身份的北白川宮輝久王（小松輝久）海軍中將轉入預備役；原舞鶴鎮守府司令長官、與井上成美同期的海軍中將大川內傳七轉任海軍兵學校校長。
這樣一來，32期以前的海軍將領全部轉入預備役，32期只有堀悌吉、山本五十六和吉田善吾三名現役大將，其餘將領全部退役，隨著35期的高須四郎被任命為南洋戰區司令長官後，後面33、34、35各期已無將領在聯合艦隊任職（事實上這三期除極少數人外已全部退役）。排在堀悌吉之後，聯合艦隊資格最老的提督變成36期的冢原二四三，而37期又有呼聲最高的小澤治三郎，這就為重新編組聯合艦隊，真正將作戰重心從戰列艦部隊轉為航空母艦部隊創造了制度條件。
不過，日本海軍這些翻天覆地的變化顯然還不被外界所知悉，起碼在參聯會主席、總統參謀長李海上將和哈里·普金斯悄然抵達醫院探望病重住院的羅斯福時還未曾提及。
與一個多月前比較起來，羅斯福的氣色明顯好了很多，各項身體機能也恢複得比較理想，在與兩人進行長時間談話和交流時保持著一致的思維清晰與邏輯連貫。紐芬蘭戰役初期，一直等待好消息的羅斯福顯然經受不了連續失利的刺激，但到了後期，特別是坎寧安用殺敵500，自損1000的戰術拼個兩敗俱傷之後，羅斯福反而恢複過來了，他冷靜地思考了整個局面，認為就目前的態勢而言，消耗戰術居然是唯一可行的方針——紐芬蘭、維德角戰役後，損失很大的德國艦隊不就不能維持英加航線的高壓態勢了么？
其實一周前，他的身體就足以支撐他復出重新履職，但羅斯福微笑著拒絕了，他要看一看華萊士的施政手段，但實際情況無疑讓他失望了……