東漢官制的基本特點是：1、中央集權加強，朝政大權集中於尚書台，三公九卿成為擺設；2、地方形成州、郡、縣三級制。下面一一說明。
一、上公
皇帝以下，中央設置三公九卿。但三公之上有上公，在新皇帝即位之時，則以太傅或太尉錄尚書事，總攬政務。
西漢時，上公有太師、太傅、太保，而東漢則僅有太傅一人。漢光武帝劉秀曾以卓茂為太傅，封褒德侯，食邑二千戶，賜几杖車馬。此後，每當新皇帝即位，輒置太傅錄尚書事，總攬朝政。東漢末，董卓曾在長安自尊為太師，位在太傅之上，但死後即除其官稱。
太傅有屬吏，據《漢官》記載有長史一人，秩千石，掾屬二十四人，令史、御屬二十二人。
二、三公
1．太尉（曾名大司馬）
督理全國軍事，也兼管民政。分領太常、衛尉、光三卿。
其屬吏有長史一人，秩千石，總管各曹事務。諸曹掾、史、屬二十四人。在諸曹中，西曹主府中官吏的任用；東曹主二千石的遷轉和任用；戶曹主管民戶、祠祀、農桑；奏曹主管奏議；辭曹主管辭訟；法曹主管郵驛日程期限；尉曹主管卒徒轉運事；賊曹主管盜賊；決曹主管刑法；兵曹主管兵事；金曹主管貨幣、鹽鐵；倉曹主管倉谷。此外，還有黃閣，主簿錄省眾事，為閣下諸吏之長。
又有令史及御屬二十三人，閣下令史掌管儀仗執事；記室令史掌管上章表報書記；門令史主管府門。其餘令史掌管各曹文書。
2．司徒（曾名大司徒）
掌人民事。掌教化，凡孝民孝悌、遜順、謙儉、養生送死之事，則議其制，建其度。凡四方民事功課，歲盡則奏其殿最而行賞罰。若國家有大事，即與太尉、司空共同商議。分領太僕、鴻臚、廷尉三卿。
屬吏有長史一人，秩千石。掾屬三十一人，令史及御屬三十一人。
3．司空（曾名大司空）
掌水土事。凡營城起邑，浚溝洫、修墳防之事，則議其利，建其功。凡四方水土功課，歲盡則奏其殿最而行賞罰。國有大事，則與太尉、司徒共商議。分領宗正、少府、司農三卿。
漢獻帝建安十三年（208年），改司空為御史大夫，職如司空，不領侍御史。其屬吏有長史一人、掾屬二十九人、令史及御屬四十二人。
三、九卿
西漢時，以太常、光祿勛、衛尉、太僕、大鴻臚、宗正、大司農、少府為九卿。東漢沿西漢舊制，也置九卿。九卿之長均加「卿」字，其秩皆中二千石。其所職掌，也與西漢略同，只是機構裁併，屬官精簡，有異於前。
此外，東漢的九卿，分別隸屬於三公。太常、光祿勛、衛尉三卿，隸太尉所部；太僕、廷尉、大鴻臚三卿，隸司徒所部；宗正、大司農、少府三卿，隸司空所部。
1．太常（曾名奉常）
掌宗廟事，一般不參加具體的行政事務，是九卿之首。秩俸中二千石，銀印青綬。
太常機構主要官吏：太常丞，秩俸千石，銅印黑綬，掌凡祭祀及行禮之事，總署曹事，典諸陵邑；太常掾，秩俸四百石，銅印黑綬，助太常丞；太史令，秩俸六百石，銅印黑綬，掌天時、星曆；太史丞，秩俸四百石，銅印黑綬，輔佐太史令；侍詔，秩俸二百石，分掌星曆，龜卜，請雨事；治歷，主曆法。
2．光祿勛（曾名郎中令）
原掌宮殿掖門戶，同時也是皇帝的顧問參謀和宿衛侍從。秩俸中二千石，銀印青綬。屬官有五官中郎將、左中郎將、右中郎將、虎賁中郎將、羽林中郎將。東漢末還有東、北、西、南中郎將。署中各有中郎、議郎、侍郎、郎中，皆無定員，多至千人，主要是執戟宿衛宮殿。
主要屬吏：車郎將，秩俸比千石；戶郎將，秩俸比千石；騎郎將，秩俸比千石。此三郎將統稱郎中三將，主宿衛扈從。左中郎將，秩俸比二千石；五官中郎將，秩俸比二千石；右中郎將，秩俸比二千石。此三郎將統稱中郎將，主宿衛扈從。
虎賁中郎將，秩俸比二千石；羽林中郎將，秩俸比二千石。此二將統稱為虎賁羽林，主宿衛扈從。光祿大夫，秩俸比二千石；太中大夫，秩俸比一千石；中散大夫，秩俸六百石；諫議大夫，秩俸六百石。此四大夫掌故問應對，為皇帝謀事。議郎，秩俸六百石，為皇帝謀事。
3．衛尉
衛尉，職掌宮門衛屯兵，是皇帝的衛隊長。秩俸中二千石，銀印青綬。
主要屬吏：衛尉丞，秩俸千石，衛尉卿助手；公車司令，秩俸六百石，掌殿司馬門，夜繳宮中；宮殿掖門司馬，秩俸比千石。
4．太僕
太僕掌車馬，天子每出，負責安排前後的禮儀隊伍。秩俸中二千石，銀印青綬。
屬吏：考工令，秩俸六百石，製作兵器，弓弩刀鎧。
5．廷尉
廷尉主管刑法和監獄以及審判案件，秩俸中二千石。銀印青綬。
屬吏：廷尉丞；廷尉左監；廷尉右監；廷尉左平；廷尉右平；廷尉正。
6．大行
分管諸侯及外事。秦及漢初稱典客，漢景帝中元六年（前144年）改名大行，太初元年（前104年）改名大鴻臚。為九卿之一，秩中二千石，銀印青綬。
屬吏：治禮丞；卒史；行人；翻譯；主客。
7．宗正
宗正主管皇室的宗室事務，皇帝、諸侯王、外戚男女的姻親嫡庶等關係都由宗正來記錄。秩俸中二千石，銀印青綬。
屬吏：宗正丞，秩俸比千石；宗正員吏；公主家令；公主丞。
8．大司農
大司農主管全國的賦稅錢財，是漢朝的中央政府財政部。凡國家財政開支，軍國的用度，諸如田租，口賦，鹽鐵專賣，均輸漕運，貨幣管理等都由大司農管理。秩俸中二千石，銀印青綬。
屬吏：大司農丞，秩俸千石，掌財政收支的統計財會事；大司農部丞，共有十三人，負責十三州事務；治粟都尉；太倉令。
9．少府
少府主管皇室的財錢和皇帝的衣食住行等各項事務以及山海池澤之稅，是皇帝的私庫。秩俸中二千石，銀印青綬。
少府機構屬吏：少府丞，秩俸比一千石，輔佐少府卿治事；符節令，秩俸六百石，率符節台，主符節事。
蘭台屬官：御史中丞，秩俸一千石，領殿中蘭台，掌圖書秘籍，受公卿奏事，糾舉不法；侍御史，秩俸六百石，分五曹辦事；御史員，秩俸六百石，留台治百官。
供皇帝服御諸令丞屬官：織室令，主織；御府令，主天子衣服；水衡都尉，掌上林苑；上林令，主上林；六廄令，掌天子六廄。
黃門令丞屬官：黃門令，掌侍左右，通報內外；中謁者，掌侍左右，通報內外。
四、尚書台
從表面上看，東漢中央職權似乎是三公、九卿在行使，但實際的權力掌握在尚書台手中，所謂「三公」只不過是傀儡，雖然分管了九卿，但都不能發號施令。《後漢書·仲長統傳·法誡篇》：「光武皇帝，慍數世之失權，忿強臣之竊命，矯枉過直，政不任下，雖置三公，政歸台閣（即尚書台），自此以來，三公之職，備員而已。」
故東漢中央官署與西漢之不同者，主要在於尚書台之設。尚書之官稱創始於秦代，但當時只是少府屬吏，主管傳達詔令，當時皆以文人為之。至西漢武帝，改尚書為中書，以宦官任之。西漢成帝時，再恢複尚書舊名，仍以文人任職。但終西漢一朝，尚書在中央政府中地位不高，只不過是宮廷收發而已。
東漢立國，開國皇帝漢光武帝劉秀不信任三公，將國家大權全部集中到自己手中。為了處理政務需要，侍從左右的尚書便成為皇帝最好的助手，自此尚書權威日益高漲。
尚書台本質即皇帝的宮廷辦公廳，執掌政務，事權極重，稱之為「政歸台閣」。所謂「台閣」，就是指宮廷辦事處的意思。
設尚書令一人，秩千石；尚書僕射一人，秩六百石；尚書六人，秩六百石，分為六曹：三公曹、吏曹、民曹、二千石、南主客曹、北主客曹。
又設左右丞二人，秩四百石；侍郎三十六人，每曹六人，秩四百石，掌文書起草；令史十八人，每曹三人，秩二百石；後增劇曹三人，合為二十一人。
五、除九卿外的其他要員
除三公、九卿、尚書台以外，東漢又有各級將軍，也是中央要員，《後漢書·百官志一》云：比公者四：第一大將軍，次驃騎將軍，次車騎將軍，次衛將軍，又有前後左右將軍。
大將軍位在三公之上，驃騎將軍、車騎將軍、衛將軍在三公之下。前、後、左、右將軍，位在上卿之下，不常置，東漢中期以後，太后臨朝稱制，外戚執政，常假借兵權以自重。於是，大將軍便成為中央的主要官員了，並與太傅三公合稱為五府。
一、州郡
東漢劃天下為十二州，每州置