就任蘇撫
李鴻章抵戶17天，即 4月25日就奉命署理江蘇巡撫，僅僅過了7個月，又由署理而實授江蘇巡撫。「從此隆隆直上」，幾與恩師曾國藩「雙峰對峙」。
李鴻章所以能夠從一個遺缺道而驟膺封疆重寄，主要是由於他手握重兵和曾國藩舉薦的緣故。清廷既欲借重李鴻章的淮軍絞殺蘇南太平軍，又要依靠曾國藩集團保全東南大局。早在1861年12月26日曾國藩就在《查復江浙撫臣及金安清參款折》中，指責江蘇巡撫薛煥「偷安一隅，物論滋繁」，「不能勝此童任」
①，並附片奏保李鴻章「勁氣內斂，才大心細，若蒙聖恩將該員擢署江蘇巡撫，臣再撥給陸軍，便可馳赴下游，保衛一方。」
②清廷自然懂得曾氏用意，而李鴻章也十分清楚箇中奧秘，於是致書曾國藩說：
十月二十五日（1862年12月16日）………戌刻接奉廷寄，十二日（12月3日）奉旨補授蘇撫，恩綸獎勵，非分寵榮。自顧何人，愧悚無地。此皆由我中堂夫子積年訓植，隨事裁成，俾治軍臨政，修己治人，得以稍有塗轍，不速顛覆，……實不知所以為報，伏乞遠賜箴砭，免叢愆咎。
③當時清廷任命薛煥為通商大臣，專辦交涉事宜。但只過兩月，清廷就調薛煥赴京簡候，而令李鴻章署理通商大臣。這樣，李鴻章就成為手握重兵、身兼巡撫和通商大臣要職的江蘇實權人物。
當時年僅40、肩負重任的李鴻章，面臨著嚴峻局勢，正如他自己所說的那樣，「島人疑謗，屬吏矇混，逆眾撲竄，內優外侮，相逼而來」
④。他深知殲滅太平軍、保住上海進而奪取蘇常，是轉危為安的關鍵所在，而要做到這一點，就必須妥善解決「察吏、整軍、籌餉、輯夷各事」。他標榜以「不要錢，不伯死」六字「刻刻自訟」，卧薪嘗膽，不敢苟慕榮利，少聆逸樂，決心衝破「險阻艱危」，闖出一個新局面，以「仰酬君國，遠對友朋」
①。因此，他「日處營中，自朝至夜，手不停披，口不息辦，心不輟息。」幾乎無暇與四方友朋交遊和書信來往，只同曾國藩保持通訊聯繫。他使出渾身解數，力圖儘快扼殺農民起義。
同全國一樣，江蘇「吏治浮偽，民生凋瘵，劫運甚重」，李鴻章「夙夜兢兢，惟懼顛復。」
②他認為曾任江蘇按察使、布政使而後升任巡撫的王有齡（字雪軒）是造成江蘇吏治敗壞的禍首。他說：
吳中官場素習浮靡，自王雪軒當事，專用便捷、圓滑、貪利、無恥一流，禍延兩省，靦然不知綱常廉節為何物，其宗派至今不絕。
③當時吳煦身為蘇松太道④管理海關，並署理江蘇布政使。他出務「錢穀猾幕」，而其「用人則是王雪軒宗派，滬吏十有七八系浙人勾結把持，直是無① 《曾文正公全集》，奏稿，卷2，第43頁。
② 《清史列傳》，卷45，第18頁。
③ 李鴻章：《上曾相》，《李文忠公全書》，朋僚函稿，卷2，第37頁。
④ 李鴻章：《復李 堂方伯》，《李文忠公全書》，朋僚函槁，卷1，第59頁。
① 李鴻章：《復孫省齋觀察》，《李文忠公全書》，朋僚函槁，卷2，第35頁。
② 李鴻章：《致王子懷工侍》，《李文忠公全書》，朋僚函稿，卷2，第28頁。
③ 李鴻章：《復吳仲仙漕帥》，《李文忠公書》，朋僚函稿，卷1，第18頁。
④ 「蘇松太道者，轄蘇州、松江、太倉二府一州者也。然於三屬公事畫諾而已，實專駐松江所屬之上海縣，而為東西各邦交涉之樞紐。故世俗相呼，輒曰上海道。上海道得人則天下治，不得人則天下不治。」（俞榴：《春在堂雜文六編補遺》，卷3，第14—15頁）從下手。」
⑤楊坊「以通事奸商起家」，時任蘇松糧儲道，綜理「夷務」。吳、楊沆瀣一氣，「挾夷自重」，控制上海的人事、財政和外交大權。他們手下有一幫搜括能手，金鴻保、俞斌、閡釗就是三個典型人物。1861年秋在上海道署門前有人畫一大龜，以俞斌為首，金鴻保為背，閡釗為心腹。1862年李鴻章也指出：「滬中十年來發公家財，惟吳、楊、俞三人，遠近皆知。」
①他雖然有意「澄清」「吏治」，但又深感力不從心，無法「另起爐灶」，只得採取所謂「節取而懲勸之」法。他上奏說，「蘇省吏治凋敝，監司大員必須有文武幹濟之才、廉正敦慤之品為之表率，庶可漸挽頹風。」
②他的真實意圖是想把那些盤踞要津、控制實權的「貪詐朋比」之輩撤下去，換上所謂「親近仁賢，匡所不逮」，以便把人事、財政和外交大權抓到自己的手中。因此，吳煦、楊坊之流就成了李鴻章打擊的首要目標。早在李鴻章離皖赴滬之時，曾國藩就曾叮囑說：「不去煦，政權不一，滬事未可理也。」
③李鴻章抵滬後，便向吳煦及其同黨開刀。他首先「疏劾道府數人，去煦羽翼」；接著採取關厘分途、以厘濟餉的政策，與吳煦「明定章程」，海關仍由吳氏經理，另派薛書常管理厘捐總局。1862年11 月又免去吳的蘇松太道（即關道）一職，委派黃芳接替。黃芳（號鶴汀）是長沙人，當過上海縣令，「熟諳夷情，才能肆應，善於籌餉」
④。李鴻章在奏准黃芳署理關道的同時，薦舉劉郇膏兼理布政使。劉郇膏（字松）是河南太康人，道光進士。以知縣分發江蘇，初到任時，即對神發誓不苟取一文，紳民呼為「劉青天」。李鴻章抵滬後，鑒於郇膏「誠慤廉正」，並為丁未同年，便從知府相繼薦舉為署理按察使、布政使。李鴻章對曾園藩說：「劉、黃才雖較短而無絲毫欺矇，滬中吏治漸有返樸還醇之象。」
⑤李鴻章對楊坊也深惡痛絕，必欲罷之而後快。楊坊效法吳煦玩弄以退為進的伎倆，於 1862年5月「稟請開蘇糧道」，李鴻章將計就計，「照例出奏」，並附片密薦郭嵩傑，讚揚他「學識閡通，志行堅卓」，建議擢授江蘇司道實缺。他致函曾國藩說：「鴻章亟需幫手，冒昧將筠仙附薦，臬司糧道兩缺或得其一。敬懇我師切致筠公速來」
①。李鴻章所以特別推崇郭嵩燾，除了他倆是丁未科同年、政治見解相似外，還由於郭嵩燾能夠起到密切曾、李關係的作用。曾國藩與郭嵩燾既是親密朋友，又是兒女姻親，曾國藩四女紀純許配給郭的長子剛基。郭嵩秦起初不願屈就丁未同年的司道屬員，後經李鴻章的懇切請求、曾國藩兄弟的再三勸駕，才赴滬接任蘇松糧道。按清制，郭嵩燾不能在兒女姻親曾國藩兩江總瞥轄區任職，例應迴避。1862年11 月李鴻章以江蘇軍務正殷、需才孔亟為由，奏准郭嵩燾勿庸迴避，即以蘇松糧道襄辦軍務。隨後又函告曾國藩：「筠仙到滬後，眾望交孚，其才識遠過凡庸，運、藩二篆均可見委，惟至親避嫌，鴻章以襄辦營務入告，似尚大方。擬仍令兼管捐厘總局，以資歷練。」不到半年，李鴻章就函請曾國藩奏保郭嵩燾為兩⑤ 李鴻章：《上曾相》，《李丈忠公全書》，朋僚函稿，卷1，第10—11頁。
① 李鴻章：《上曾相》，《李文忠公全書》，朋僚函稿，卷1，第39頁。
② 李鴻章，《奏保郭嵩燾片》，《李文忠公全書屠》奏稿，卷1，第7頁。
③ 薛福成：《書合肥伯相李公用滬平吳》，《庸盒文續編》，卷下，第18頁。
④ 曾國荃：《與李少泉》，《曾忠襄公書札》，卷3，第21頁。
⑤ 李鴻章：《上曾相》，《李文忠公全書》，朋僚函稿，卷2，第36頁。
① 李鴻章：《上曾相》，《李文忠公全書》，朋僚函稿，卷1，第25頁。
淮鹽運使，還擬薦舉他兼任江蘇按察使。這樣，李鴻章就逐漸以郭嵩燾、劉郇膏和黃芳取代了吳煦、楊坊，並於1863年1月以常勝軍統領白齊文劫餉毆官而吳、楊辦理不善的罪名，奏准將吳、楊暫行革職，趕下政治舞台。
李鴻章自從創辦淮軍和就任江蘇巡撫以後，就效法曾國藩開設幕府，延攬人才，救時匡國。他既是幕府制度的產兒，又是幕府制度的熟練運用者，他個人的職位、財富和品性，成為他的幕府賴以存在的三大支柱。李幕以統帥李鴻章為中心，肩負著軍機、刑名、錢穀、文案等重任。幕府人物重要者多由奏調，或從屬吏中特委兼辦；次要者或函招，或札委，或自來投效，或輾轉推薦，均以統帥為禮聘的主人；其工作俱受統帥分配督導，其地位既為私人賓席，又可隨時因功奏保升涉，授以實缺；其薪給不盡為修金，大半由所屬局所或軍營供給，雖非官俸，亦非出自統帥的私囊。李幕雖然效法曾幕，但在幕賓的選擇上卻有明顯區別。「滿量豪翰濟時彥，得上龍門價不賤。」
①這是李鴻章吹噓曾幕人才薈萃的詩句。曾幕確實聚集了一大批雖然動機不同但卻具有各種才幹的人物，其中有精通數學、天文、機器製造的科學家，有譜習律令、會計的刑名、錢穀之士，