正當明朝「國本之爭」愈爭愈烈時，女真人首領努爾哈赤已經在東北的莽莽雪原上建立起了一支與明王朝爭奪天下的軍隊，在遼東總兵李成梁死後不久，便正式發布「七大恨」告天，將進攻的矛頭正式指向明朝，從此揭開了中國歷史以清代明的序幕。
傅春案一度轟動京城，但他是蒙古黃金家族王子，身份尊貴，並未被處死，而是流配西南邊疆為奴。齊景雲請求同行，卻沒有被批准，從此蓬首垢面，閉門只讀佛書。傅春離開京師後不久，即鬱郁病死。
錦衣衛千戶王名世被罷官免職，與姑蘇才女魚寶寶一道離開北京，自此不知所終。
沈德符當年參與順天府鄉試未能中舉，以後科科如此。直到慈聖皇太后李彩鳳死後，才在萬曆四十六年（1618年）考中舉人。次年應禮部會試落第，從此南返回鄉，潛心著書，編成《萬曆野獲編》。書名寓「野之所獲」之意，記述起於明初，迄於萬曆末年，內容包括明代典章制度、人物事件、典故遺聞、山川風物、工藝技術、釋道宗教、神仙鬼怪等諸多方面，於尤詳明朝典章制度和典故遺聞。所記大都博求本末，收其是而芟其偽，常者固加詳，而異者不加略，內容翔實，在明代筆記中堪稱上乘之作。
妖書一案，直到萬曆三十九年（1611年）方才真相大白。中書舍人趙士楨於當年精神錯亂，狂病大發，據稱他曾多次夢見皦生光索命，終於一病不起，病逝前承認當年妖書是他所做。
妖書案雖平，但其影響所及已遠逾宮廷、遍及朝野，險惡的宮廷鬥爭也並沒有就此平息，到了萬曆四十三年，便發生了更加匪夷所思的「梃擊案」。
朱常洛雖然暫時坐穩了太子寶座，並沒有就此安定下來，宮內、宮外的鬥爭始終都在威脅著他的地位，甚至生命。朱常洛生母王恭妃病後，朱常洛常常遭到心懷叵測者的暗中詛咒。
萬曆四十一年（1613年）六月初二，錦衣衛百戶王曰乾告發孔學等人受鄭貴妃指使，糾集妖人，擺設香紙桌案及黑瓷射魂瓶，由妖人披髮仗劍，念咒燒符，又剪皇太后、皇上、皇太子三個紙人，用新鐵釘四十九枚，釘在紙人眼上，七天後焚化。
內閣首輔葉向高得知此事後，見案情重大，故意壓了下來。萬曆皇帝得知後非常憤怒，責怪葉向高為何不報告。葉向高老謀深算，早已經準備了一封奏疏，建議說：「為皇太子考慮，皇上應該冷靜處理此事。如果大張旗鼓，朝野上下議論紛紛，反而使事態惡化，那麼其禍將不可言。」
萬曆皇帝鑒於「妖書案」的前車之鑒，接受了葉向高的建議，打算大事化小，小事化了。第二天，葉向高指示三法司嚴刑拷打王曰乾，務必將其打死，因為他告發涉及重大，又真假難辨，只有滅口不加追查，才能化有為無。
雖然此案被精明的葉向高壓了下來，但多少可以反映出宮廷內外圍繞皇太子的爭鬥從未平息。「梃擊案」就是在這樣的歷史條件下發生的。
萬曆四十三年（1615年）五月初四黃昏，突然有一位莽漢手執木棍，闖進太子朱常洛所住的慈慶宮，見人就打，打傷守門的太監。一直往裡闖，眼看就要進太子房間，幸好被其他人制服，並未危及太子。一個普通漢子如何能闖進戒備森嚴的皇宮，又如何能輕易找到太子居住的宮殿？萬曆皇帝對此案十分重視，命司法部門嚴加審訊。
刑部郎中胡士相、岳駿聲等奉旨審理此案。一開始，這個漢子說自己叫張差，被人燒毀供差柴草，氣憤之餘，從薊州來到京城，要向朝廷申冤，便在五月初四手持棗木棍，從東華門直闖慈慶宮云云。胡士相、岳駿聲二人便打算按照「宮殿前射箭放彈投磚石傷人律」，將張差以「瘋癲闖宮」的罪名判處死刑。這是明顯的大事化小的處理方式，不少正直的官員均懷疑鄭貴妃其實是幕後指使人，對胡、岳二人審理的結果抱懷疑態度。
五月十一日，輪到刑部主事王志宷提牢，他趁機對張差進行突擊審訊，並以「不招當餓死」相威脅。張差開始說：「不敢說。」王志宷便讓隨從退出，張差這才招供，說是被他的舅舅馬三道、外祖父李守才領來一個不知名的老太監帶到慈慶宮，給他一根棗木棍，讓他見一個打殺一個。王志宷立即將張差是受宮中太監指使報告皇帝，萬曆皇帝心知肚明，只要一追查，勢必牽扯到他心愛的鄭貴妃頭上，於是對王志宷的上奏不予理睬。
但王志宷審出的情況卻已經傳了出去，關注「梃擊案」和太子的朝臣紛紛不平。戶部官員陸大受公然提出「梃擊案」審理中的疑點：張差已招供有太監策應，為什麼不把他們的姓名公佈於眾？那個作為聯絡點的大宅院，為什麼不指明坐落何處？不僅如此，陸大受還含沙射影地暗示指使之人就是鄭貴妃的兄弟鄭國泰。鄭國泰按捺不住，立即跳了出來，寫了一個揭帖，極力為自己洗刷。結果他辯詞中的破綻被機敏的工科給事中何士晉抓住不放，一一辯駁，讓眾人更加懷疑鄭國泰與此案有千絲萬縷的聯繫。
五月二十一日，刑部右侍郎張問達與有關衙門官員會審張差。張差招供：太監龐保與劉成商量，叫李守才、馬三道對張差說：「打上官去，撞一個，打一個，打小爺（太監稱皇太子為小爺），吃也有你的，穿也有你的。」而龐保、劉成正是鄭貴妃宮中的太監，人們不能不懷疑鄭貴妃的兄弟鄭國泰是幕後主使人。
鄭貴妃當然也難辭其咎，她見輿論強大，惶惶不可終日，哭訴於萬曆皇帝。萬曆皇帝見事涉鄭貴妃，加上多年來人們一直議論他不善待皇太子，感到事情重大，怕火燒自己，便要鄭貴妃去向皇太子朱常洛表明心跡。
起初，皇太子朱常洛也認為「必有主使」。然而，鄭貴妃一再指天發誓，自明無他。朱常洛為人忠厚，也不想把事情搞大，便懇請父皇迅速了結此案。於是，五月二十八日，萬曆皇帝在寶寧門召見群臣，明確宣布張差為「瘋癲奸徒」，並命「毋得株連無辜，致傷天和」，只處決張差及與之有關的太監龐保、劉成二人。這也是「難識君王真面目，三十餘載匿深宮」的萬曆皇帝二十五年來第一次召見群臣。
本來，太監龐保、劉成二人也要一併處死，但萬曆皇帝回宮後，突然變卦，把內閣草擬的諭旨加以修改，要三法司只處決張差一人，龐保、劉成審明以後再擬罪。五月二十九日，張差被凌遲處死。但隨後龐、劉二人也被秘密處死，對外宣稱二人是被嚴刑拷打致死，這顯然是有預謀的殺人滅口。
正如翰林編修孫承宗對此案的總結：「事關東宮，不可不問；事連貴妃，不可深問也。龐保、劉成而下，不可不問也；龐保、劉成而上，不可深問也。」梃擊案由此草草收場。
「梃擊案」可以說是從「國本之爭」演變而來，也是鄭貴妃為了能使自己的兒子繼承皇位，所做的孤注一擲的最後進攻。大概是見到「國本之爭」中大臣的勢力佔了上風，鄭貴妃心中非常著急，於是派自己的心腹太監僱人，行刺太子，演出了這場著名的梃擊案。
由於當事人均被滅口，關於此案的說法還很多，因此被列為明宮三大疑案之一，也從側面說明了當時太子朱常洛的地位是多麼危險。
正當明朝「國本之爭」愈演愈烈時，女真人首領努爾哈赤已經在東北的莽莽雪原上建立起了一支與明王朝爭奪天下的軍隊，在遼東總兵李成梁死後不久，便正式發布「七大恨」告天，將進攻的矛頭正式指向明朝，從此揭開了中國歷史以清代明的序幕。在邊關危難、大兵壓境之際，萬曆皇帝無力顧及，只管在沉淪中苟且偷生。
萬曆四十八年（1620年），萬曆皇帝在內外交困中死去，終年五十八歲，葬於定陵，廟號為神宗。太子朱常洛即位，是為明光宗。
國本之議起時，朱常洛才五歲，卻遭遇了許多風風雨雨。監護他的並不是生母王恭妃，而是兇狠潑辣的李選侍，她和鄭皇貴妃狼狽為奸，沆瀣一氣，使他母子受到不少折磨和凌辱。等到他二十歲時被冊立為太子時，他仍沒有出閣講學，更不敢預聞國事，內心的苦悶可想而知。而今，對這位太子來說，心想事成簡直是世上最可怕的噩夢，即使歷盡千辛萬苦，成了君臨天下的帝王，但仍然擺脫不掉鄭貴妃的陰影。萬曆皇帝死前留下一道聖旨，要求進封鄭貴妃為皇后，這就意味著，她將成為皇太后，可以垂簾聽政。大臣們自然都反對，內閣首輔方從哲便將進封鄭貴妃為皇后的聖旨藏於內閣，暫時秘而不宣。
形勢開始對鄭貴妃不利，她便改變策略，一反過去之常態，千方百計地奉迎討好新皇帝，除了贈送大量珍珠異寶以外，又特意選送了八名美女。朱常洛的一生，大部分時間都是在逆境中度過的，由於長期憂鬱苦悶，清閑無聊，只得把全部精力寄托在酒色上，未即位的時候身體就已經相當虛弱，當上皇帝後，依然花天酒地，縱慾享樂。他的正妃郭氏病死後，還有四個選侍，除這些女子外，還有無數美女陪伴在朱常洛身邊。朱常洛只知享受美色，身體卻越來越糟。
這年八月的晚上，也就是朱常洛當皇帝一個月後，他忽然肚