繼天啟嗣位為帝的朱由檢是明代最末的一個皇帝，他是明光宗朱常洛的第五子，天啟二年（1622）被封為信王，到天啟六年十一月才離京之國，出居信邱。他在那裡住了不到一年，次年八月，天啟病危，朱由檢又被召回，並受到遺命，繼立為君。那時他已有十八歲了。他於即位的次年，把年號改為崇禎，由於他是亡國之君，謚號、廟號很少用到，所以人們就更習慣以年號作為代稱，稱之為崇禎。他的謚號稱為「庄烈愍皇帝」，那是清人入關後所追謚的。他的陵墓稱為「思陵」，所以後世也有人稱他為「庄烈帝」，或者是明思宗。
崇禎在幼年時，比天啟還要孤弱無依。他的生母姓劉，原本是個宮女，生下他來後不久，因為觸犯了那時還是太子的明光宗，受到了幽禁的處罰，以至鬱郁而死。崇禎失去了生母，比天啟失去生母時的年齡還要小得多，他又排行第五，在地位上也比皇長孫要差得多。他喪母后，他的父親明光宗倒是交代過李選侍，叫她照看他。但是李選侍哪裡看得上這個孩子，實際上並沒有管著什麼。崇禎默默地生長在深宮之中，由於自幼孤獨，使他養成了一種猜疑、頑固、刻薄待人的性格。他不像天啟那樣耽於玩耍，讀書倒還用心，雖然一直沒給他派有什麼出色的詞臣加以教授，教皇子們讀書的普通師傅和伴讀的內監總還是有的。在文筆和歷代史事的知識上，崇禎比天啟要強得多，原因就在這裡。
崇禎在宮裡生活到一十七歲，對於魏忠賢和他那一夥的罪惡是知之頗詳的，他之國後，在外面又增多了不少認識，既知道了魏忠賢必須除去，也知道了魏忠賢雖然勢大人多，但民間人人痛恨，要除掉他也並不難。在除掉魏忠賢這件事上，他能幹得那麼乾脆利落，確實顯出了他的魄力。
天啟去世後，魏忠賢也有所布置。他先把崔呈秀找來，屏去左右，密談了很久。據傳，他們這次商談的是估計自己的力量，看看奪取皇位是否可能。崔呈秀把人手估量了一下，覺得各部門雖都有人，但糾紛還多，要想篡位，怕太危險，勸魏忠賢還是穩住，繼續擴張勢力，以待時機。那時魏忠賢的勢力實已很大，如在以前各代，實已篡位有餘，但明代長期所造成的各部之間相互扯皮的風氣，卻使他們轉動不靈，無法舉事。
崇禎對於魏忠賢的權勢也很清楚，他雖極想儘早把他除掉，卻也未敢輕動。他先是沉著觀變，讓魏黨摸不著頭緒，繼之則是依次布置自己的力量，略微顯出一點風向，以待他們自亂。這種引而不發的做法，果然在魏黨間引起了混亂，為了試探崇禎的意向，魏忠賢的小爪牙楊所修、楊維垣等人，先上疏劾論崔呈秀辨別風向。他們的設想很巧妙，所論者是崔呈秀，是魏忠賢一黨中首屈一指的人物，但所論並不涉及魏忠賢，魏還可以相機行事，進退自如。他可以探測崇禎的意向，或者為崔呈秀辯護，把他保住，那當然是最好的事。如或不然，也可以讓崔呈秀先承擔住一切，然後又再見機行事。崇禎對此倒還是靜以待之，但外廷卻為此而興起了波濤。反魏忠賢的浪潮雖因三案的反覆而被壓下，其實只是表面上而已，沒有被殺害，被流放的人，暗中還在集結著，等待著機會。崇禎嗣位已被人視為是有了轉機，但一時也還是捉摸不定，所以沒有舉動。楊所修、楊維垣等人的疏文一上，卻像點燃了導火線，昔時疏論魏忠賢的勢頭，又重新爆發了。在眾多論奏的疏文中，以貢士（會試已中而未應殿試者，稱「貢士」）錢嘉征劾魏忠賢有十大罪的一文，說得最全面，也最猛烈。他所說的十大罪是：一、並帝；二、蔑後；三、弄兵；四、無二祖列宗；五、克削藩封；六、無聖；七、濫爵；八、掩邊功；九、朘民；十、通關節。所謂「並帝」，列舉了魏忠賢威福自恣，出入警蹕，甚至要人遮道拜伏，高呼「九千歲」，儼然與皇帝並立，等等。「蔑後」，則列舉了魏忠賢多次排陷皇后，陰謀廢黜張皇后，而另立魏良卿之女為後等事。「弄兵」指的是魏忠賢不從廷議，選了小內監三千人在禁中習武，說他是包藏禍心，圖謀社稷。「無二祖列宗」和「克削藩封」，都不過是湊數，封建帝室最重列祖列宗，這是討伐文章所必有的項目；「克削藩封」雖列舉了一些事實，但這類事卻是歷來都有的，並不只是魏忠賢得勢時為然。「無聖」說，魏忠賢的黨徒竟敢拿他和孔子相比，他們說，「孔子作《春秋》，忠賢作《要典》；孔子誅少正卯，忠賢誅東林。宜建祠國學西，與先聖並尊」。他們在疏頌要典時，也說：「命德討罪，無微不彰，即堯舜之放四凶，舉元愷，何以加焉。洵游、夏無能贊一辭者。」也竟把魏忠賢和孔子並論。在以下的幾項中，以「濫爵」所舉的事例最多，最終目的是，魏忠賢以一個閹人，竟得晉封為尚公，他的侄兒魏良卿竟也封了寧國公，魏良棟則也封了東安侯。
看到了錢嘉征的疏文，崇禎才開始了進攻。他把魏忠賢召上殿來，命內侍把疏文從頭至尾，一句句，慢慢讀給他聽，先在精神上給他以打擊。魏忠賢真給打垮了，他極其恐懼，儘力想設法解救。他以萬曆、泰昌、天啟父、子、孫都貪財好貨為例，想以獻寶為解。他有個叫徐應元的賭友，是一直便在崇禎左右應置的太監，賄請徐應元代他向崇禎獻寶，希望能以此得救。徐應元和魏忠賢的見識相去不遠，真的就替他那麼幹了，結果卻使崇禎因此而暴怒，把這個獻寶的經手人也斥革嚴辦了。
崇禎在懲辦魏忠賢時，做得也很謹慎，為了不致變生肘腋，先不予重處，只遣使他往鳳陽去看守皇陵，在他已經上道，他的黨羽仍都不敢稍有舉動後，才又下命，叫把他逮回京里來究治。魏忠賢是在行抵阜城時又得知要逮他回京的消息的，他自知大勢已去，前途兇險，便和與他同被遣發的李朝欽一道，懸樑自盡了。他們的自殺，是在天啟七年十一月，上距天啟去世才只有三個多月。崇禎是在十二月間才得知此事的，於是開始雷厲風行，立即下令，魏忠賢應予戮屍，並命將他的首級懸掛在河間府示眾。與此同時，又命人把客氏也逮入浣衣局，用笞刑，活活地把她打死。客氏的兒子侯國興、她的弟弟客光先和魏忠賢的侄兒魏良卿等，也於同日被押赴市曹，予以斬決正法。被戮屍的還有個崔呈秀，他也是自縊而死的。他是才得知魏忠賢的死訊後，自知萬難倖免，才痛飲大醉，最後上吊而死。
崇禎在尚未改元之前，即位只有幾個月，便徹底粉碎了勢已滔天的魏黨，很給人以英明幹練、胸有成竹的印象。一時朝野盡都歡呼雀躍，以為得到這樣的英明之主，不難恢複以前的昇平盛世。崇禎自己也為此錯誤地過高估計了自己的能力，以為自己真是個不世出的傑才，一心想把自己造成一個中興的明君。其實他的成功，一在魏黨不得人心，二是得力於久已形成扯皮製度，最後才說得上是他的處置得宜。其實他的不矜不躁，從容布置，實由於深知魏忠賢的勢力雄厚，不得不然，待得魏忠賢一死，他的辦事常是失之於躁急的短處，便已經開始顯示出來了。
在粉碎了魏黨後，給三案被冤諸人平反和清除魏忠賢的黨羽，便是兩件應辦理的大事。這些都是在崇禎改元後才開始的。三案平反的工作，是較易辦理的一個部分，對於冤死諸臣，一一給以贈官賜恤，被遣戍的，召回並予復官，便算差不多了。在為翻案的事，為了獻媚於魏忠賢而出謀劃策，推波助瀾的人，要查明他們的罪狀則又較難，只有徐大化、劉廷元、賈繼春等幾個人在一開始時便受到了應得的處分，其餘的還都得等到徹底清除魏忠賢的黨羽時才得找到。
為了徹底清除魏忠賢的黨羽，崇禎召回了首輔韓爌，叫他和原已在閣中的李標、錢龍錫等人共同來辦這事，定出從逆諸人的罪行。這三個人都受過魏黨諸人的迫害。韓爌是生生被魏黨的顧秉謙和魏廣微從內閣中擠出去的，出來之後，還又被劾，受到了削籍除名的處分。最後還被坐贓兩千兩，他被逼得賣了田宅，住到自家的墳舍里去，才了事的。李標是被列入《東林同志錄》里的人，嚇得他急忙告退歸隱，才得免禍。錢龍錫也是因為觸犯了魏忠賢，受到了削籍的處分。這三個人雖說都受過魏黨的迫害，但他們卻又都是謹慎小心，不願過為已甚的人，他們商量著，只把罪惡昭著的四五十人，略敘事實，開具名單，用以入奏。崇禎看後，認為太少，命他們再去搜檢。三人又搜尋了一通，加上了幾十個人，再次上奏。崇禎這次還是覺得太少，很不滿意地指示他們，要從「贊導」、「擁戴」、「頌美」、「諂附」等幾個方面仔細搜尋。並說內侍裡面有些同惡共濟的，也應予列入。他們三人都說，內侍的事他們很不清楚，實在很難辦理。崇禎道：「哪裡是不清楚，無非是怕招怨而已。」幾天後，崇禎又把三人召入便殿，指著案上放著的一個裝得滿滿的布口袋向他們道：「這裡面裝的都是奸黨所上的疏文，可以把他們都按名入案。」三人至此，才感到崇禎實是想把這件案子辦個透徹。但是他們還是不想招怨，便以不習法事作為推託。崇禎見說，便又命吏部尚書王永光來協助他們。王永光也推說不習法事，崇禎就又找來刑部尚書喬允升、左都御史曹於汴，命他們也來