日本此時並不清楚英美兩國為了對付大和級而抽調如此眾多的兵力，但由於南太平洋戰事的發展，同樣有一系列軍艦的命運發生了走向改變：中了5條魚雷的大和號在拉包爾匆匆忙忙補給後在3條驅逐艦的陪同下離開本隊返回國內修理，已正式服役的武藏號則準備從本土出發赴新加坡並準備擔當聯合艦隊新旗艦；由於扶桑號沉沒，堀悌吉乾脆讓速度偏慢的山城號脫離第2艦隊加入第8艦隊作戰序列，並要求第8艦隊留守部隊負責維持兵力已大大減少的南太平洋治安（可憐的三川軍一）；由於第2艦隊戰列艦隻剩下三條（長門、陸奧與武藏），考慮印度洋攻略兵力不夠，在他的強烈要求下，原本打算改建為航空戰列艦的伊勢、日向兩艦取消後續改建任務，與武藏號一起緊急支援並編入第2艦隊。
日向號在5月份中因炮擊訓練事故爆炸的5號炮塔此時依然還是被炸壞的，由於沒時間維修只能匆匆拆下炮塔在開口處蓋上鋼板上面加裝新型25mm三聯機關炮草草上陣，不過這幾個月伊勢級兩艦也不是什麼好處都沒撈到，日向號在參加阿留申戰役前試驗安裝了22號對海警戒電探，歸國時遇到惡劣天氣仍然一直為艦隊保持正確航路，松田千秋艦長對此竭力鼓吹，而伊勢號則試驗安裝了21號對空警戒電探，效果據說也不錯。因此兩艦在離開本土前將21、22號電探全部安裝完畢，整個聯合艦隊幾百艘軍艦唯有這兩艘老艦撈到了這種實惠。
南太平洋海戰勝利對日本海軍後續發展的衝擊是全方面的：鑒於大和號在這次作戰中的出色表現，原本已設計好準備將大和級第3艦（信濃號）拿去改建航母的方案一下子沒人說了，反而一個個轉變立場主張繼續按戰列艦建成，連山本五十六和堀悌吉都持這種主張，而且希望能在1944年6月底前建成，因此原本應該停工改建的信濃號工程不但沒停止，還快馬加鞭地抓緊建設起來；千代田號、千歲號兩艘水上飛機母艦預備改建為輕型航母，但此次戰役中水上偵察飛機先敵發現對整個戰役具有重要意義，使擁有24架水上飛機且能額外多提供1000噸燃油的兩艦一下子突顯了出對艦隊作戰的價值，海軍省最終也放棄了改建想法；伊吹號是改鈴谷級重巡洋艦的其中一艘，本也打算改建為航空母艦，因為重巡洋艦的價值不小且最近幾個月的瓜島戰役連續損失了3條青葉/古鷹級重巡，因此索性放棄改建任務，繼續按重巡目標建成。
放棄大量改建任務在海軍省內部並不是沒有阻力，但機動艦隊司令官冢原二四三的態度很明確，現在最缺合格的航母飛行員和優秀艦載機，別到時候弄出一堆航母沒飛機或沒飛行員就麻煩了，對這種務實的態度霍夫曼私下表示了讚賞——歷史上日本在馬里亞納戰役中空有不少航母，結果根本沒有載機可用，辛辛苦苦建出來的航母最後全變成了誘餌，不得不說是巨大的諷刺。
對聯合艦隊而言，航母畢竟還是十分急需的，在一系列半路出家的改建計畫取消後，原準備用於改建航母的材料就有了富裕，同時基於航母的巨大價值，海軍省對正規航母雲龍級的建造迫切度便大幅度提高，所有物資一律優先保證，因此雲龍、天城、葛城三艦的建造速度開始提速，按軍令部的想法最好1943年底可以服役。為加快進度，一幫人為此絞盡腦汁，由於雲龍級的圖紙已送給德國方面參考，船政本部有人突發奇想地認為可以委託德國方面進行構件製造並準備在印度洋戰役後運回安裝。接洽之後霍夫曼也表示認可，因為德國也準備以雲龍級為母版在義大利船廠開工新航母，雙方一拍即合。按照日德雙方約定，這種成品構件按日德協議中特種鋼材3:1比例折算（即德國按特種鋼材三分之一噸位提供構件即可）。雙方算盤都打得很好——對日本而言，這是白撿回來的，對德國而言本就是答應提供給日本的，提供成品不但減少了特種鋼材消耗還積累了製造經驗，萬一日本最後不要也沒事，自己可以用。
最後有人腦洞大開地想到，既然航母構件可以讓德國方面搞，為什麼大和級的構件特別是裝甲帶不能讓德國人搞呢？德國克虜伯公司對這個很有經驗，日本的建造水平和經驗還是從德國學來的，不過向不向德國提供大和號圖紙海軍自己還有爭議（霍夫曼表示：大和我不稀罕，實用點給個大風圖紙吧）
最後一艘改變命運的是德國豪華客船「沙恩霍斯特號」，這是由北德意志羅伊德公司建造的快速郵輪，由於歐戰爆發該船無法返回德國而一直留在神戶，日本海軍曾向德國接洽買下此艦並準備改裝成航空母艦（約定戰後付款），既然其他改建航母的計畫取消了，該船自然也擺脫了改建任務，被海軍當運兵船拿去使用，而且連購買的程序也不必走，日德協議中約定德國要給予日本100萬噸船舶噸位，這條就折算成首批1.2萬噸。
由於這次海戰日本威力強大、以雷擊性能突出而著名的各級驅逐艦除了搜救落水飛行員之外並無多少用武之地，反而發現艦隊防空力量極其薄弱，另外前期瓜島作戰中各型號驅逐艦非但沒找到夜戰、雷戰的感覺，反而屢屢在扮演老鼠快運角色中佔得上風，因此船政本部的發展思路進行了偏移。島風級的生產任務被砍掉而加大了秋月級防空驅逐艦的生產任務，與歷史上不同的是，由於日德雙邊關係的密切，秋月級走向了另外一個極端，主炮設計從100mm變成了擬採用德制88炮、準備走高平兩用的套路，並完全取消了魚雷發射管——整個改進思路被稱之為秋月改。另外還因為日本艦隻屢屢被美國潛艇擊沉，考慮今後一旦與德國貿易與物資運輸的高密度頻率，海軍提出了反潛專用驅逐艦的建造需求，按照對艦火力薄弱、防空能力略遜一籌、反潛能力相對突出、速度一般（護航任務速度用不著很快）、建設成本要求儘可能低（因為要大規模批量建造）的要求，提出了丁型驅逐艦發展思路（就是英美的護航驅逐艦），並決定建造松級和橘級驅逐艦。
丁型驅逐艦設計過程中為適應量產對各部分設計都進行了簡單化處理，如為減少施工難度，船體曲面大多改為直線方向。另外在材料等級採用上也下降了，以往日本驅逐艦為了減輕重量在艦體結構材料上採用不同策略：重點部位使用DS鋼（特殊鋼），板材厚度能減的一定要減少，但DS鋼的生產性很差且焊接困難，為了降低成本且給其他艦船讓路，丁型驅逐艦完全放棄使用DS鋼，大量使用HT鋼（高張力鋼）來代替DS鋼，而且即便是HT鋼也是能省則省，其使用範圍只限於上甲板和船底部外板的一部分，剩餘部位一律使用MS鋼（普通鋼）來代替。基於這個立場又基於日後大規模運輸需要的場景，船政本部對德國推廣建造的意志輪也十分感興趣，一方面直接拿了圖紙準備仿照，另一方面還打算按照這個思路進行日本的自行簡化設計（日本摳門是出了名的）。從工期評估來說，如果按照德國圖紙建造，日本船廠的速度可能會不如德國本土，但超過義大利、法國、荷蘭等國卻綽綽有餘。
原本歷史上日本海軍「改五計畫」因為船廠能力限制根本無法同時兼顧大規模新艦隻生產、舊船隻改建與損傷艦船修復工作，導致新造出來的遠不如損耗的軍艦多，但因為南太平洋戰役的勝利改變了歷史，使日本取消了大量的改建任務，擺脫了大量艦隻的損傷修復任務，不但後續新建計畫能提前完成，反過來還能讓一些被迫下馬的艦隻按時完工（比如伊吹）。
除軍艦以外，飛機情況也發生了較大變化，當小澤三人組向國內發回零戰改進型（Bf-119）大獲成功的消息後，深有感觸的海軍航空本部心思立即就活了，馬上想到了空有一身先進指標卻一直無法上艦利用的「天山」艦攻和「彗星」艦爆，當然這兩者的毛病是不一樣的：天山的問題在於重量太大、起飛困難，彗星的問題在於速度太快，降落成問題（彗星在馬里亞納海戰中經常衝到零戰前面），歸根到底的原因在於日本在航空開發領域技術積累的薄弱，因此立即將圖紙交給德國方面，希望依靠外腦來改進。