一九五九年，三位美國學者在台灣實地調查教育文化狀況，寫了一篇報告，直指台灣是「文化沙漠」（ｃｕｌｔｕｒａｌ ｄｅｓｅｒｔ）。台北的「學術權威」李濟認為「旁觀者清」，心有戚戚焉。他把這三位學者分析「文化沙漠」的成因，歸納為五條：
一、最初接收時，有些訓練不夠的人做了教授；二、大陸來的學人，精神頹唐不自振作；並且不少失去了讀書興趣的人以教書為臨時職業；三、教育界五日京兆的心理，沒有做任何長期打算；四、社會裡、政治里流行的各種禁忌，因之思想的範圍大大地受了限制；五、青年的學者不肯到大學來。（「文化沙漠」，《自由中國》第二十一卷第十期（一九五九），頁三Ｏ二）
其實，這五條之中，第四條是「綱」，其他都是「目」。「各種禁忌」，乃是政治高壓的產物；在政治高壓下，思想不僅受到限制，根本受到禁錮，以至於形成冰河狀態。思想應該愈活潑、愈有問題愈好，因為活潑的思想才能產生創造文化的智慧，有問題的思想才能使文化進步與繁榮。然而在蔣氏父子的高壓下，思想有問題是可以被槍斃的，有幾個人敢惹「思想」，當然導致思想的冰河，而文化沙漠正是思想冰河之果。
蔣介石搬運了許多寶貝到台灣，除了國庫黃金、故宮國寶等等之外，還有完整的國民黨特務。軍統、中統之名雖已消失，但其實體更為集中，由蔣經國一手掌管黨政特務機構，所統率的特務人員一開始就有五萬餘名。蔣家的特務到了台灣之後，地小權大，更由於「戒嚴令」的配合，布下天羅地網，其得心應手為大陸時代所未有。何況作為特務頭子的蔣經國，更遠非大陸時代的戴笠可比。蔣介石與戴笠只不過是主僕關係，而與經國有父子關係，豈可同日而語？於是特務勢力在太子的管轄與指揮下，籠罩全島。至於一九五Ｏ年七月公布的《中國國民黨改造方案》，名為「改造」，實系「集權」，把權力更加集中到蔣氏父子手中。至國民黨第七次全國代表大會於一九五二年十月召開時，「改造」完成，除蔣介石當然連任總裁外，蔣經國已躋身中央委員，名次僅在陳誠之下。
蔣氏父子初到台灣時，驚魂未定，草木皆兵，為了他們的「安定」，殺戮尤慘。政工幹部學校出身的江南（劉宜良）在所著《蔣經國傳》中，有頗為具體的透露，如謂：
位於台北植物園附近的馬場町，取代過去南京雨花台的地位。據執教東京立教大學的戴國輝說：「我當時在南海路的建國中學念書，有天我看到一輛卡車，載著七八位犯人，雙手背綁，口用白布扎著，大概怕他們聲張，一忽兒，傳來槍聲。我心裡想，他們做了革命的烈士了。」翻開五十年前半年的《中央日報》，「匪諜××等數犯，昨日槍決伏法」的標題，一周出現好幾次。以「匪嫌」名義，送往青島東路軍人監獄、台東綠島，或用麻袋捆紮，未經司法程序，丟到海里餵魚的，不計其數。台北的一位化學工程師陳天民，江蘇靖江人，因為出言不慎，告訴投奔他的鄉親們說：「台灣都快解放了，你們還來這裡幹什麼？」經人檢舉，判刑十五年。陳當然不是「匪諜」，沒有任何證據支持保安司令部軍法處的指控，充其量，不過是對國民黨的統治前途失去信心而已。諾貝爾獎金得主李政道的母親張明璋女士，和兒子李崇道（後來曾擔任中興大學校長）因在淡水家中，留宿一位廣西大學時候的同窗，卒以「掩護匪諜」，鋃鐺入獄。（頁一八三）
此一「恐怖世界」即為蔣經國指揮下特務們的「傑作」。在「恐怖世界」里，朝野誠惶誠恐，以蔣氏父子的馬首是瞻。特務勢力是蔣介石在台灣的權力基礎，是蔣經國繼承權力的階梯。
在此一背景下，任何「左」傾思想固然十惡不赦，格殺勿論，連溫和的自由主義與民主思想，在蔣氏父子控制下的台灣也絕無容身的空間，其犖犖之大者，就是發生於一九六Ｏ年的雷案。雷案的主角雷震字儆寰，原是老國民黨員，大陸撤退來台後，與一些擁蔣的自由派分子如胡適、毛子水等辦了一份以《自由中國》為名的半月刊。胡適在赴美的船上還替這份雜誌寫了發刊詞，並由胡適擔任發行人，後由雷震繼任。《自由中國》這一名稱是很好的宣傳，以別於大陸上的共產中國，許多人便把台灣稱作「自由中國」，其實蔣介石的台灣既不「自由」亦不「中國」?選更具諷刺性的是，蔣介石終於把《自由中國》扼殺了，判了雷震十年徒刑。
《自由中國》的宗旨，原是要「支持並督促政府走向進步，逐步改革，建立自由民主的社會」。蔣介石在嘴巴上絕對不會反對「自由民主」，但骨子裡關切的是鞏固權力以及替兒子接班鋪路，而這種「關切」往往與自由民主不搭調。《自由中國》的一個主要筆杆子殷海光（原名殷福生），原來也是國民黨員，後來成為羅素的信徒，大唱英美自由主義思想，自然與封建獨裁的現實相扌干格，逐步增強對現實的批評，涉及政治、經濟、教育各個層面。一九五四年，《自由中國》批評到蔣經國的「青年救國團」控制青年學生，蔣介石「勃然大怒」之下，於是同年十二月二十八日，親自開除了雷震的黨籍（見《雷震回憶錄》，頁三六〇），雷震被迫成為黨外人士。
《自由中國》在蔣氏父子特務勢力的陰影下，生存多年，主要利用了蔣介石為了討好美國而打出的「民主」招牌，所謂以子之矛攻子之盾，即以「言論自由」之矛攻「黨化教育」之盾、以「自由經濟」之矛攻「金融管制」之盾、以「多黨民主」之矛攻「一黨專政」之盾。一九五六年十月是蔣介石的七十大壽，《自由中國》又利用了蔣氏「婉謝祝壽」、「均盼海內外同胞直率抒陳所見」的聲明，出刊了《祝壽專號》，對蔣介石個人提出直率而又剴切的建議和批評。專號的社論更明確地勸蔣不要違憲連任總統，並要求黨部退出軍隊，使軍隊國家化。（見第十五卷第九期）
面對這些挑戰，蔣經國直接控制的國防部總政治部發動了「向毒素思想總攻擊」的運作，《自由中國》的台柱胡適尤成為「攻擊」的大目標。……（略——編者）胡適在圍剿聲中，感到回台灣比留在外國更重要，遂於一九五七年年底答應就任中央研究院院長。（參閱《胡適致趙元任函》，一九五七年七月二十八日）院長一職是由蔣介石圈選的，蔣任命胡為台灣最高學術機關的首長，未嘗沒有以「高官厚爵」籠絡之意，使胡多少有所顧忌，最後胡適果然未能以「去就」爭「自由」。
《自由中國》的命運也未因胡適於一九五八年四月回台長住後得到改善。特務們反而由「圍剿」進而迫害，而胡適竟要《自由中國》的執筆者多「容忍」，引起殷海光的不滿。雷震則在胡適回台以及美國輿論的鼓勵下，更向民主的方向邁進，進而要想組織反對黨了。至此，蔣介石不再顧民主的招牌，撕破臉皮，命特務製造匪諜案把雷震抓了起來。雷被捕後，胡適不肯主持組黨，其他的人在齊世英的影響下主張「穩健」，新黨遂胎死腹中。蔣介石達到「殺雞警猴」的目的。
雷案發生的時候，胡適正在美國，曾公開支持雷震。他回台灣後，蔣介石故意冷落他，農復會主任委員蔣夢麟比他晚回來，卻先見到蔣，而胡適卻得在「不談雷案」的約定下，才見到蔣。蔣平常與胡適見面，通常是兩人密談式的，這次卻是秘書長、秘書、副官全在的官式談法，顯然是有象徵意味、表示有距離了。但是見了面，胡適仍然忍不住要談雷案，很誠懇地想說明雷案如何在外國產生「很不好的反響」，胡適在一九六Ｏ年十一月十八日的日記中說：
總統說：我對雷震能十分容忍，如果他的背後沒有匪諜，我絕不會辦他。我們的政府是一個反共救國的政府，雷震背後有匪諜，政府不能不辦他。我也曉得這案子會在國外發生不利的反響，但一個國家有它的自由、有它的自主權，我們不能不照法律辦。這是他在九月十四日對美國西岸報人的談話，今日重說一遍。
這最後二十五字，寫得極見內功?選不溫不火，但把蔣對他的態度，畫龍點睛了。為了雷案，他顯然被蔣介石「見外」了?選不過，胡適在蔣面前一再「盼望此案能夠司法審判」，未免書呆?選軍法或司法審判，在國民黨內定判決結果下，又有何不同？又有什麼好爭的啊？胡適對蔣介石苦口婆心，而蔣介石居然說：「胡先生同我向來是感情很好的。但是這一兩年來，胡先生好像只相信雷儆寰，不相信我們政府。」胡適聽後，激動了起來，說是話說重了，在這天日記中，猶情見乎辭。胡適「願意用我道義力量來支持蔣介石先生的政府」始終不渝。他早於一九四八年十二月，蔣政權危急時，力求美國支持蔣作戰，且在美國人面前流了淚（見司徒雷登函載Ｒｅａ ＆ Ｂｒｅｗｅｒ ｅｄ.， ｔｈｅ Ｆｏｔｔｅｎ Ａｍｂａｓｓａｄｏｒ，Ｐ．２９２），有點像秦廷之哭。如此擁蔣使他根本沒有多少旋轉餘地，卻有無限傷感。他對國民黨和黨外，都有霧裡看花的一派天真。中國政治中像他這種有地位的清客，最後是及身而絕了。最可憐的是，以他最後的苦口婆心，竟