國民黨的二大三中全會在蔣介石拒不出席的情況下，沒能真正解決問題，強調「恢複黨權」，欲以黨來控制槍杆子也徒託空言。不過至少暫時掩遮了波濤洶湧的政潮，以及蔣總司令悍然抗命的威脅，軍事行動得以繼續進行，然而隨著軍事的發展，蔣介石權勢的上升，政潮與威脅反而與日俱增。
國民革命軍繼續軍事行動，兵分三路，西路唐生智任總指揮，與國民軍總司令馮玉祥夾擊河南，中路由蔣介石擔任總指揮，李宗仁率江左軍，程潛率江右軍，沿長江而下，進掠南京、安慶等地。東路白崇禧於二月十日即已佔領杭州，等待何應欽自福建北上的縱隊，會師後向淞滬挺進，於三月二十日入據上海附近的龍華。稍後於三月二十三日，程潛江右軍佔領南京，由於革命軍之反帝，英美帝國主義於翌日炮轟南京城以示威，死傷約千餘人。李宗仁江左軍於三月中已達安慶，守軍陳調元「附義」，不血刃而定安徽，北洋長江艦隊亦於三月二十三日「起義」，北洋軍隊遂退守徐州一線，至此長江中下游盡入國民革命軍之手。奪取長江下游如此神速，鮮遭抵抗，固然由於革命風潮澎湃、民心歸向，令敵無鬥志。然而同時還有別的奧秘。據於此時訪問南昌的俄國漢學家卡沙寧(Marc Kasanin) 探知，蔣介石在南昌發動攻勢之前，已用威迫利誘手法，逐步贏得京、滬歸順，因其十分渴望與長江下游的資產階級結合，然後與革命分道揚鑣。(見氏著a iwenties，P.196)
蔣介石此時已與軍閥、資本家、帝國主義勾結妥協，但絕不肯與國民黨左派與共產黨合作，他已決心抗爭到底。他於三月十六日臨行之前下令解散南昌市國民黨黨部，直接向「恢複黨權」的訴願挑戰，同時又解散南昌學聯以及查封《貫徹日報》。十七日抵達九江，槍斃市黨部與工會負責同志四人，又於二十三日搗毀設在安慶的省黨部與總工會。
蔣介石以槍杆子對付黨的行徑，武漢中央頗為震驚。孫中山的兒子孫科就在中國國民黨中央委員會政治委員會第八次會議上憤然說：「(蔣)現在愈鬧愈不像話，好像是他總司令的世界，為所欲為，把黨的威權弄得掃地，我們如果再不下決心，何必還革什麼命!」但是武漢中央政府猶如遙控脫韁之馬，難以著力。而蔣介石又玩弄兩面手法，骨子裡一意孤行，表面上服從中央，如三月三十日還發電請示軍事外交方針，以至於連鮑羅廷尚欲「愛惜蔣同志」，幫助他不受反革命包圍。(見《中國國民黨中央執行委員會第二屆常務委員會第五次擴大會議速紀錄》)當然武漢中央也想到過解除蔣介石的兵柄，不僅僅是鮑羅廷與中共黨人，國民黨中重要人物如譚延、徐謙、顧孟余、鄧演達、張發奎等人曾經一再勸說戰功甚高的李宗仁，取而代之。(見《李宗仁回憶錄》，頁二八九)但李宗仁以洪楊同室操戈為鑒，不肯答應。三月下旬武漢中央還草擬了一個伺機逮捕蔣介石的密令，由國府代主席譚延闓親筆寫在綢子上，交給在南京的程潛執行，但程潛雖然擁護武漢三中全會決議，但不願因執行密令而導致國民黨的分裂，卻沒有想到程潛離寧以後，他委託衛戍南京的楊傑與賀耀組竟倒向蔣介石，蔣遂下令調程之二、六兩軍北上，使整個南京城完全在蔣控制之下，卒令滬杭甬盡成蔣氏天下。(參閱楊天石《尋求歷史的謎底》，頁五二六至五二七；另參閱Wu T』ien-wei，g Kai-shek』s April 12th Coup of 1927 P．154)
蔣介石於三月二十六日自安慶抵達上海，了解到中共與工會的實力，頗感驚異與不安。緣自三月二十一日，東路軍前敵總指揮白崇禧兵臨上海城郊，因怕帝國主義軍事干涉，不敢遽攻，然而市內總工會組織第三次大罷工，發動五十萬人，終於克複上海。周恩來與顧成章指揮下的武裝工人糾察隊，約有二千七百餘名。蔣抵滬後，立即受到右派分子以及買辦、幫會、帝國主義者的包圍與支持，實力亦屬不小，何況還有包括桂系在內的武力後盾。三月二十八日吳稚暉就提出「請查辦共產黨」呈文，擬斷然結束孫中山的容共政策。
吳稚暉是個進了大觀園的劉姥姥，「一貫以插科打諢的丑角姿態出現」，以博取主子的歡心。自中山艦事件以後，一直為蔣開鑼喝道、保鏢幫腔，此時在滬倡議清黨既是奉命辦事，也是善體君意。蔣介石蓄意清黨已久，到上海後更感「吾道不孤」。但是清黨分共牽涉到國民黨根本政策的改變，不僅茲事體大，而且影響到整個革命的前途，更不必說因分裂可能造成的嚴重後果了。
就在此緊要關頭，國府主席汪精衛返抵國門。汪氏不是悄然返國，而是在國民黨同志們千呼萬喚始歸來，尤其是由於國民黨內部危機四伏，切望汪能復職扭轉乾坤。即使是蔣介石，雖然在心中或私下不願汪回(見陳公博《苦笑錄》)，但在表面上仍然是函電懇請，甚至要派張靜江、李石曾到法國去迎駕，說是「非兄速回，不能補救；望兄之切，無由表示，請以兄念弟愛弟者，而測弟孺慕之情為何如」，甚至假仁假義地說：「如兄不來，則弟唯有辭去一切職務，以謝國人。」(引自蔡穗金《汪精衛評傳》，頁一一五)汪精衛終於繞道俄國，自海參崴回到了上海，那天正好是一九二七年四月一日愚人節。汪氏回國後的遭遇，確有不少「愚人」的意味。
蔣介石親往碼頭迎汪，移樽就教，闢室密談。蔣之意旨十分明確，即要汪跟他一起清黨反共趕走鮑羅廷，採取斷然措施。這當然也是蔣支持汪「主持一切」的條件。但是汪精衛是國府主席，雖稱病出國，主席一職仍由人代行，而三中全會繼續被選為黨的最高領導人，總不能跟在一個總司令後面擅自做重大的政策改變，否則何異吳稚暉之投靠，更置武漢黨中央同志於何地？即使要改變政策，亦應從長計議，召開黨的四中全會來決定，誠如汪氏致函李石曾時所說，聯俄容共政策，「絕非不可更改，然更改必須依據黨的紀律，非可以個人自由行動，亦非武力可以迫成。」(《汪精衛全集》，頁一八四)汪之不能應蔣之求，留滬「清黨」，是必然的。
蔣介石及其「清黨」的附和者顯然在汪面前，力數共產黨的「陰謀」，要打倒國民黨、打倒三民主義，以及製造恐怖、引發外交衝突等等。這種指控如果屬實，當然有違當初國共合作的原則、破壞了合作的基礎，於是汪在上海兩次往訪中共總書記陳獨秀，欲探明真相。陳力言絕無此事，親筆作書，並表之於《汪陳聯合聲明》之中，以昭公信。陰謀既系謠言，則蔣介石用武力「清黨」的主張便無著落，汪自無不維護聯共政策之理，故汪陳於聯合聲明中說：
兩黨合作，本有各種不同的方式、重要之點，是在兩黨大多數黨員，雙方以善意的態度，解決此問題，方不違背合作之根本精神。中國國民黨多數同志，凡是了解中國共產黨的革命理論及對於國民黨真實態度的人，都不會懷疑孫總理的聯共政策。(載《時事新報》一九二七年四月五日)
如果胸懷善意，面對此公開的宣言，自應盡量祛除誤解，再謀合作，以完成尚未成功的革命。孰料聯合聲明公布之後，吳稚暉立即無理取鬧，破口大罵，甚至譏嘲陳是中共的總書記，而汪之國府主席恐怕有名無實，暴露出吳氏有恃無恐，甘願充當蔣介石的打手。足見蔣等「清黨」，純粹為了反共而「清黨」、為了鞏固一己的權力而「清黨」，其他種種看似光明正大的理由，不過是借口而已。事已至此，汪精衛留滬若不順從蔣之意志，勢必糾纏不清，理性解決問題唯有回武漢中央處理。汪於行前致書蔣之親信張靜江，明言赴漢之必要，若謂：
黨事至此，以銘之愚，唯有提議開四次會議於南京，以解決糾紛，舍此實無出路。欲達此目的，不得不往武漢一行。(汪精衛一九二七年四月五日致張靜江書)
翌晨，汪即乘船溯江而上，於十日舟抵漢口，復職後成為國民黨中央與國府的最高領導人，並立即與譚延闓、孫科等協商到南京去開四中全會，以求解決問題，又於十三日，抵漢口的第三天，馳電蔣介石告知，「中央已經決定遷都南京，不日即可來寧開會」，要蔣耐心等待。哪裡知道蔣已於四月十二日在上海發動血腥鎮壓，史稱四一二事件。蔣顯因汪離滬赴漢而老羞成怒，悍然單幹，以示決裂，他雖身為中常委，既沒把汪精衛放在眼裡，也沒有把國民黨中央與國民政府放在眼裡，更無參與四中全會和平解決糾紛的誠意。
四月十一日晚，蔣介石命投誠的軍閥周風岐派兵嚴守閘北，當晚杜月笙將總工會會長汪壽華騙到家裡，爾後殺之。翌日清晨五時二十分，黑社會控制的中華共進會開始向在商務印書館的工人糾察隊攻擊，直到上午十時，三百五十名糾察隊被繳械。在浦東的糾察隊抵抗最烈，死傷也多。同日下午群眾集會市體育場抗議攻擊工人，南市聚集了五十萬人，海員工會宣布罷工。但是上海的商會卻通電慶賀鎮壓，並歌頌杜月笙、黃金榮、張嘯林三大流氓頭子，摧毀了總工會與糾察隊，更希望其他各地效法上海，殺盡共產黨。(見《第