黃巢一度嚮往和留戀的長安城再次成為紛爭和殺戮的主要戰場。等一切都安定下來的時候，長安的建築已經蕩然無存，只有殘垣斷壁還保留有昔日雄偉的影子。這個曾經包容萬千的城市，已經被肢解得支離破碎，不知道秩序和道德為何物了。以致宋朝開國皇帝趙匡胤在選擇京師的時候，西望長安，也不得不深深嘆息：這個盛名超過了歷史上任何其他政治中心的城市，在歷經了千萬殺戮後，再也沒有成為京都的可能。
黃巢建立大齊政權後，與之前一度戰無不勝、攻無不取的威風形象判若兩人，既沒有出台什麼改革措施，以穩定人心，也沒有及時出兵，乘勝追擊望風而逃的唐僖宗，也沒有消滅關中附近的禁軍，以致給了唐朝廷以難得的喘息機會。
而黃巢本人當了皇帝後，開始了花天酒地的享樂生活，一頭扎進了後宮的溫柔鄉中，為爭相獻寵的宮女和宦官所包圍，與宮門外的世界完全隔絕。上行下效。農民軍將領們在得到高官厚祿後，也沉湎於紙醉金迷的生活，不思進取。尤其令人難以置信的是，黃巢也很快學會了唐朝皇帝的那一套，開始派宦官去當監軍。這是相當令農民軍將領寒心的一項新舉措。這些農民軍將領在外駐防，辛苦地拱衛長安，非但不能享受京城花天酒地的生活，還要遭到曾經稱兄道弟、親密相依的大齊皇帝的猜忌，背後始終跟著雙監視的眼睛，這是怎樣的感受，又是怎樣的難受！從某種程度上說，後來不少農民軍將領投降唐朝廷，多多少少跟宦官監軍有關。
不過，黃巢進長安後立即傳檄諸道，收服藩鎮。在農民軍聲勢的威懾下，唐藩鎮中有十分之三四都投降大齊政權。黃巢一時更加志得意滿。他沒有意識到，這些藩鎮不過是各懷私心，不願意替唐朝廷出頭，暫時持觀望態度，降跟叛一樣，對他們來說不過是家常便飯，這些藩鎮實力雄厚，對農民軍的潛在威脅卻絲毫沒有減少。首先發難的是已經投降黃巢的河中留後王重榮。
王重榮三兄弟皆入軍籍，父親是禁軍將領。乾符年間，王重榮任河中都虞候。廣明元年（880年）十一月，正值黃巢跨過長江，進兵中原之際，唐朝廷忙得焦頭爛額，疲於應付。王重榮趁機煽動軍士作亂，四亂搶劫，河中坊市被搶奪一空。並率軍包圍了節度使府，要求河中節度使李都交出大印。唐朝廷對此無能為力，只好順乎「民意」，任王重榮為河中留後，將河中節度使李都召回京師。自此，王重榮完全控制了河中兵權。黃巢率軍攻克潼關後，王重榮主動派人向黃巢請降，於是被黃巢任命為河中節度使。
黃巢雖然攻進了長安，但農民軍所控制的地盤只限於長安四周。黃巢進長安後，糧草供應是農民軍最緊迫的問題。農民軍四處流動作戰，還不能控制漕運，河中（今山西永濟）的地位在這個時候就凸顯出來。為了調發兵糧，黃巢不斷派遣使者到河中督促糧運，使者前後竟然有數百人之多。河中吏民不堪忍受，苦不堪言。王重榮忍無可忍，對部眾說：「起初我屈節事賊，是想緩解軍府的急患，如今黃巢來調財不已，又要徵調士兵，我們早晚要死於他手，不如發兵抗拒黃巢。」「眾皆以為然」。於是將黃巢派來的使者全部處死，重新歸附唐朝。此時，距離王重榮主動投降黃巢不過十四天。
王重榮料到黃巢必然來大舉來攻，一面積極備戰，一面主動與義武節度使王處存聯絡，要求連兵抗齊。
王處存祖上數代均為神策軍軍官。他父親一面當官，一面經商，這是當時神策軍官流行的做法。但王父卻善於經營，很快成為長安巨富。王處存成年後也能繼家聲，當上了節度使，成為家族中官職最高者。王處存聽說長安失守後，痛哭了好幾天。這其中自然有心痛王家在長安的巨額財富的因素在裡面。之後，王處存決定與農民軍不共戴天，所以，他在出師對抗黃巢的行動中特別積極，與其他藩鎮要麼投降黃巢、要麼坐山觀望的態度截然不同。當時僖宗還在逃難當中，王處存不等收到詔令，就主動派軍隊入援，調遣軍隊二千人走小道趕到興元，以護衛僖宗的車駕。
黃巢聽到王重榮殺掉己方使者的消息後，勃然大怒，派弟弟黃思鄴從華州發兵，得力部將朱溫從同州發兵，兩軍會合後，一齊進攻河中。然而，王重榮早有防備，出兵拒戰，大破黃思鄴和朱溫軍。剛好此時大齊的吏部尚書兼水陸轉運使張言押運四十多船糧食兵仗，停在風陵渡，也被王重榮趁勢截獲。張言無法向黃巢交差，只好隻身駕小舟往下游逃去。
之後，長安農民軍的軍需供應就更加困難了。黃巢的得力謀士費傳古出了個主意，讓黃巢派朱溫開闢一條山南交通線。朱溫率數千精兵，賓士千里，一舉拿下鄧州。有了鄧州作屏障，商、洛至蘭田關的運路便暢通了。如果再給朱溫增兵，或者由朱溫自行發展，逐步打通襄、荊大道，形勢可能會再生變化，但此時黃巢還無此遠慮，朱溫本人也未必有此雄心。
王重榮一戰得勝後，聲勢大振。義武節度使王處存親自率部趕來支援。而驚魂未定的唐朝廷也開始了調度，以進行反擊。僖宗任命鳳翔節度使鄭畋為京城四面諸軍行營都統，相當於進攻長安的總指揮。鄭畋走馬上任後，立即任命涇原節度使程宗楚為副都統，前朔方節度使唐弘夫為行軍司馬。大批唐軍開始調動，向長安結集。
長安城中的黃巢這才開始擔心。中和元年（881年）三月，黃巢派尚讓率眾五萬進攻鳳翔，打算打敗在鳳翔指揮唐軍的鄭畋以壯聲威。尚讓自恃農民軍一直戰無不勝，而對手鄭畋不過是一介書生，定然不諳軍事。然而，麻痹大意下，尚讓軍在龍尾陂中了埋伏，被唐軍大敗，農民軍損折過半。
鄭畋乘勝傳檄天下藩鎮合兵推翻大齊黃巢政權。當時僖宗李儇逃入成都，詔令不通，諸鎮以為唐朝廷就此完了，因此大多坐山觀望局勢發展，收到鄭畋檄文後，諸鎮各懷目的，爭相發兵關中。夏綏節度使拓跋思恭也糾合夷、夏之兵，會合鄜延節度使李孝昌，結盟討伐義軍。代北監軍陳景思率沙陀酋長李友金及薩葛、安慶、吐谷渾諸部入關助陣。奉天鎮使齊克儉主動派人與鄭畋聯繫，要求效力。前夏綏節度使諸葛爽本已投降大齊，此時又自河陽奉表降唐。
中和元年（881年）四月，唐軍向長安推進。鄭畋坐鎮盩厔，命唐弘夫進軍渭北，王重榮駐守沙苑，王處存進居渭橋，拓跋思恭紮營武功，形成圍攻長安之態勢。
尚讓兵敗回長安後不久，便發生了尚書省大門題詩事件。尚讓怒不可遏，在長安大肆屠殺。整個長安籠罩在一片恐怖的氣氛中。加上城外唐軍大兵壓境，就連農民軍自己也感到氣氛緊張，壓抑得令人難受。
在這樣的情況下，黃巢非常擔心長安城內發生變故，農民軍受到裡應外合的夾攻。他現在才知道，皇帝的寶座並不是那麼好坐，長安的天子也不是那麼好當。他曾經嚮往的華麗的宮殿，在目前看來只是空落落的成片的屋子，令人恐懼而沒有安全感。
顯然，在各種各樣莫名的壓力下，黃巢的日子十分不好過。中和元年（881年）四月初五黃昏時分，黃巢正一肚子惆悵，煩惱不堪。北苑突然有唐軍大聲叫喊，黃巢誤以為唐朝大軍趕到，驚惶失措，匆忙率軍從春明門出城，往東退走。城內其他農民軍得知皇帝逃跑後，紛紛就近從各門一擁而出。數十萬農民軍就此退出了長安，散布在灞上和南郊山野。長安頓時成了一座空城。
值得一提的是，農民軍完全是在不明唐軍的情況下因恐懼撤出長安城的，並非是黃巢事先胸有成竹，安排了「誘官軍入城，伺機反攻」的妙計。只不過，黃巢出城後不久，天便黑了下來，如果點火繼續趕路很容易被唐軍發現目標，於是黃巢就地安營紮寨，打算第二天天亮再走。想不到，這一停，局勢就完全起了變化，令人不得不感慨偶然性在歷史棋局中的神妙。
黃巢匆忙撤退後，城外的唐軍也搞不清城中的情況。唐京城四面諸軍行營副都統程宗楚率部先自延秋門進入，行軍司馬唐弘夫唯恐落後，也緊跟著貿然進入。隨後，義武節度使王處存率五千銳卒入城。
長安城內的百姓聽說唐軍打回來了，爭相趕來歡迎慶賀，為唐官軍獻食敬酒，歡呼聲響成一片。有百姓還用瓦礫投擊尚在城中的黃巢散軍，也有百姓主動收拾箭頭供給唐官軍。由此可見黃巢在長安始終不得人心。
這時候，天已經黑了，先入城的程宗楚、唐弘夫、王處存三路人馬爭功圖利心切，貿然進城後，誰都沒有想到要派兵去守城，而是生怕後面諸將都趕到後搶了功勞，既不派人向總指揮鄭畋報告，也不跟長安外圍其他各道人馬聯絡以結援兵，更不打算派兵追擊農民軍，而是連夜瘋狂地去搶戰利品。這一搶就亂了套，不光是搶官署的，連百姓家也遭了搶。
因為已經是晚上，夜黑難辨，為了便於識別，王處存下令唐官軍通通用白布裹頭。許多長安坊市無賴之徒卻趁機渾水摸魚，也以白巾為號，混同唐軍，一起趁火打劫。長安城裡無比混亂，長安百姓再一次承受了巨大的苦難。這苦難，是難以名狀的，他們本來是歡天喜