國民革命軍佔領武漢之後，就戰略形勢而言，應該趁第七、八、四三軍勝利餘威，配合其他各軍，繼續大舉北上，進取河南，與已接受俄援的馮玉祥部夾攻直、奉軍閥，以定中原。
蔣介石的俄國軍事顧問加倫就是傾向這種戰略，但是蔣本人早已決定回兵江西。因為他雖是總司令，然而除了直屬於他的第一軍，其他各軍軍長都是在他名義下的諸侯，他雅不願讓李宗仁、唐生智等諸侯功成名就。他於李、唐等軍逼近武昌時，就在日記中寫道：「余決離鄂向贛，不再為馮婦矣。」(《蔣介石日記類抄·軍務》)對於唐生智的「盛氣」，尤感「奇辱」。此外，他回兵江西顯然著眼於長江下游的江浙一帶——他的發源地。他後來在南京重建自己的政權，絕非偶然。
江西與江蘇、浙江、安徽、福建五省，原屬五省聯軍總司令孫傳芳統轄範圍，猶同聯省自治，以「保境安民」為口號，顯示此五省百姓不願被捲入戰禍。所以早在一九二五年底，孫即派人赴粵修好，希望互不侵犯。蔣介石則要孫「順應革命潮流」，然後可以承認孫為五省總司令。此時北伐軍針對吳佩孚，自無與孫啟釁之理，實欲各個擊破。當一九二六年六月，北伐軍已經入湘，孫仍然拒絕吳佩孚的請援，堅持中立，五省紳商更呼號和平。即使北伐軍進入江西省境，孫仍派代表項子和至粵，「稱不願作戰，表示誠意」，譚延闓致蔣總司令函提及，「弟等告以我軍從來無敵孫之意，取江西系戰略需要，非佔地盤，得贛可不再進。」(中國第二歷史檔案館原件，印本見楊天石《尋求歷史的謎底》，頁四八一)既取之，又說「非佔地盤」，誰曰可信？「得贛可不再進」，更不可信，孫傳芳自然要出師援贛。事實上，漢口未下時，蔣介石就想提前進取南昌而未果；漢口戰局既定，更迫不及待親自入贛指揮作戰。他於九月十九日初抵江西萍鄉時，即聞程潛率師與城內工人學生里應，一舉攻下南昌，大喜過望，跑到萍鄉歡迎會上，用濃重的寧波口音發表演說，卻不自知犯了「孤軍深入」的兵家大忌，不到數 日，就被孫傳芳的鄧如琢部趕出南昌城。最糟糕的是蔣總司令直屬的第一軍王柏齡所率第一師全師覆沒。王伯齡不是別人，乃蔣之親信，黃埔軍校一開辦即任教授部主任，管理訓育，此時為第一軍代軍長，率師入贛，竟大敗虧輸，僅以身免。王柏齡所部大都是黃埔學生。李宗仁曾說：「黃埔軍校每期訓練時間不過數月，實際上只是一些軍士教育，距軍官教育相差尚遠，然全軍受革命風氣的熏陶，頗有朝氣，尚可作戰。」(《李宗仁回憶錄》，頁二一七)然而從江西戰場上看來，連這點朝氣都沒有了，而且漸趨腐化，自然會不堪一擊。
蔣介石於九月二十日南昌潰敗後，至高安親自指揮，企圖反攻。此時李宗仁開赴九江的第七軍改道南下，擊潰孫軍謝鴻勛部，為北伐軍入贛後的首次大勝，隨即於十月三日攻佔南潯鐵路重鎮德安。同時朱培德的第三軍佔領南昌附近的萬壽宮一帶。於是蔣介石更急欲以嫡系第一軍，會同第二軍與第三軍，反攻南昌，並親自督師清江。十月十日第四軍攻克武昌，士氣大振，蔣介石更親至南昌城外，不聽參謀長白崇禧的勸告，急圖強攻，不顧敵軍深構高壘之堅以及己軍背臨贛江之危，顯然是求勝心切，無奈敵方敢死隊趁月黑風高，從城下水閘破關而出，令想攻城的第一軍第二師第六團首當其衝，秩序大亂。蔣介石几次握住參謀長白崇禧的手問怎麼辦，幸而小諸葛事先已在贛江上游搭了浮橋，殘軍始得撤至西岸。
蔣介石親自指揮攻打南昌，又遭此大敗，自謂「終夜奔走，未遑寧息」(蔣氏一九二六年十月十一日日記)，於十三日撤退時更於日記中寫道：「因余之疏忽魯莽，致茲失敗，罪莫大焉，當自殺以謝黨國，且觀後效如何!」一九二二年蔣介石著《孫大總統廣州蒙難記》，說孫中山一開始是準備「一死殉國，以謝國民」的，可是緊要關頭，他的同志「乃以數人臂力，強挽總統出府」，要他逃亡，不要他殉國。此次在南昌城下大敗，他自己也想殉國，當然也會有人阻止他。他最後一次想殉國是一九四八年，徐蚌戰役失敗之後，自謂一開始是準備「以身殉國」、「上報總理，下對國民」的，可是緊要關頭，他的同志「一定要我去職下野」。結果呢，蔣介石雖然「決定以身殉職，死在南京，以盡我個人的責任」，但是他畢竟沒死在南京，「自感『今後我無死所了』!」(一九五O年蔣介石《軍人魂》講詞)表面上看來，國民黨總有那種不爭氣同志，在緊要關頭，總是剝奪了他們偉大領袖萬古流芳的機會、總是不讓他們偉大領袖去做文天祥。結果呢，他們偉大領袖一個個都「壽終正寢」而死，而不是「一死殉國」、「以身殉國」而死，落得只能「言教」而不能「身教」。其實骨子裡，偉大領袖根本在演戲，將「殉國」形之於筆墨、托之於言辭，就是要人剝奪他殉國的機會。真要死，誰能阻擋得了呢？這個把戲是從曾國藩那裡學來的。湘軍被太平軍打敗後，曾國藩就在眾目睽睽之下要投水自殺，哪裡死得了呢？其目的除自塑文天祥的虛假形象外，無非想藉此激勵士氣耳。
蔣介石在南昌城下假殉國外，還有一則陣亡的假消息。孫傳芳在九江的聯軍總部參謀處，根據傳聞便於十月十五日發出通電：
據俘虜及百姓均稱：蔣中正在南昌附近受傷甚重，聞系子彈中其腹部，因而致亡。俄人鮑羅廷、加倫等亦受傷，均抱頭鼠竄而去云云。(《晨報》一九二六年十月七日載《孫軍總部捷報》)
其實，蔣介石麾下將士雖死傷慘重，其本人卻毫髮無損，只是受到驚嚇，顏面上更不好看，被第八軍軍長唐生智瞧不起。俄國軍事顧問塔羅夫(Tairov)於一九二六年十月三十日寫給鮑羅廷的密報中有這樣一段話：
據我所知，唐生智自與蔣介石在長沙見過面之後，即藐視蔣在軍事與政治上的重要性。當蔣目擊兩個師被擊潰後，確實顯得不知所措，張皇失措。（Wilbur and How，Missionaries of Revolution 文件六九，頁七七三，另參閱頁三二四)
唐生智雖沒有低估蔣介石的軍事能力，但顯然小看了他的政治手腕。俄國顧問證實唐確有取總司令一職的野心，但認為唐之「革命性」不夠，尚不能稱為一革命將軍，哪知蔣之「革命」乃虛有其表，一旦反革命起來，俄國顧問只好吃不完兜著走了。蔣介石尚未被揭穿的「假革命」，無疑是俄國人至此仍然支持他的主要原因。
由於江西戰場失敗的後果，可以威湘粵甚至會導致整個北伐的垮台，所以各方注目。俄國軍事顧問加倫親往武漢求援，中共也調動組織，集中力量拆孫傳芳的後台。終於張發奎率第四軍十二師自武昌東下，李宗仁則率其第七軍自贛北南下，連戰皆捷。蔣介石雖於十月十五日制訂了「肅清江西計畫」，但肅清的兵力還要靠諸侯，左路由李宗仁與張發奎協同作戰，右路由朱培德的第三軍負責，中路則由程潛指揮，而蔣介石嫡系的第一軍一、二師僅為預備隊。俄國軍事顧問還調派飛機來助戰。
這次反攻顯與蔣介石的硬攻戰術有異，不急於奪取南昌，而把主力用於殲滅敵軍主力，並切斷九江至南昌的南潯鐵路，以絕後援。十一月一日拂曉發動總攻擊，次日左路李、張軍擊敗贛北孫軍，於三日佔領德安。中路程潛部肅清南昌西面敵軍，右路朱軍兵臨南昌外圍。十一月四日，孫傳芳遣師自樂化來援，朱軍左翼陣地動搖，蔣介石急命增援，但加倫將軍認無必要，鎮定自若，使他「甚慚自信力薄弱」。(見《蔣介石日記類抄·軍務》一九二六年十一月五日)阿基莫娃在《中國大革命見聞》一書中，對蔣介石當時的失態有生動的描述：
蔣介石焦躁不安，知道對他來說成敗在此一舉，一旦失利，他的整個前程就將成為泡影。蔣介石三番五次地當著總軍事顧問的面，真正地大發歇斯底里，搓手、哭泣，喊著「一切都完了」，說要開槍自殺。布留赫爾(Blucher，即加倫將軍)每次都是好不容易才讓這位神經脆弱的總司令平靜下來。(頁二○四至二○五)
在加倫將軍的鎮定下，陣地不但未亂而且穩定下來。十一月五日賀耀祖率部攻克九江，孫傳芳知敗局已定，返回南京。八日進攻南昌孤城，孫軍尋即投降，退出城外。九日蔣介石進駐南昌。江西戰役獲得全勝，雖多賴第七軍與第四軍的驍勇善戰，然而總司令的威信不僅得以挽救，而且加重了他的政治籌碼。
江西初勝，蔣介石才命駐守汕頭由何應欽指揮的第一軍進兵福建，孫傳芳的主力既在江西被殲，閩浙實甚空虛，但第一軍行軍仍然遲滯，至一九二六年年底不戰而入福州。至此國民革命北伐軍已佔有粵、桂、湘、鄂、贛、黔、閩七省，革命根據地亦由珠江之濱，延伸到長江流域，頗似當年太平軍北伐的聲勢。然而不免也像太平天國一樣，擁有半壁江山以後，發生劇烈的內鬥，而導致國民革命陣營內鬥的主角便是蔣介石!
蔣介石借中山艦事件搞政變，削弱了國民黨左派的權力，但第三國