陶侃於江中設置數百枚水雷，陸續引燃後，爆裂開來，給周邊晉船造成了極大的損害，別說走舸等小船了，激浪即可傾覆，即便蒙沖鬥艦甚至樓船，近距離挨一下，船舷也可能碎裂，產生短時間內難以封堵的破漏。
——這也算是彭曉之功了，經過他的反覆試驗，已然大大增強了黑火藥的爆炸力，並在裴該的授意下，將燃燒葯和爆炸藥明確區分開來。
於是晉軍舟船，便在一聲繼一聲的驚雷震響中，陸續破損甚至於傾覆。更要命的是，雷區基本上固定，但晉軍船隊則是在前進中的，於是從陣首逐漸向陣列中心炸響，最終竟連王敦的坐艦都未能倖免。
王處仲及時下令放錠停船，重整隊列，但艦隊正在順水航行之際，不是你想停就馬上能停下來的。於是前軍多敗，中軍急停，後軍就勢撞將上來，導致陣列更為混亂。一時間舟船翻覆的、傾斜的、相撞的，亂作一團，水兵陸續驚呼著躍入水中，以期泅渡上岸，脫離這一片莫名其妙的死地。
好在水雷數量終究有限，而晉船數量龐大，即便全數順利爆炸，且一雷專炸一船，也不可能全都分配得到——當然啦，對於那些小船，往往一雷炸響，周邊數丈之內，數舟傾覆——倘若給王敦以足夠的時間，是應該能夠重整軍勢，雖遭大損而不至於崩潰的。
只是陶侃會給他足夠的時間嗎？
陶士行早就做好了準備，並且計算好了時間，他使小部繼續對戰沈充，而親將主力迴轉身來，揚帆搖櫓，航向上游，恰好在「雷」聲已息，而晉船混亂未收之時，洶湧殺至。照理說逆水行船，戰鬥力要遠不如順水之敵，但問題晉舟多覆，哪怕沒有破損的也都忙成一團啊，以整擊亂，豈有不勝之理？
更重要的是，直到這會兒，晉兵還搞不明白究竟發生了什麼事兒呢。他們從來連聽都沒聽說過火藥武器——部分將領可能通過來自北方的情報，心裡有些數——但聞雷響，船便大震而覆，都以為是什麼鬼神之力，基本上全都嚇破了膽，哪裡還能執弓矢、戈矛禦敵啊？
由此晉軍大敗，王敦幾乎不能倖免——他乘坐的是大樓船，掉頭為難，被迫與錢鳳等換乘鬥艦，才以自家破損的艦船為盾，狼狽逃出生天，一口氣跑回武昌去了。王應的位置比老爹要靠前，所乘樓船本來就中雷破損了，復為華船上大拍桿直接擊碎艦首，乃翻覆落水，為華兵所擒。
至於其副將，也是姑夫鄭澹，則受創落入江中，沒能活著撈起來……
陶侃既破敵軍主力，隨即回師，再戰沈充。這會兒武昌、柴桑舟師大敗的消息也傳了過來，導致蕪湖方面士氣大落，兵無戰心，沈士居無奈之下，只得棄守東下，去會合鄧岳守備石頭城了。
……
這時候華朝中、西兩路兵馬，已然水陸並進，攻克了沙羨，迫近武昌。武昌城內，一日三驚，直到王敦歸來，人心才稍稍安穩一些。
王敦使人往覘華軍動靜，回報說帆檣遮天，旌旗蔽日，不下五萬之眾。而王敦點檢武昌內外兵馬，只剩下了戰船不足三百、步卒將將萬餘……
其掾何充勸說道：「事不可為矣。今明公以敗殘之軍，欲遏華人東來尚且為難，況乎重整旗鼓，往救建康啊？若建康陷，則明公既失大義，士卒亦無戰心，到時候晉王命一介使來釋兵，明公何以自處？不如就此歸降於華，或者華主顧念明公清華顯貴，前朝武皇帝之婿，曾為國家鎮定江南，而肯善待之……」
錢鳳在旁呵斥道：「我等皆為晉臣，次道何出『前朝』之語？！」
何充亦戟指錢鳳，喝道：「晉早已禪華，如何不是前朝？天下大勢，原本分明，都是汝等愚昧之人貪弄權柄，冀圖僥倖，乃陷明公於此艱危之地！今千帆東向，止百櫓敗回，汝為參謀，不知羞恥，難道還覥顏欲苟活於世上么？！」
錢鳳大怒，便欲拔劍來砍何充，卻被王敦給勸止了，說：「次道亦出愛我之心，方為此語，何必怪責啊？」終究何充是尚書、光祿大夫何楨之孫，論家世比錢鳳顯赫多了，那他又怎能眼睜睜瞧著錢鳳殺害何充呢？我再怎麼寵信錢士儀，也總得講個士庶高下吧。
但他隨即又對何充說：「我既決心拒華，又豈能半途而廢啊？裴該於我為晚輩，我終不能向其屈膝。」於是打點精神，重整兵馬，固守武昌，以拒華師。
華軍水陸並進，主將乃是陸衍。按照原本的規劃，西、中兩路軍匯合後，陸衍即從甄隨指揮，待破武昌，航向上游，再受陶侃節制——沒辦法，甄隨名位常在陸衍之上，若陸和在，或尚可與甄隨相拮抗，陸衍是根本壓不住那蠻子的。
只是甄隨跑去江南打應詹了，陸衍就此獲得了指揮權，一路勢如破竹，直取武昌。舟師先至，王敦乘船來迎，逆水而擊，大敗華軍，焚毀包括一艘連舫在內的六十多條戰船——終究從巴中出來的船隊，論數量尚不如敗殘之晉師，而論起水兵素質來亦遠遠不如，最關鍵的，沒有能夠指揮艦隊作戰的能將主持啊。
陸衍聞報大怒，當即斬殺兩名校官以正軍法，隨即命舟船退守沙羨，他自將步軍自江南挺進，而命姚弋仲將騎兵自江北繞路，復從薊春西面涉渡，兩路包夾武昌。
武昌西北有來山，西南有鄂縣，與郡城呈犄角之勢，王敦分兵守護。雙方激戰四日，陸衍首先攻取了來山，即從山上向武昌城內發射火箭，迫使王敦只能閉門固守；又三日，與姚弋仲部相策應，攻克了鄂縣。
兩處險要既失，則武昌城有如瓮中之鱉——倘若不是背靠長江，舟師尚能策應，估計不用打便自破了。但王敦亦非無能之將，便仗著舟師援護之力，堅守城池，陸衍竟然百計難克。
不久後，甄隨擊破應詹，遣歸蠻兵，亦向武昌而來，得訊大怒，說：「陸衍好不濟事，這般坐守之寇，竟然都拿不下嗎？」即命士卒砍木做筏，堆滿柴草，點燃了一大片一大片地往武昌附近江面上漂去，然而王敦嚴加戒備，亦使火筏不能建功。中游的戰事，就此陷入膠著狀態。
然而此時，陶侃已率船隊逼近了建康，沈充拚死來拒，但船數既寡，又當下游，根本就抵擋不住。最終他被迫乘坐小船，東逃到丹徒上岸，隨即領著數十家兵，逃回老家吳興去了。
剩下鄧岳獨木難支，被陶侃水師封鎖江面，先破白鷺洲，復壓縮於石頭城內。隨即水師便一船一船地，把江北華軍陸續送抵了南岸。
消息傳來，庾亮還欲奉司馬睿南逃吳興，往依沈充，但司馬睿卻說：「大勢已去，何必再讓孤受此顛簸奔躥之苦，江湖亡命之累呢？且沈士居豈是可信之人？！」正好華朝的勸降使節也到了，正是那位當年從建康狼狽逃躥出去的劉隗劉大連，他拍著胸脯保證，絕不會傷害司馬睿一家，司馬睿乃道：「大連我故吏也，絕不肯欺我。」就此肉袒自縛，領著王導、周顗等人出降了。
庾亮本不願相從，還打算孤身落跑，劉隗派人去安慰他，說：「元規昔日寬縱之德，令弟稚恭已明告於我，則我必有報元規，不使罹罪——然元規若走，吾無能為力矣。」庾亮這才跟隨在司馬睿、王導身後，同往華營而去。
陶侃棄舟登岸，旋即出迎，親解司馬睿之縛，說：「微大王，臣無今日；且大王雖然拒江抗命，實為宵小所挾，非本意也。」司馬睿流涕道：「吾實感念陶公厚恩……」
他也明白，倘若華軍主將不是陶侃，而是那票北人——尤其是出身低微，從前不識其名，跟著裴該才得榮顯的北方將領——多半一登岸就會直接殺入建康城，而不會先派劉大連來勸降了。
陶侃言及「宵小」之時，王導、庾亮等皆不敢抬頭，且面有愧色。隨即陶侃左右望望，問：「吳興王（司馬充）既在，何不見太妃啊？」不等司馬睿回答，他急忙又道：「也是，吾當親往拜謁太妃。」
臨行前商議如何處置江南諸人，裴該的意思很明確：「南人任卿所為，北人皆當送歸洛陽，由朕處置。」他不打算多所屠戮，尤其王導等人勉強也算可以受任郡縣的人才了，殺之可惜；則僑客只要全都押歸中原，而又不許歸籍，別擇地方安置，就等於掘了他們的根啦，還能夠再形成一大勢力，從而影響到國計民生嗎？
從此天下，唯有太原王，而再無琅琊王也。
至於南人，主要指的是江南豪族，那根兒就不怎麼好掘了，只能先阻止他們奪占僑客北歸之後空出來的土地，再設謀徐徐削弱之。倘若過於苛待南人，恐怕會引發江南地區的局面長期不得穩定，甚至於南北之間的仇恨——你光顧著老百姓沒用啊，老百姓太容易被地方豪族所裹挾了。
然而陶士行本身就是南人，則他不管是出於公心也好，為報私仇也罷，想要挑一些豪族出來顯戮以立威，裴該是樂見其事的。
此外，裴該特意關照陶侃，說：「絕不可傷及朕姑母，當奉其還洛，與朕相會。」
所以陶侃在受降之後，領兵進入建康城，就第一時間跑去吳興王府別院，拜謁太妃裴氏。裴氏命裴仁出來擋駕，說：「晉已亡，則吾唯一老婦而已，豈能克當