天空陰暗，雲緩緩飄向御仙岳山頂，朝廣闊的原野而去，那是叫千束野的曠野，灌木像在地上爬行，東一叢西一簇，此外就是無盡的黑褐色地面。武士們彼此商量之後，命令警吏把司祭從無鞍的馬上放下來。司祭由於長時間兩手被縛騎在馬背上，站到地面時，感到大腿內側疼痛，便就地蹲了下來。
其中的一個武士拿出長煙斗抽煙。這是司祭第一次在日本看到煙草。這武士吸了兩三口之後，就尖著嘴巴吐出煙，然後把煙斗遞給同事。在他們輪流抽吸之間，警吏們一直以羨慕的目光注視著。
有很長一段時間，大家在岩石上或站或坐，皆往南方眺望。也有人在岩石後面小解。北方的天空還有晴朗的部分，南方黃昏的雲層已逐漸重疊。司祭有時看看剛剛走過的大道，不知吉次郎在哪裡慢了下來，已不見其身影。他一定是途中放棄追趕返回了。
沒多久，看守們指著南方嚷道：「來了！來了！」跟這邊一樣，武士和徒步的男子們從南方緩緩接近。抽著煙斗的武士立刻跨上馬，全速迎向那群人。他們彼此在馬上點頭、問候。司祭知道自己將在這兒被交給新的一隊人馬。
商量好之後，從大村護送自己來的那群人掉轉馬頭往陽光照耀的北方大道而去。之後，司祭又被從長崎來接他的人包圍起來，再度被迫騎上無鞍馬。
牢房位於雜樹林環繞的丘陵斜坡上。看來是剛建好的新的倉庫式房子，內側長四米、寬三米、天花板高兩米。光線能夠照射進來的地方，就只有小小的格子窗，以及僅容一個盤子送入、還裝有木板蓋子的小洞，一天一餐的伙食就從這裡送進來。剛到這裡以及兩次接受調查時，司祭都觀察了牢房的外側。外側有竹刺朝內並排扎的柵欄，戒備森嚴；更外邊有看守住的茅草平房。
司祭被關進來時，沒有別的囚犯。一整天，他如同在那座島的小屋中，一直在黑暗裡靜坐，聽看守的談話，看守有時為了消磨無聊時光會向他搭訕。他們告訴他，這裡是長崎的郊區，至於在城市的哪個方向就不得而知了。不過，從白天聽到的清晰腳步聲，以及遠處傳來的削木頭聲、釘釘子聲等，可推測得到，這附近是新開闢的地方。入夜後，山鳩的啼叫聲從雜樹林中傳來。
儘管如此，這牢房卻有一種不可思議的安詳和靜謐。在山中流浪的不安與焦躁，彷彿已是遙遠的往事。儘管明天的命運無法預料，卻沒有任何不安。司祭向看守要了強韌的日本絲和繩子，做成念珠，整天都靠著祈禱或念《聖經》的句子度過。晚上，他躺在床上，閉上眼睛，一邊聽著雜樹林中山鳩的啼叫聲，一邊在腦海里描繪著基督一生的每一幕。對他而言，基督的面孔從自己孩提時代起就是一切夢和理想寄託所在。基督在山上向群眾說教的面孔，在加利利湖度過黃昏時刻的面孔，那樣的面孔甚至受到拷打審問時也美麗如常。溫柔，而能沁入人心深處的清澄眼睛一直注視著他。那是一張誰都無法侵犯、不能侮辱的面孔！想到這裡，宛如小波細浪在海濱靜靜地為沙子吸去似的，所有的不安、恐懼似乎都被吸走了。
每天過著到日本之後好容易才體會到的靜謐日子。司祭想到這種日子持續著，不也證明自己距離死亡已不遠了嗎？可以見得這些日子是多麼安靜、溫和地從他心中流過。第九天，司祭突然被拉到外邊來。由於長時間在暗無天日的牢房裡度過，他感到陽光如利刃般刺入凹陷的眼中。雜樹林中，蟬聲如瀑，看守的小屋後面盛開的紅花映入眼中。他現在才發覺自己的頭髮和鬍鬚已長得像浪人那般，臀部的肌肉消減得厲害，手臂細如鐵棒。他還以為會被帶去審問，哪知卻被帶到看守的小屋，推入用木格子圍起來的空房間。司祭不知道自己為什麼會被轉移到這裡來。第二天他才知道原因。
突然，看守的怒吼聲劃破了四周的沉寂，傳來幾個男女被從牢門趕到內庭的雜亂腳步聲。他們被關入那間昨天關押自己的黑漆漆的牢房。
「再不乖乖聽話，我可要揍人了！」
看守大聲喝斥。囚犯們反抗著。
「我們要鬧，要鬧得更凶！」
看守和囚犯之間起了一陣爭吵，但沒多久，就平靜下來了。傍晚，從牢房傳出他們祈禱的聲音。
我們在天的父！願你的名被尊為聖，
願你的國來臨，願你的旨意承行於地，如在天上一樣！
我們的日用糧，求你今天賜給我們；
寬免我們的罪債，猶如我們也寬免得罪我們的人；
不要讓我們陷入誘惑，但救我們免於凶厄。
夕靄中，那些男女的聲音有如噴泉，一會兒便消失了。在他們唱和著「不要讓我們陷入誘惑」的聲音中，混合著一種悲傷的呻吟調子，司祭一邊眨著凹陷的眼，嘴唇也附和著他們一張一合。你一直都保持沉默，但你不可能一直沉默著！
翌日，司祭問看守，可否探望那些囚犯。囚犯們正在嚴厲的監視下，於中庭開闢耕地。
司祭一到中庭，無力地揮動著鋤頭的五六個男女就很訝異地轉過頭來。司祭對他們還有印象，也還記得退了色的、襤褸的農作服。只是，當他們朝這邊轉過頭來時，他判斷他們可能長期被關在暗無天日的牢房——男人的頭髮和鬍鬚都很長，女人臉色蒼白。
「哎呀……」其中的一個女人叫著，「是神甫啊……我們都沒認出來！」
她就是那天從胸口掏出香瓜給司祭的女人。她的旁邊，像乞丐的獨眼男子親切地笑著，露出排列不齊的黃牙。
從那天起，他取得看守的許可，每天早上和黃昏兩次到這些信徒的牢房裡去。那時候，看守們盯得比較松，知道信徒們絕不會胡來。沒有葡萄酒和麵包不能舉行彌撒；不過，司祭和信徒們一起禱告，聽他們懺悔。
你們不要倚靠君王，不要倚靠世人，他一點不能幫助。他的氣一斷，就歸回塵土。他所打算的，當日就消滅了。以雅各的神為幫助、仰望耶和華他神的，這人便為有福。
他對囚犯們一字一字地念出舊約的句子，大家都傾聽，連咳嗽聲也沒一絲。看守也默默地聽著。以前不經心地讀過的這些《聖經》句子，從未像現在這般為了信徒、為了自己真心誠意地念出來。每個字、每個句子，都有了它新的意義和分量，沁入胸中。
從今以後，在主裡面而死的人有福了！
司祭熱切地說：你們不會再碰到苦難了。主不會永遠拋棄你們。他會洗滌我們的傷痛，會伸手拭凈血跡！主不會永遠沉默。
傍晚，司祭為囚犯們做告解的奧跡。由於沒有告解室，他就把耳朵湊到遞食物的洞口，聽對方小聲地懺悔。其間，其他的人就擠在角落裡，盡量避免妨礙告解的人，司祭想到自從到友義村之後，就只有在這間牢房，自己才能夠執行身為神職人員的任務。他在心中祈禱，希望這裡的生活能夠永遠繼續下去。
聽完告解之後，他用在庭院中撿的雞毛，把登陸以來的回憶點點滴滴寫在向警吏要來的紙上。這些紙片能否送到葡萄牙人手中，就不得而知了。或許有信徒會想辦法把它送給在長崎的中國人。就是這點滴的希望促使他動筆寫的。
晚上，司祭在黑暗中坐著，聽雜樹林里山鳩「赫！赫！」的啼叫聲。那時，他感覺到了一直注視著他的基督的面孔，藍而清澄的眼睛安慰地凝視著他，那張面孔是平靜的，卻充滿了自信。司祭對著那張面孔說：「主啊！你不會再拋棄我們吧！」彷彿聽到他的回答：「我不會拋棄你們。」司祭搖搖頭，又豎起耳朵，然而聽到的只有山鳩的啼叫聲。黑暗更深、更濃了，但是，司祭感到自己的心靈，雖然只是一瞬間，卻被洗滌過了。
一天，看守打開鎖，臉從門口伸進來。
「換衣服吧！」一襲衣服放在地板上，「你看，是新的哦，十德和棉質內衣，對了，這是給你的！」
看守告訴他，「十德」指的是和尚穿的衣服。
「謝謝你！」司祭瘦削的臉頰上浮現出微笑，「不過，請拿回去吧，我什麼都不要。」
「你不要嗎？不要嗎？」看守像小孩般搖頭，卻貪婪地看著衣服，「是奉行手下的官差送來的呀！」
司祭拿自己穿的麻布衣和這嶄新的衣服相比較，心想：那些官差為什麼會給自己和尚的衣服呢？他不知道這是奉行所對囚犯的憐憫，還是他們的計謀。不過，有了這衣服，自己和奉行所從今天起就有了關聯。
「快點！快點！」看守催促，「官差們很快就到了。」
沒想到這麼快就要受審。他每天把受審的場面想像成彼拉多和基督相對的戲劇性場面，群眾叫嚷，彼拉多猶豫著，和基督沉默地站著。可是，現在這裡只有一隻秋蟬從剛才起一直發出誘人沉沉欲睡的鳴叫。午後經常是這樣。信徒們的牢房又恢複了寂靜。
司祭向看守要熱水擦拭身體，手臂緩緩伸進棉質內衣。沒有布料的舒適感覺，反而有一種因為穿這衣服等於向奉行所妥協的恥辱感在肌膚上流竄。
中庭里，幾把折凳並排成一列，折