大清康熙二十年（公元1681年）十月二十八日，吳三桂十七歲的孫子在昆明自殺，標誌著三藩之亂的徹底平息。帝國內部的一個重大政治隱患消除，康熙皇帝寫在乾清宮柱子上三件大事中排在第一位的三藩問題得以解決。
大清康熙二十二年（公元1683年）八月十三日，施琅率領的大清帝國水師登陸台灣，台灣島重新回歸帝國版圖，成為康熙皇帝暨大清朝為中華民族所做出的巨大貢獻之一。
康熙皇帝寫在乾清宮柱子上的另外兩件大事——治理黃河和漕運也已經陸續開始。但是，一個更加緊迫的內憂外患逼到了眼前：俄羅斯的哥薩克騎兵深入我國黑龍江流域燒殺搶掠、修築城堡，似乎準備將那裡永遠據為己有；西北方向的蒙古準噶爾部噶爾丹則在俄羅斯的支持下，不斷向東進逼，已經成為西北地區巨大的禍亂之源。康熙皇帝沒有辦法專心致志地進行內政治理。他必須徹底消除這新興起來的內外禍患。
哥薩克騎兵翻越烏拉爾山脈向東進發，大約始於公元1582年。這一年是大明萬曆十年，正是張居正去世的年份。第二年，康熙皇帝的曾祖父努爾哈赤以十三副遺甲起兵。
公元1636年，康熙皇帝的祖父皇太極將後金改名大清，正式成為大清皇帝。就在這一年，哥薩克們經過五十四年時間，行程六千公里，將西伯利亞的大部分土地囊括進了俄羅斯的版圖。也是在這一年，沙皇俄國的軍士們第一次在勒拿河的支流阿爾丹河邊，知道了前方還有一條名叫黑龍江的大河。
公元1643年10月，多爾袞剛剛成為大清攝政王的時候，俄國軍隊文書官瓦西里·波雅爾科夫帶領九十名哥薩克騎兵，翻越外興安嶺，闖進黑龍江流域的我國領土。半年後，大清入主中原。有資料顯示，當時，多爾袞已經知道了來自黑龍江的壞消息，但他忙於平定全國，沒有能力顧及那一片祖先故土。康熙親政以後，曾經兩次派人送信給俄國沙皇，希望和平解決邊境糾紛，六年之內均沒有得到答覆。後來俄國派來的使團人員解釋說，之所以沒有答覆，是因為沒有人能夠讀懂中國皇帝的信。
康熙十五年五月，俄國沙皇派遣了一個一百五十人組成的龐大代表團來到北京，代表團團長名叫尼古拉·加夫利洛維奇·米列斯庫。在曼考爾所著的《俄國與中國》一書中，評價這位尼古拉時，使用的辭彙是：「愛好爭吵」、「寡廉鮮恥」。走到中途時，這位使團長聽說中國南方正在發生三藩之亂，遂寫信報告沙皇說：「中國長城以外的所有土地都可能臣服於陛下的統治。現在中國皇帝極為衰弱，非常害怕哥薩克。」（巴特萊《俄國、蒙古、中國》卷二，第257頁）在呈遞給康熙皇帝的國書和照會中，沙俄隻字未提邊界糾紛，只是對中國提出了十二條要求，其中包括要求中國皇帝，每年必須運送數萬斤白銀和寶石給俄國沙皇，等等。康熙皇帝兩次接見宴請使團人員，發現對方無可理喻，於是提出三條要求：引渡叛逃的一個索倫酋長；今後再派使節應該懂得禮貌，遵守中國禮法習俗；保持邊界和平。否則，拒絕對俄派遣使臣和通商，隨後將這批人打發走了。
康熙二十一年八月，在三藩之亂接近尾聲之際，在幾乎所有文武百官的反對聲中，康熙皇帝力排眾議。他目光遠大，認定這件事情看起來不大，實際上關係巨大，（《平定羅剎方略》卷二）因此，決定武力驅逐沙俄哥薩克。到康熙二十三年春天，除尼布楚即今日之涅爾琴斯克、雅克薩兩個據點之外，其他地區的沙俄軍隊已經被驅逐出去，大片國土收復。
康熙二十五年五月，經過激戰，據守雅克薩的俄軍要求投降。他們沒有想到的是，清軍接受他們投降的條件是如此寬大：只要離開雅克薩並且發誓不再重來，就可以離去，甚至可以帶走他們的全部財產和武器。這可能是全世界古往今來對於戰敗者最為寬大為懷的處置了。結果，七百多名沙俄軍人安全離開，還有四十多名俄國士兵希望留在中國。就此，第一次雅克薩戰役結束。
此時，清軍將領犯了一個錯誤：他違犯康熙皇帝的訓令，沒有在雅克薩進行任何軍事防護，便凱旋慶功去了。
半年後，當地人民報告了一個驚人的消息：俄軍在第一次雅克薩戰役結束不到兩個月，就捲土重來。帶隊的正是那位帶頭宣誓決不再來的俄軍督軍托爾布津，他帶領的作戰部隊在千人以上，並攜帶十二門火炮與大量軍需物資。
五月，清軍第二次圍攻雅克薩。這一次，清軍採用了當年松錦之戰時的戰術——築壘挖壕，長圍久困。半年以後，在風雪呼號的冰天雪地中，俄軍彈盡糧絕並開始流行壞血病。幾個沙皇特使晝夜兼程趕到北京，帶來了俄國沙皇致中國皇帝的信件，表示願意和平解決邊界糾紛，希望中國方面撤除對雅克薩的包圍。康熙再一次寬大為懷，同意和平談判，下令解除包圍，甚至命令前敵指揮官贈送給飢餓的俄軍官兵一批糧食，派出醫生為患病者治療。當時，雅克薩城中只剩下六十六個饑寒交迫的哥薩克官兵了。
大清康熙二十六年（公元1687年）正月，沙俄政府正式派遣使節前來談判。這一年，著名的彼得大帝十五歲。五年前，他和他的同父異母哥哥伊凡同時成為俄國沙皇，由他們的姑母索菲亞公主攝政，俄國國內局勢動蕩不安；俄國與土耳其爭奪黑海控制權的戰爭一觸即發，在當年遠征土耳其的戰爭中俄國大敗虧輸，完全沒有能力顧及遙遠的東方。這是只講利益和實力，全然不知道義為何物且侵略成性的沙俄政府肯坐下來談判的重要原因。可惜，大清帝國完全不了解這些情況。結果，在談判中吃了大虧，卻還自我感覺良好。
從康熙二十六年正月開始，中國方面就在等候沙俄使節的到來，一直等到十月底，俄國談判代表還沒有到。這個談判代表名叫費多爾·阿列克謝耶維奇·戈洛文。當年第一批進入黑龍江地區的哥薩克，就是他的祖父老戈洛文派出的。如今，他正在盤算建立祖孫兩代開拓黑龍江的偉大業績。之所以遲遲沒有前來談判，是因為他長時間逗留在喀爾喀蒙古土謝圖汗的貝加爾湖地區，試圖將這一地區完全控制在自己手裡，並且多次與噶爾丹密謀，為他提供武器彈藥，鼓動他對抗中央政府。結果，這個該死的噶爾丹出兵偷襲土謝圖汗，與戈洛文的沙俄軍隊兩面夾擊，迫使土謝圖汗只能放棄貝加爾湖地區，向南撤退。就此，中國北部和西北部邊疆局勢極度惡化，給康熙皇帝和中國使團的對俄談判增加了巨大壓力。
就這樣，直到一年半以後的康熙二十八年七月八日，雙方才在尼布楚城下開始正式談判。
當時，戈洛文的皮包中裝著沙俄政府給他的訓令。談判底線為三條：上策，以黑龍江為界，佔據黑龍江北岸的全部地區；中策，以牛滿江即今日布列亞河或精奇里江為界，佔據黑龍江中游北岸；下策，以雅克薩為界，但要在牛滿江和精奇里江保留雙方共同漁獵場。
康熙皇帝給中國政府談判代表索額圖交代的談判底線也是三條：其一，以原屬我國的勒拿河與貝加爾湖為界；其二，以尼布楚為界；其三，以額爾古納河為界。如果實在不行，可以考慮適當讓步。這是在噶爾丹造成巨大困擾之後，康熙皇帝不得不做出的方案。
談判開始後，戈洛文指責中國侵略自古以來屬於沙皇陛下的貝加爾湖與黑龍江流域，要求中國軍隊立即歸還給沙皇陛下。索額圖則據理力爭，告訴戈洛文：鄂嫩河、尼布楚本來是中國蒙古茂明安部落的居住地；雅克薩是中國邊民首領阿爾巴西的領地；貝加爾湖以東地區則是中國喀爾喀蒙古土謝圖汗的草場。過去，中國自古以來的疆界就是在勒拿河岸邊。在激烈的爭吵中，第一次談判不歡而散。第二天，會談再一次在爭辯不休中結束。為此，索額圖曾經一度準備停止談判。
半個月後，康熙二十八年（公元1689年）七月二十三日，經過反覆拉鋸，雙方終於達成協議，簽訂了《中俄尼布楚條約》：中俄以格爾必齊河、額爾古納河、外興安嶺為兩國東段邊界。這個條件，已經越出了康熙皇帝給索額圖規定的底線。戈洛文返回莫斯科後，沙皇彼得一世給他頒發了一塊金質獎章，以表彰他為俄國爭取到了尼布楚周邊及以西地區的大片中國領土。
索額圖回到北京後，康熙皇帝對這個結果也表示滿意，認為索額圖盡到努力了，他的讓步沒有喪權辱國，是可以接受的。此後，中俄東段邊界和平安靜了大約一百五十多年，直到鴉片戰爭開打。
現在，對於康熙皇帝來說，他至少可以全神貫注地對付那個囂張至極的噶爾丹了。
噶爾丹是西北蒙古準噶爾部首領的兒子，青少年時期在西藏五世達賴喇嘛門下修行，達賴喇嘛認定他是一位活佛轉世。他的父親死後，哥哥僧格繼承為首領，不久，發生內亂，僧格被殺死，二十四歲的噶爾丹被貴族會議推舉為首領。他既是首領，又是活佛，結果，將篤信喇嘛教的蒙古各部迅速聚集到了他的旗下。噶爾丹性情豪邁奔放，富有激情，特別具有煽動性，用今天的語言表述，就是特別能忽悠，而且