就在坎寧安做最後決策的同時，堅持了許久，一共吃了7顆炸彈、3條魚雷的馬薩諸塞號終於也走到了終點。
江草隆繁解決掉馬薩諸塞號外側護衛的重巡洋艦後，其他艦隻一時填補不了這個缺口，日軍攻擊機群立即蜂擁而至，8架艦爆投彈吸引防空火力，6架九七艦攻則抓住機會將腹下的九一式航空魚雷發射出去，雖然馬薩諸塞號憑藉高明的操舵水平躲過了其中4條，但還是有2條擊中了已破損進水的右舷。伴隨著巨大的爆炸缺口，海水持續湧入，大量鍋爐停轉，速度驟然降低到了7節，傾斜度加大到14度，3分鐘後，右舷又吃到了1枚魚雷，進水雪上加霜，這艘3.7萬噸的新銳戰列艦終於支撐不住傾覆了。
馬來亞號也走到了生命的盡頭，這艘由英聯邦馬來亞自治領貢獻經費，參加過日德蘭海戰的老艦在4顆炸彈、3條魚雷的威力面前敗下陣來，先是艦首向下傾斜，然後緩緩入水，當艦尾高高翹起時，尾部的螺旋槳還在奮力旋轉，最後這艘裝備381mm口徑主炮，排水量達3.1萬噸的巨艦在馬薩諸塞號傾覆之後5分鐘也宣告沉沒。
在馬來亞沉沒的同時，位於陣型最中央、掛著海軍上將和旗艦旗的厭戰號更是遭到各機全力圍攻，左右兩翼的布魯克林、薩凡納兩艘輕巡洋艦（均屬布魯克林級）步了費城號的後腳，一共為旗艦擋下5條魚雷，絕望地掙扎著沉沒；威奇托號重巡洋艦（該級艦唯一一艘）繼續撲上來想補位，但這樣奮不顧身的行為已不可能挽救厭戰號的命運了，反而先把自己搭了進去，因為空中敵機實在是太多了，該艦先後各被魚雷和炸彈擊中一次，因為在第一輪空襲中已中了1顆炸彈，最後也因進水過多而沉沒了。
這是完全可以想見的結果：在艦隊陣型被打亂、掩護的那一批F4F戰鬥機全軍覆滅之後，整個快速縱隊幾乎不設防，艦隊能在200多架艦載機攻擊之下挺到現在已是奇蹟了。此時，他們距離迎面撲過來的高木武雄第一游擊支隊依然還有103海里之遙。
9:53分，坎寧安、彼得斯手忙腳亂地爬上一條救生艇逃生，3分鐘前他們親眼目睹艦隊最後一條戰列艦也是旗艦的厭戰號的沉沒。至此，坎寧安上將率領的快速艦隊中包括1艘輕空母、5艘戰列艦、3艘重巡洋艦、3艘輕巡洋艦在內的主力艦全部被擊沉，聯合艦隊給英美海軍一下子就造成了20多萬噸的艦隻損失，而他們付出的代價卻微乎其微：算上第一攻擊波中21架飛機的損失，日本前後一共付出33架飛機的代價，再加上艦隊護衛作戰中損失的1架，總體戰損率不過12%。
雖然這些戰列艦中除馬薩諸塞號算得上新銳外，其餘戰列艦不是二線就是老邁，但在親眼目睹幾千名水兵傷亡後，坎寧安還是抑制不住情緒，傷心地大哭起來。和他同坐一條救生艇的司令部參謀們都不知道該怎麼勸他，總而言之，現在前途一片灰暗：
快速艦隊毀了！
慢速艦隊停了！
陸軍部隊跑了——他們還會受到日軍的瘋狂追殺！
最後，在失去這批部隊支援後，埃及和埃及的部隊全完了！
丟了埃及和艦隊，大英帝國還有未來么？
當飛機傾瀉完所有彈藥，江草隆繁心滿意足地率隊離開了，整個規模龐大的快速縱隊除依然還在向海岸狂奔的運輸梯隊外，海面上就只剩下3艘驅逐艦在拚命收攏人員。
消息傳回聯合艦隊各艦後，所有人都沸騰了，板載聲不絕於耳。
「長官，我們得要抓緊時間，否則這批運輸艦很快就要逃跑了……」
「他們往哪裡去？第一游擊支隊離他們還有多少路？」
「航向大約275度，航速約19節，游擊支隊已將速度提到28節了，但目前距離至少還有170海里，短期內恐怕追不上，必須依託航空兵。」
堀悌吉點點頭，想了一想又問道：「航向向西？附近有港口么？」
「沒有。」
「那為什麼向西逃？」
「這個……」草鹿任一略一思索便反應過來，「您是說他們要登陸？」
「運輸艦跑得再快也快不過飛機，唯有登陸才能擺脫我軍追擊。」堀悌吉看了看海圖，「東非現在是英國人的地盤，美國人大概想隨便找個淺灘就撲上去登陸，繼續在海里逃竄只能被我們全部擊沉。」
「哦……那必須得加快時間了，不然再過2小時敵軍就能搶灘，屆時轟炸效果會大打折扣。」
堀悌吉微微搖了搖頭，露出了古怪的笑容，下達了一條奇怪的命令：「允許第二輪攻擊展開，但只准打戰艦，不許炸運輸艦，我留著它們還有用。」
「什麼？」草鹿任一簡直不敢相信自己的耳朵，他結結巴巴地問，「長官……長官……您這是何故？」
「放他們一碼如何？」
「長官，這可不能開玩笑啊，剛才我還下令全部送進海底、不留俘虜的。」草鹿任一吃不準堀悌吉的意思，焦急地勸道，「雖然已消滅了敵軍艦隊，但不能對敵人心慈手軟，別看這些陸軍現在成了喪家之犬，一旦恢複過來說不定就是進攻我們的急先鋒……況且您這麼做，德國方面知道了會怎麼看？」
「先發命令給冢原，他會懂的。」
草鹿龍之介收到電報之後，臉色古怪地對冢原二四三說：「堀悌吉長官發了道奇怪的命令給我們，參謀長覺得不妥又不敢勸，希望您勸勸他。」
冢原看了幾遍，默默想了一會兒後緩緩說道：「通知淵田美津雄，第二輪打擊按這個命令執行。」
「長官，您是不是看出什麼來了？」
「草鹿君，你是願意拿裝備呢還是要親手把敵人送進海底？」
「這有什麼區別？……哦……不！」草鹿龍之介反應過來了，「長官看中了敵軍的裝備和物資？」
冢原二四三點點頭：「擊沉他們固然一了百了，但上面的東西也就沉入海底了。只有放他們一碼……那些全是運輸艦還沒港口，敵人又想登陸，換了你怎麼辦呢？」
草鹿龍之介回過味來了：「他們只能強行搶灘，而且還沒法卸載大宗物資。」
「確切地說，除了裝備和物資還有那些船，現在炸的其實都是我們自己的戰利品。」堀悌吉對草鹿任一長嘆一聲，「歐美重視人員更勝於重視物資——這點物資對美國而言不在話下，可帝國實在是窮啊……」
「可是……」草鹿任一不知道該怎麼說了：擊沉運輸艦當然是一了百了，但擊沉之後運輸艦上的東西也會一併沉入海底；如果為了物資放他們一碼，那英美官兵必定會有大量人員剩餘下來。長官說的也有道理，帝國實在是缺裝備和物資啊。最後心一橫，對物資的渴望壓倒了消滅全部美國兵的慾望，同意了這個意見。
「美國兵也不是全放，上了岸之後可以繼續用飛機炸它們，不過驅逐艦一定要消滅，免得他們搗亂。」
「長官英明。」
「哪有什麼英明，充其量是精明罷了。」堀悌吉自我解嘲般地說道，「我總算還做過幾年生意……」
這句話一出，不僅草鹿任一，其他司令部參謀都笑了起來。
源田實、淵田美津雄最開始對這道命令也愣住了，想通了之後又認為長官高瞻遠矚、很有道理，最後淵田美津雄補了一句：「戰鬥機掃射總可以吧？這反正擊沉不了運輸艦。」
「當然，這沒問題，而且要狠狠地打，免得他們還有閑工夫去琢磨炸船或沉船。」
「既然如此，第二輪攻擊就沒必要出動艦攻了，但要儘可能多投入戰鬥機，將備用戰鬥機也組裝起來。」
「長官另有指示，艦攻掛上炸彈去炸索科特拉島，特別是要破壞機場，雖然上面現在沒啥飛機，但要防止英國人明後天利用這個機場給我們搗亂。」
「這任務交給江草君吧。」淵田美津雄笑笑，「我繼續打美國人去，我也要讓美國軍官嘗嘗雙腿骨折的滋味。」
10:38，淵田美津雄捨棄了自己常飛的九七艦攻，爬進九九式艦爆的后座，指揮著39架零戰、37架九九艦爆開始第二輪攻擊。
11:07，回到母艦的江草隆繁也聽說了只打戰艦不打運輸艦這麼有意思的事情，頓時興趣大增，強烈要求也去進攻美軍，將帶隊攻擊索科特拉島的任務甩給了村田重治少佐，匆匆忙忙用過梅子飯糰之後便帶著34架零戰，31架艦爆也殺向了美軍登陸場。
村田重治實在沒法再推，只好帶著剩下的零戰、艦爆及全部艦攻去對付索科特拉島，但草鹿龍之介接下來的話讓他傻了眼：「長官命令，艦攻不要全帶炸彈，留一個中隊掛魚雷。」
「魚雷？」村田重治愣住了，結結巴巴地問道，「用魚雷對付小島？」
「說不定有船呢？」草鹿龍之介微微一笑，「那裡是商船航線密集聚集區，有魚雷好辦事，不過，萬一發現油輪的話……該怎麼處理你懂得。」
有「雷擊王」之稱的村田重治連連點頭，