時人將余玠比作唐代西川節度使韋皋。當年韋皋亦暴斃而死，傳說是為朝廷所派刺客所害。而今「大將未死敵手」的悲劇再度上演，余玠竟落下與韋皋一樣的命運，這正是中國歷史最可悲、最可嘆的地方。這個曾經力挽狂瀾、拯救四川危局的傳奇人物，本可以更有所作為，就這樣不明不白地死去。
寶祐元年（1253年）五月甲午日，宋理宗聽信權臣謝方叔、徐清叟讒言，出人意料地發出庚牌，召四川制置使余玠回朝奏事。
當時四川在余玠的苦心經營下，軍力、財力、民力均已經復甦，不需要再由南宋朝廷調兵、運餉支援。也就是說，總理四川軍、財、政大權的余玠已經完全可以不再受朝廷掣肘。反倒正是這一點，加上余玠喜歡個人便宜行事的個性，讓朝廷對他頗有疑忌。正好出了王夔事件，利戎司統制姚世安自代為主帥，拒聽余玠軍令，並利用與權臣謝方叔的侄子交好的關係，想走謝方叔的路子來制衡余玠。謝方叔正嫉恨余玠，自然不會錯過機會，於是他一面假意調停余玠與姚世安的關係，一面造謠中傷余玠，誣陷他掌握大權，卻不知事君之禮。宋理宗對余玠在蜀中的威名也心存疑懼，甚至懷疑余玠有自立為王的可能，聽信了權臣謝方叔、徐清叟讒言，緊急召余玠入朝。
庚牌發出十六天後，六月庚戌日，宋廷收到四川制置司送來的急報，稱蜀帥余玠病情危急，已不能視事。根據行程推斷，上報余玠病情的奏報大概與宋理宗發出緊急詔令同時。宋理宗得報後，不知真實狀況到底如何，懷疑余玠裝病不朝，於是又拜其為資政殿學士，「恩例視執政」，以為安撫。此為朝廷所發出第二道詔令。
十天後，宋理宗又草率地決定以余晦為權刑部侍郎、四川安撫制置使、知重慶府兼四川總領財賦，入蜀接替余玠的職事。余晦之前任臨安府尹，言聲甚差。就連嫉恨余玠的權臣徐清叟也認為余晦「素無行檢，輕佻浮薄，不堪任重。如以余晦當此任，臣恐四川五十四州軍民不特望而輕鄙之，夷狄聞之，亦且竊笑中國無人矣」。但宋理宗卻以「詔命已頒」
為由，不肯收回成命。因擔心餘玠擁兵自重，不聽詔令，宋理宗又以余玠病重難理軍政為借口，再下詔令，命「余玠以興元府歸附之兵分隸本路諸州都統，務撫存之，仍各給良田，制司濟以錢粟」。此即為第三道詔令，意在削奪余玠兵權。
然更換蜀帥一事，遠比宋理宗預想的要順利得多。在第一道詔令到達重慶後沒幾天，余玠本人便暴病身亡。朝野間流言紛紛，如雪花一般漫天飛舞——有人稱余玠是自殺殉節，以免回朝後遭到政敵迫害；有人稱余玠是被仇家下毒暗害，兇手就是現任利戎司統帥姚世安，其意在為前任主帥王夔復仇，並保住他自己的位子；有人說是秦鞏汪氏派人暗害余玠，意在報汪世顯和闊端先後被害之仇；還有人說兇手是昔日白鹿茶肆賣茶翁的後人；甚至有人說是朝廷派暗探下的毒手。
時人將余玠比作唐代西川節度使韋皋。當年韋皋亦暴斃而死，傳說是為朝廷所派刺客所害。而今「大將未死敵手」的悲劇再度上演，余玠竟落下與韋皋一樣的命運，這正是中國歷史最可悲、最可嘆的地方。這個曾經力挽狂瀾、拯救四川危局的傳奇人物，本可以更有所作為，就這樣不明不白地死去。但四川人民沒有忘記余玠，蜀中民眾聽到余玠的死訊後，無不悲哀難過，如同失去至親親人。宋理宗為平復民心，特贈余玠五官。但朝中大臣對余玠的攻擊卻依然如故，並愈演愈烈。余玠心腹部將金戎司主帥王惟忠也因招降闊端一事失敗被誣告暗通蒙古，於臨安斬首示眾。對修建釣魚城有重大貢獻的冉琎、冉璞兄弟也被迫去職還鄉。
就連余玠本人也受到追削資政殿學士職名的處分，直到寶祐三年（1255年）八月謝方叔罷相以後，才又「詔追復余玠官職」。而後來奸臣賈似道當權，貪婪粗鄙，好搜羅各種奇珍異寶，他聽說余玠死時，棺木中有玉帶，竟然下令掘開余玠的墳墓，取走了玉帶。
余玠一死，蒙古終除真正心腹大患。其人死後不到一個月，蒙古即全面展開新一輪的斡腹計畫，新任漠南總領忽必烈親率大軍從六盤山出發，取道吐蕃，過雪山，渡金沙江，沿路攻城略地。當年冬季，到達大理境內。大理相國高祥屯兵大理城固守。十二月，在三路遠征蒙軍的包圍進攻下，大理城破，皇帝段興智逃奔善闡，相國高祥於逃跑途中被蒙古軍擊殺。忽必烈迅即指揮蒙古軍四齣略地，佔領了除善闡以外的大理國土。次年秋，善闡被蒙古軍攻破，大理皇帝段興智被俘後投降。至此，建國三百一十七年的大理國滅亡，共歷二十二主。
蒙古人殺盡高氏，扶段氏重新執政，立大理皇帝段興智為大理總管，從此段氏死心塌地追隨蒙古，派出軍隊跟隨蒙古軍東征西討。大理公主段霜——也就是昔日的若冰，她回大理後自承為殺死高言的兇手，差點為相國高祥所殺。還是段興智以命相搏，這才勉強保住了女兒性命，後遁入深山，不知所終。蒙古最終成功在南宋南部安插了一塊基地，完成了南北包抄夾攻南宋長江中上游地區的計畫。從此南宋王朝腹背受敵，惶惶不可終日。
此時，蒙古已佔領統治了中國絕大部分領土，疆域包括淮河至秦嶺以北，甘肅、新疆、青海、西藏及雲南大理等，從南北西三面形成了對偏安江南的南宋王朝的包圍形勢。忽必烈受命負責征宋事宜後，採納謀士姚樞的建議，改變此前秋去春來、專事擄掠的作戰方法，在江淮和四川前線分兵屯駐要地，以守為主，亦耕亦戰，廣積糧儲，充實邊備，以為久戰之計。在四川戰區，汪德臣立城利州，屯田戍守，且耕且戰，使利州成為蒙古軍進攻四川的橋頭堡。「蜀人憚其威名，諸郡環視，莫敢出斗」。劉黑馬則初定成都，與汪氏兩相呼應，鞏固了蒙古對川北、川西的統治。
寶祐四年（1256年）六月，蒙古大汗蒙哥召集諸王百官，商討攻宋之計，這實際上已經拉開了蒙古全面滅宋計畫的序幕。經過討論，蒙哥隨即制訂了以進逼臨安、滅亡南宋為目標的計畫，命幼弟阿里不哥留守蒙古本土，自己親率軍隊大舉攻宋。此次，蒙古精兵強將傾巢而出，不滅南宋誓不罷休。蒙軍主力兵分三路：蒙哥親率主力軍攻打四川，預備先圖全蜀，然後沿江而下滅亡南宋；其弟忽必烈率一軍攻打鄂州；塔察兒、李璮等率軍佯攻兩淮，牽制南宋兵力；兀良合台自雲南出兵，經廣西北上，攻打潭州，再到鄂州與忽必烈會師。
為了配合蒙古大汗親征，蒙古軍佔據了宋人廢棄的成都城，正式在此立城設署，以圖全蜀。宋理宗雖然荒淫昏聵，但也料到蒙軍此舉必有圖謀，於是以成都之得失關係全蜀安危為由，嚴令四川制置使蒲擇之務須收復成都。皇帝下了聖旨，蒲擇之自然不敢怠慢，決定親自出馬，收復成都。事先，蒲擇之也做了周密部署，派都統楊大淵把守劍門關，負責阻擋利州蒙軍汪德臣部南下；又派都統段元鑒守衛靈泉山，大將劉整在江箭灘布防，負責阻截蒙古大將紐璘從夔州增援。這樣，成都的蒙古軍就處於孤立無援的境地。
一切安排妥當後，蒲擇之親自率主力自重慶攻打成都。當時駐守成都的蒙軍主帥阿答胡剛剛病死，本來時機對宋軍十分有利。不料蒙古大將紐璘驍勇善戰，首先在江箭灘突破了宋軍防線，率援軍衝進成都，然後整頓人馬，領軍固守。蒲擇之雖然成功圍困住成都，卻久攻不下，又剛好遇上雨季，陰雨連綿，天氣潮濕悶熱，宋軍士氣十分低落。不久，蒙軍汪德臣部衝破宋軍防線，趕來增援，與成都城內的紐璘部內外夾擊，終於沖跨了蒲擇之精心布置的包圍圈。蒲擇之失利後，率軍退回重慶。
蒙古紐璘解成都之圍後，趁機反守為攻，進圍成都府治所在地雲頂山城。雲頂山是貫通東西川的軍事要衝，東與炮台山鎖江相望，共扼沱江金堂峽江防，西控成都平原，北恃高定關與小雲頂互為依託，控制成都至潼川之要道，是成都東面之門戶。宋代建國之初，就因為這裡地勢險要，在山下設立懷安軍，這樣，無論東川還是西川有事，均可憑藉扼守雲頂山而不得越境。余玠入主四川後，著手建立山城防禦體系，雲頂山城便是其中之一。正因為雲頂山城易守難攻，所以才將成都府治由成都遷到雲頂山城。
雲頂山如此要地，宋軍自然要全力防守，宋將劉整率軍阻擋紐璘軍，但被蒙軍擊敗。從成都撤退的蒲擇之率軍經簡州東撤，雲頂山城陷入孤立無援之中。城中食盡，守將姚世安投降。這是雲頂山城建立十五年來的首次失陷，余玠當年苦心經營的川西最重要的堡壘，最終由政敵姚世安拱手獻給了蒙古人。
雲頂山淪陷後，由於失去屏障，西川彭州、漢州、懷安軍、綿州等地相繼失陷，威州、茂州諸蕃亦歸附蒙古。宋成都府治不得不南遷嘉定。
自此，南宋勢力退出西川，蒙古軍進一步鞏固了在川西平原的統治，為蒙哥大舉圖蜀奠定了基礎。
寶祐六年（1258年）七月，蒙哥大汗親自率四萬主力，由六盤山出發，經寶雞入大散關。同時，命留駐成都的紐璘率軍奔襲南宋