移宮一案是三案中的最後一案，它有前後兩起，前一起還發生在紅丸案之前，但波瀾不大，只可算是個前奏。後一起則與紅丸案相接很近，牽扯得也更重大，所以算是正案。
所謂移宮，就是一些不應佔據乾清宮的人佔據了那裡，有人為了體制，要讓他們遷出，因此而生出許多事來，這便成了移宮一案。
這個乾清宮，依照左光斗的話來說，那便是：「內廷有乾清宮，猶外廷有皇極殿，惟天子御天得居之，惟皇后配天得共居之，其他妃嬪雖以次進御，不得恆居，非但避嫌，亦以別尊卑也。」乾清宮既有如此顯重的地位，所以常是很多妃嬪一心嚮往的所在，入宮之後，最大的願望便是能定居在那裡。萬曆四十八年，王皇后去世以後，萬曆也已有病，鄭貴妃以侍疾為名，便也住進了那裡。到七月十九日，萬曆已經去世，她卻仍自住在那裡，連一點搬出來的意思也沒有。她很清楚，那裡是象徵帝權，應由皇帝進居的所在，她之賴在那裡，是想做一筆交易，從中再撈取點好處。那時她與最得皇長子寵愛的李選侍已來往很密，常有勾結，所以與她合夥打算一同做好這筆生意。皇長子已經擬定了要在八月初一即位為帝，但是卻還是住在他的慈慶宮裡，沒能搬進乾清宮去。新天子而不能入居乾清宮，這在封建皇朝實是件不可容忍的大事，群臣們都很急切，但是鄭貴妃卻仍然不肯遷出，卻教人放出話來，要新天子答應封她為太后，封李選侍為皇后，才肯遷出。首輔方從哲是看重鄭貴妃的意見的，露出一些無可奈何，只好且答應她的想法。但被眾人一語駁倒：欲為太后，得先是皇后，哪有天子既崩而立後者？為此事最急切的是吏部尚書周嘉謨、兵科給事中楊漣和御史左光斗，他們直接向鄭貴妃的家人施加了壓力。那時鄭貴妃的兄弟鄭國泰已經去世，周嘉謨派人把她的侄兒鄭養性叫來，向他曉以利害，要他去告訴鄭貴妃，趕快遷出乾清宮才是知趣，否則惹出麻煩，後悔可就晚了。鄭貴妃給嚇住了，只好移居慈寧宮。這樣，這位已經即位了好幾天的新天子，才得住進了乾清宮。周嘉謨的這一手，有人說倒像是移宮一案的前奏。
這位在位只有一個月的皇帝遷入乾清宮時，卻還沒有皇后，他為太子時作為太子妃的郭氏已於萬曆四十一年（1613）去世，所以跟隨他入居乾清宮的，乃是他最寵愛的李選侍。當時原有兩個李選侍，由於居處是一東一西，所以被人稱為東李、西李。東李人老實，也不得寵；西李又美貌又精靈，才作為選侍就是皇長子最寵愛的人。人們所稱說的李選侍，指的就只是西李。李選侍究於何時入宮，已難確知，給事中惠世揚在劾「方從哲有十大罪、三可殺」一疏中，稱「李選侍乃鄭氏私人」，因此有人認為她大概就是鄭貴妃送給皇太子的八美之一。她和鄭貴妃很有些勾連，彼此相互捧抬，說她是鄭氏私人，大概相去不遠。李選侍不但和鄭貴妃彼此勾結，並且作風也極相似，而且潑辣剽悍尤遠過之。朱常洛的長子朱由校的生母王選侍，便是由於受到她的毆打，因而得病死去的。這朱由校便是後來做了七年皇帝，年號是天啟的明熹宗，李選侍打了他的生母，因此後來疏論李選侍的人，便把「毆斃聖母」作為她的一條罪狀。
李選侍為了給自己奪取權力，確也費盡了心機。她跟隨朱常洛住進乾清宮後，已經曉得這個才即位的皇帝已將不久於世，那個皇長孫朱由校不久即將被立為帝。為此她首先便把這個孩子緊緊扣住，帶在身邊，想把他完全掌握在手裡。另外她對朱常洛召見大臣談些什麼極為留心，總要躲在近處偷偷竊聽。這位皇帝即位不久就卧病不起，倒給她干這一手準備了條件。那時她已封為康妃，自然於心未足，一心想著要當皇后，已經多次向新天子說過，要他趕快封她。原來依照慣例，皇太子的妻妾，只有正妻得稱為太子妃，其他諸人都無稱妃的資格，只可稱為「選侍」。一旦太子即位，太子妃很自然地便成為皇后，儀式也較簡單，新天子依例賜以冊寶便算成了。選侍們成為一般的皇妃也可依例晉位，如想成為貴妃、皇貴妃都要由閣臣議過擬旨，才能冊立，手續也便多了。朱常洛的太子妃郭氏已在他即位之前很久便已去世，在他即位為帝時，中宮皇后實已無人，但選後在封建社會中是件大事，人品、家世都很要講求，李選侍的要求實在很難達到。但是李選侍卻不管這些，總是極力要求。一天，皇帝卧在暖閣里召見大臣，說著了她的事，說是想把她封為皇貴妃。李選侍躲在通聯暖閣的房裡偷聽到了，忙把帶在身邊的朱由校推入暖閣，要他到那裡去代她聲明：「不是要封皇貴妃，是要封皇后！」可是禮部侍郎孫如游把封皇貴妃的事都給推開了，他說目前連兩位太后和元妃的謚號都還無暇議及，晉封皇貴妃的事只有緩辦了。此後不久，新天子一命嗚呼，李選侍不但沒能當成皇后，就連個皇貴妃的稱號也沒有撈著。
移宮一案，是在朱常洛去世後就開始了的。依照正規，朱常洛一去世，沒有資格在乾清宮居住的李選侍便該遷出宮去，由繼位為君的新皇帝入內居住。但李選侍卻學會了鄭貴妃的那一手，她也堅持不遷，想藉此再撈點好處。為此，她和也是顧命諸臣之一的兵科給事中楊漣很爭持了一陣，由此並發生了很多變故。這件事的前後始末，便被人稱為「移宮案」。
楊漣的官位不高，照說他是沒有資格成為顧命之臣的。但他在疏論鄭貴妃請封太后時就提到了李選侍和崔文升，說得很是切直。他說：「外廷流言，謂陛下興居無節，侍御蠱惑。必文升藉口以掩其用藥之奸，文升之黨煽布，以預杜外廷之口。既損聖躬，又虧聖德，罪不容死。至貴妃封號，尤乖常典。尊以嫡母，若大行皇后何？尊以生母，若本生太后何？請亟寢前命。」這疏里有些語言，曾被人認為是過於冒犯天威，指斥乘輿之處。但卧病的皇帝看過後卻覺得很好。三日後，他召見大臣，便特命把楊漣也列入其內。以楊漣的職位而言，離著被召入見還差得很遠，因此，很多人都認為，怕是他那疏文出了毛病，會被召去面斥，甚至怕還要受廷杖。大家都去請求首輔方從哲設法解救，方從哲認為最好還是趕快上疏謝罪，也許還能有救。但是楊漣卻不想謝罪，他說：「頂多不過一死，我並不怕。我自覺無罪，謝什麼罪呢。」他就這麼坦然地去入見了，結果真也沒有什麼。朱常洛只是要人見諸臣傳話給外廷，要他們不要聽外面的那些流言。鄭貴妃請封太后，他也認為以不辦為是，還應許了驅逐崔文升。他說話時，頻頻注視著楊漣，對他像極有好感。從此，他每次召見大臣都要把楊漣也列入數內，所以楊漣也成了受了顧命的諸臣之一。
明光宗朱常洛是在他即位為帝後的第三十天晨間去世的，由於死得有點突然，死時並沒有什麼大臣守在近處。李選侍想到不久廷臣們便要前來哭臨（即向遺體告別），便先將大概即會被立為帝的朱由校扣留在自己的身邊，又命幾名內侍持梃攔住宮門，阻攔有人進入。她擺好了陣式，以便可以討價還價，滿足她的慾望。
廷臣們最先趕向乾清宮的，有吏部尚書周嘉謨、左都御史張問達，以及李汝華、楊漣、左光斗等人。為了等候首輔方從哲和其他閣臣，他們款步徐行，並且議論著目前的事務。他們說到朱由校並未經冊立，又已無生母、嫡母，孤單無依，不知將由誰來扶持。有人以為可以托給李選侍，由她來照料。楊漣立即反對這個想法。他說，天子如何可以托於婦人之手？況且李選侍對這個皇孫又太粗暴。他提起了那次強行討封的事，說他眼看著李選侍把皇長孫拉入推出，很不像樣，如何可以由她來照料。他建議，未經冊立並不要緊，反正如今他已是當然的儲皇，大家應該儘快地去見他，群呼「萬歲」，然後擁護出宮，暫往慈慶宮居住，擺脫開李選侍，才是上策。
匯齊了方從哲、劉一燝、韓爌等閣臣後，大家才都來到乾清宮門，在那裡，他們卻被持梃的內監攔住，不容進入。此時楊漣奮勇當先，他大喝一聲：「奴才！我們是皇帝召來的。皇帝已經晏駕，你們攔在這裡，想幹什麼！」一下喝退了內侍，大家才得進入。
哭臨已畢，群臣方始發現，並沒有見到皇儲。次輔劉一燝忙問近旁的內監，「聖上殯天，皇儲便該在靈前即泣，如何卻不在此？」內監們都避而不答，只有曾為明光宗伴讀的內監王安近前來悄聲道：「是讓李選侍給藏起來了。」劉一燝大聲喊道：「哪個大膽的，敢把新天子給藏起來！」王安又趕忙道：「別急，列位在此稍候，等我進去看看。」
王安到裡面去見到李選侍，向她說了須得群臣擁立的重要，皇儲出見群臣是必不可免的。李選侍一時被他說動了，即將朱由校交給了王安。但是忽而又覺有些不妥，又忙想去拉他。王安牽住朱由校，閃過了這一拉，便忙奔向外面。外間守候著的諸臣，一見便都高呼「萬歲」，並由劉一燝在左，英國公張惟賢在右拉住皇儲的雙手，把他扶著登上了停在宮外的御輦。這時宮內不斷傳出「哥兒回來，哥兒回來」的高呼，還有幾批內侍追趕出來，想把人再搶回去。劉一燝靠緊了御輦疾行，一連擋回去了三批追來的內侍。他