許多人都認為真正作此妖書的另有其人。就連急於結案的內閣大臣沈一貫、朱賡事後都稱有關證據「空洞繁言，含糊難明，無足推求事實」。他們認為《續憂危竑議》一文論述深刻，非得熟悉宮廷內幕及官場上層動態，非朝廷大臣不能為。
順天府除名生員皦生光作為妖書案嫌犯被捕後，隨著一系列證據和證人浮出水面，聲名不佳的他被認定是妖書案的作者兼主謀，受到了嚴刑拷打。但皦生光只承認以前刻書詐騙事實，對「妖書」一事拒不供認。於是錦衣衛將其妻妾、兒子皦其篇及刻字匠人徐承惠等人一起緝捕入獄，當著皦生光的面施以酷刑，皦生光仍然不肯招認。
沒有主犯認罪的供詞，案子無論如何也不能了結。萬曆皇帝心中也盼著早日結束這場風波，聽說捉住了真兇，如獲至寶，忙下了一道聖旨，稱只要皦生光招認罪名及招出同謀，便饒了家屬，若仍不招，家屬一個也不饒。皦氏家人跪聽聖旨後，都哭著哀求皦生光從實招認，但皦生光仍然頂住誘惑，拒不承認。
首輔沈一貫不欲此事再繼續鬧大，命人當著皦生光的面拷打其家人。其妻子、小妾、兒子都戴著重枷，被刑吏用粗針刺進十指，哀號連天。參與會審的御史沈裕厲聲道：「恐株連多人，無所歸獄。」皦生光受到誘供，又不堪忍受家人受苦，承認是自己對朝廷不滿，一手炮製了妖書。供詞如下：
本人被革去秀才功名，懷疑是皇親鄭家指使，意圖報復。在刻了「妖詩」及《岸游稿》以後，再刻《國本攸關》，命子連夜散發，以為皇親鄭家定有不測之禍，可報大冤。
皦生光的兒子皦其篇才只有十歲，在供狀中成了散布妖書的主犯。
主審的刑部尚書蕭大亨知道萬曆因此案對前禮部侍郎郭正域不滿，想藉此討好皇帝，還想把妖書案往郭正域身上引，強迫皦生光供說妖書是受郭正域指使。這個幾乎人人切齒痛恨的大騙子卻在關鍵時候表現出傲人的骨氣，忍刑輾轉，圓睜雙眼，破口大罵說：「死則死耳，千刀萬剮，我一人承擔。奈何教我奉迎沈一貫沈相公意旨，妄引郭侍郎呢？」
沈一貫聽說皦生光在公堂上當眾稱是自己要牽連郭正域後，不由得膽戰心驚，急忙命蕭大亨儘快結案，不要再隨意牽連他人。
妖書案的最後結果是主謀皦生光被判斬首。卷宗報上去後，萬曆皇帝認為論斬太輕，親筆批示處皦生光磔刑，即凌遲之後再梟首示眾，不等秋決，即刻處死。理由是：「生光捏造妖書，離間天性，謀危社稷。」這顯然是皇帝痛恨妖書的廣泛影響，想借皦生光殺一儆百，讓後人再不敢在「國本之爭」和鄭貴妃的問題上說三道四。皦生光妻子趙氏則被發配邊疆充軍，所面臨的荼毒命運不比死強多少。其妾、其子皦其篇、刻字匠徐承惠均因服刑過度瘐死於東廠獄中。
妖書案虎頭蛇尾，最終不得不草草了結，實是無奈中的上策。
然而，風波並沒有因為皦生光的被殺而平息。許多人都認為皦生光是朝廷黨爭的替罪羊，只是被屈打成招，真正作此妖書的另有其人。就連急於結案的內閣大臣沈一貫、朱賡都不相信皦生光是妖書作者，事後稱有關證據「空洞繁言，含糊難明，無足推求事實」。他們認為《續憂危竑議》一文論述深刻，非得熟悉宮廷內幕及官場上層動態，非朝廷大臣不能為，皦生光這樣的落魄秀才絕對沒有這樣的能耐。
謠言還在繼續。有人說，妖書的主謀是浙黨首領沈一貫，想藉此事件打擊郭正域等東林黨人。也有人說，主謀是東林黨人，所以才有意將沈一貫、朱賡等宿敵的名字列在妖書上。一時間，揣度推測妖書主謀竟成了京城最熱門的話題，雪泥鴻爪，或是吉光片羽，都會被說得煞有其事，真真假假，假假真真，愈發製造出種種謎團來。
皦生光被處極刑當日，全城轟動，畢竟凌遲之刑不是輕易能見到。黎明時分，皦生光在刑部公差的押解下，來到京城西市甘石橋下四牌樓刑場。當時尚空無一人，只有一些工匠在西牌坊下搭建臨時的監斬台。明代慣例，殺在東而剮在西。過了一會兒，行刑的劊子手們來到刑場，每人手提一個小筐，筐里裝滿了鐵鉤和利刃。又過了一會兒，刑場已是人山人海，就連屋頂上都擠滿了黑壓壓的看熱鬧的人群。
皦生光光頭裸足，被人架坐在一個大籮筐里，抬到刑場。隨即有官員到場宣讀聖旨，因為人聲鼎沸，聽不太清楚。聖旨讀完後，劊子手同聲應和，聲響如雷，令旁觀者不寒而慄。
炮聲響後，行刑開始。凡是凌遲處死的，按例要割三千三百五十七刀，即所謂千刀萬剮，每十刀一歇一吆喝，最後一刀才是斬首。行刑時在旁邊架一丫形木杆，挖出肝腑後放在上面示眾。其間，手持小紅旗的錦衣衛校尉不斷疾馳而去，趕赴大內報告所剮刀數。
呼叫中，血雨中，人們都變得瘋狂，眼前的一切似乎已不再真實。唯一真實的，只有死亡。皦生光身上的肉一片一片地被劊子手割下來，最終寸寸臠割致死，只剩下一副血肉模糊的骨架，望而心寒。
沈德符、傅春二人並沒有去瞧熱鬧，而是躲在家中，將門關得嚴嚴實實，一天都沒有出來過。
魚寶寶很是好奇，很想知道二人在房中議論什麼，但她是沈德符未婚妻子徐安生的身份被揭穿後，雖然沒有就此離開，但行事不再像以前那樣無所顧忌，也不好意思直闖進去，推齊景雲道：「你去看看他們兩個大男人到底在說什麼？這麼神秘，居然不讓我們三個參與。」
齊景雲遲疑道：「這個不好吧？」薛素素道：「或許不是我們想的那樣，跟我們查的事情無關，而是關於寶寶你的，所以他們才不想讓我們聽見。」魚寶寶愈發好奇，道：「哼，不讓我聽，我偏要去聽。」悄悄溜出房去，摸到堂前窗下，附耳聆聽。
堂中的沈、傅二人卻並沒有在交談，而是相對而坐，良久無言。
還是沈德符道：「到底是什麼事，一定要等王名世來才說么？今日是皦生光行刑之日，他是錦衣衛千戶，多半在刑場執行公務，一時難以走開。」傅春「噌」地站起身來，道：「這正是我要當面問他的，他如何能親眼看見一個無辜的人在面前被一刀一刀地割死？」
沈德符嚇了一跳，道：「你發這麼大火做什麼？雖然很多人議論皦生光只是替罪羊，但他的確做過不少壞事，說不上無辜。」傅春道：「嗯，你可以這麼說，但王名世不可以，他沒有資格。這些話我本來是不想說的，可是我今天聽到他居然要去刑場監斬皦生光，我實在忍不住了。」
沈德符道：「到底出了什麼事？」傅春道：「你還想不到么？王名世才是真正跟妖書有關的人。」
沈德符全然不能相信，道：「你是說王名世么？這怎麼可能？」傅春道：「要證據是吧，好，我給你證據。《續憂危竑議》上總共提了十餘人的名字，除了化名鄭福成外，其餘人都被指為鄭貴妃黨羽，包括皇帝、鄭貴妃本人。這些人都不冤枉，只有一個人例外。準確地說，應該是兩個人例外——錦衣衛千戶王名世和東廠提督陳矩。」
沈德符道：「陳廠公執掌司禮監和東廠後為人還算正義，做了一些好事，但他的確是出自翊坤宮，原先是鄭貴妃身邊的心腹太監。至於王兄的名字也在妖書上，確實有些奇怪，但他是陳廠公的心腹，是東廠派駐錦衣衛的千戶，既然陳廠公都被列上了，提到他也不足為奇。」
傅春道：「如果說王名世列名妖書還不足為奇的話，那麼他與其他三名錦衣衛官員聯名告發北鎮撫司鎮撫周嘉慶是妖書作者就相當可疑了。任誰都知道，這封彈劾跟錢夢皋彈劾郭正域郭侍郎一樣，都沒有任何證據，也就是說，這是傾陷同僚的手段。別的人也就罷了，王名世可實在不像是會做這件事的人。」
沈德符道：「以王兄為人自然不會，可當時的局面是錦衣衛官員聯名彈劾，他如果不署名，於情面上過不去。小傅，我明白你的暗示，不管怎麼說，王名世不可能與妖書有關係。」傅春道：「王名世也許是跟妖書沒關係，但卻是跟他有關係的人製造了這封妖書。」
沈德符登時一驚，道：「你說什麼？」傅春道：「你不相信么？那我再提醒你一點，為什麼周嘉慶被告發是妖書作者呢？因為五大錦衣衛官員中，只有他的名字不在妖書上。其實他比王名世更像鄭貴妃一黨，為什麼偏偏書中沒有他呢？這顯然是有人故意針對他，就跟妖書故意落款吏科都給事中項應祥和四川道御史喬應甲一樣，而且比真名實姓地指出更為高明。」
沈德符仔細回想了一遍事情經過，不得不承認傅春的分析的確有道理，不由得開始半信半疑起來。
傅春道：「我猜這妖書的真實目的就在於報復周嘉慶。你也看到他的下場，全家不分老幼被逮到東廠，受盡酷刑折磨，完全沒有了人樣兒。他那位高權重的岳父吏部尚書李戴也受到牽累，被罷官去職。現在雖然認定皦生光才是主謀，但周嘉慶也被削籍為民，再沒有為非作歹的可能。」
沈德符道：「如果真像你分析的那樣，嫌疑人可就