1
平誠二十某年。
是大日本國迎向產生巨大變化的時期。
延續四百年以上的德川幕府，制度變得老化、僵硬，緩緩地衰弱頹傾。
在社會上也出現了反應。民眾對德川幕府與將軍的不滿難以弭平，各種抗爭活動不斷，幕府則採取徹底的鎮壓行動來對抗。
此時——
在武士學園的武應學園，擁護豐臣的武將們逐一現身。
這些人分別是真田幸村、後藤又兵衛、毛利勝永、明石全登、長宗我部盛親……等。
彷彿要與她們展開對抗似的，德川派也出現許多的武將。
武士!
這些人繼承了以往武將、劍豪的名號，也繼承了他們部分刀法。
所有人都以十幾歲校園少女的姿態現身。雖然姿態和容貌與過去的武將回異，但志向卻完全相同。彷彿預告著關原之戰、大坂之役即將再現。
柳生宗朗就讀武應學園高中部一年級。
正如其名，他乃延續江戶時代江戶柳生家香火的嫡長子。
宗朗目前擔任校園內的劍術道場教練。不知何時，那裡開始被稱之為「柳生道場」，有許多學生都這裡學習劍術。以練習場來說，算是一個非常熱鬧的地方。
武應學園的學生會，又之稱為旗本學生會，成員皆是以前德川家親藩或譜代大名的名門子弟。
學生會長德川慶彥是德川一族的嫡長子，總有一天會承襲現在的將軍義康之位，成為第二十六代將軍。
對於校園內的反對派學生，旗本學生會將之逮補併流放。學生們將這種行動稱之為「狩獵豐臣」，並感到非常恐懼。
反對學生會這種作法的宗朗，因而遭到學生會的攻擊。
可是，此時卻有一名少女從天而降。
柳生十兵衛如初生嬰兒的姿態，懷裡抱著大太刀，睡臉猶如赤子般安詳。不過，當她一旦覺醒，就會成為可以發揮惡鬼羅剎般強大力量的「劍姬」。
那是因為她與宗朗之間的意外「親吻」而造成的。
武士，或稱之「武將」，藉由和「將相」訂定「契」而成為「劍姬」，並能因此獲得數倍的力量。
也就是說，對武士而言，「將相」是能量之源，並且正如其名必須奉「將相」為主，絕對服從。「將相」則是與「武將」訂立契約，將武士視如左右手般使用，獲得強大的戰力。
這便是「將相」與「武將」之間的契約關係。
一旦訂契之後，這份契約將永遠存在，直到其中一方死亡為止。
可是，只有十兵衛不同，她平時明明是個愛撒嬌的「妹妹」，只有透過親吻的方式，「劍姬」·十兵衛才會現身。而且出現的時間也只有短短几分鐘。
彷彿受到了如異端般的十兵衛吸引，幸村與又兵衛也現身了，連慶彥的親妹妹德川千=千姬、以及其麾下的風紀委員長服部半藏等人，也在戰鬥後與宗朗訂契，成為宗朗的「劍姬」。
甚至連學生會派來的刺客——直江兼續也是。
松平尊保擔任旗本學生會秘書長的要職，可說是會內的第二把交椅，也是慶彥不可或缺的左右手。
尊保受慶彥之命，在反學生會大本營柳生道場里進行內部偵察、擾亂等各種活動。甚至必須視狀況進行破壞。
最初他派出紅髮騎士達坦妮雅，再來則是兼續，接著派出列堂義乃。不過她的真實身分其實是里柳生總帥——柳生義仙。義仙還和慶彥訂『契』，變成了「劍姬」。
義仙原本打算設計宗朗，讓自己所屬的里柳生與表柳生統合起來，然而這個企圖卻因為宗朗與柳生道場「劍姬」們受到重挫。
御前比武。
原本是被當成例行公事而舉辦的學園格鬥技大會。
慶彥卻要求包括宗朗等柳生道場的「劍姬」們，全部都要參加御前比武。
如果宗朗等人勝利的話，校方對學生進行的鎮壓行動便會立刻停止，已被逮捕、放逐的學生們，可以提前獲釋，回到學校去。此外，有關學園、甚至是日本國發生異變的秘密，慶彥將會親口透露。
反之，如果宗朗等人落敗，宗朗就必須與慶彥締結訂「契」。雖然能與「將相」訂「契」的只有身為「武將」的武士少女，然而——
「原因在於，我是地位凌駕於『將相』之上的『將軍』。『將軍』可以和『將相』訂『契』。『將相』身為『將軍』的『臣下』，就應該服從上司。就是這麼回事。」
他的口吻一如往常彷彿若無其事，但是言下之意，卻是指一旦宗朗成為慶彥的「臣下」，那麼先前與宗朗訂「契」的武士，也就是宗朗的「劍姬」們，也將盡數納入慶彥麾下。
豐臣派的武士少女們眼見機不可失，隨之現身。包括毛利勝永、明石全登、長宗我部盛親，決定利用御前比武的機會，討伐學生會長慶彥。
另外，還有藏身於勝永等豐臣派「劍姬」們背後的謎樣人物。
因為雙方的對立情感，割裂了宗朗與幸村的關係，她離開了宗朗身邊，最後點燃了慶彥討伐計畫的引信。然後，御前比武將化為阿鼻地獄的血渦。
2
「這，就是你們的……」
幸村抬起頭凝視矗立著大空洞中的大坂城※大天主充滿妖氣的威容，喃喃說道。（譯註：大天主等於天守閣本丸。）
武應學園是個位於富士山麓的廣大校園。有一種說法是，為了在首都大江戶城淪陷的時候，德川將軍可以堅守在武應學園內奮戰，因此校園才會被建成城郭。
此外，在廣大佔地之中，有一部分與樹海重疊，邊境是幾乎人跡未至的不毛之地。
這個涵蓋樹海與富士山湖沼的地方，陰森恐怖得令人望之卻步，也因此這片地底下居然有人工挖掘的巨大空洞的事，校內幾乎沒人知道。
也沒人知道此處何時蓋出了一座大坂城大天主。
湧出的地下泉水，在巨大空洞中形成了湖泊，與矗立在中心點的岩石場合為一體，漆黑的天主聳立其上。建築物的每個地方都以奢華的金箔裝潢，高聳入雲的柵欄紅漆，猶如鮮血般腥紅。
「那是……」
戚受到高欄之上有一道人影，幸村的視線定住了。
雖然只看到小小的身影，但幸村還是看得出那五顏六色的十二單和服，以及長度直到背部的黑色髮絲。
明明應該看不到對方表情，她卻看得見那鮮紅的唇辦勾起一抹笑容，讓幸村不由得背脊發涼
「來，進去吧，幸村大人。大人已經在等您了。」
勝永說完之後，幸村的視線回到天主的底下。原本與岩石融為一體的石垣，意外地靜靜開了一道缺口，裡面出現一座弔橋。
只見弔橋緩緩往下延伸，原來地底湖上架了一座橋樑。
「這是我們的城池。當然，也是幸村大人應該保護的城池，沒錯吧?」
勝永特意試探性地問道。
「當然如此！進去吧，又兵衛。」
幸村說完之後，便踏上弔橋往前走去。
「是，幸村大人。」
又兵衛跟著她，小心謹慎地觀察四周。
「吱……」
佐助也緊抓著又兵衛的肩膀不放，表情似乎有些不安。
離她們愈來愈近的大坂城天主大門，宛如一道又大又幽暗的巨口。
「慶彥殿下!慶彥殿下他……！」
「哥！讓我過!讓我去哥身邊！」
宗朗才一開口，千姬就大聲喊叫。學生會大樓入口的巨大櫓門關得緊緊的，被許多的旗本親衛隊隊士們團團守住。
慶彥被全登從背後刺了一刀而倒下，被送進學生會大樓的醫務室。宗朗與千姬拚了命地沖向學生會大樓。千姬身後還跟著半藏。
「你們不知道千是誰嗎?我可是學生會副會長，也是慶彥殿下的妹妹！同時也是風紀委員會的負責人哦！懂了嗎?懂了就快滾開！讓千和哥見面！」
千姬會如此氣憤也是不無道理，宗朗也開口聲援她。
「慶彥殿下的傷現在怎麼樣了?要不要緊?我是柳生道場的教練柳生宗朗！過去當過慶彥殿下的貼身侍童……」
然而，彷彿刻意要阻擋兩人似的，只見一名身材魁梧的隊士緩緩從裡面走了出來。
上衣的最下面一顆鈕扣敞開，露出腰部的線條，衣服緊得彷彿隨時會進裂。
「我叫熊岡二左右衛門。奉命統領本丸御前比武的警備工作。」
「既然如此，那就好談