萬曆四十三年（1615）五月初四晚間，有個手持棗木棍棒的漢子，悄悄闖進了皇太子居住的慈慶宮，並將把守宮門的內侍李鑒用棍擊傷，又闖入前殿的檐下。在那裡，被內侍韓本用等人捉獲，當即將他交給了駐守東華門的守衛指揮朱雄等人，由他們將犯人暫行關押。擾攘了多年的明末三案中的梃擊案，就是這樣地發生了。
次日正是端午，皇太子趕著把夜裡所發生的事件先向萬曆奏明。萬曆得奏，便命先將人犯交由近處法司先行審問。審理此案的巡皇城御史劉廷元，於審問後，奏聞的審知情況大致是這樣：犯人名叫張差，是薊州人。他說他是個吃齋討封的人，語言很無倫次，看來像個瘋子。但是察看他的相貌，又像很狡猾。最好還是交由法司嚴訊。劉廷元奏聞情況的語句很活，既說張差像個瘋子，又說看來很是狡猾。這些都是那時官場應付公事的慣技，各面都占著點兒，各面都不說死，這樣便可以把事情順利交出，讓別處自行去辦了。
這案子轉到刑部之後，是由郎中胡士相、員外郎趙會楨和勞永嘉三人會同審理的。那時太子早晚將廢的傳說已經流傳多年，成為人盡皆知的事了，而況鄭貴妃一家又是越來越見顯赫，上上下下，到處都有他們的黨羽，連首輔方從哲也是聽從他們的指使的。胡、趙、勞三人都是習於官場的人，該怎麼辦才好，他們早都明白。初審的劉廷元說張差是個瘋子，這就最好，因此他們便由此串訊，說這張差原是個賣柴草的人，由於柴草被人燒去，氣得瘋了，於四月間即入京訴冤。在路上，有兩個不知姓名的人和他同路，他們騙張差說，訴冤沒有狀子，可以拿一根木棒代替。張差信以為實，因而手持木梃，從東華門潛入大內，直達慈慶宮門。按律，手持兇器，潛入宮門，便該問個斬罪，該犯又還擊傷內侍，似應加等治罪，立予斬決。他們把案情擬定，只待送呈刑部堂官，代為轉奏，便可了結。不想就在此時，他們是如何判決的，早已為外間所知，立即群情大嘩，紛紛上疏論奏，說是張差入宮行兇，幕後必有人指使，而刑部只論張差一人，且欲予以速決，顯然意在殺人滅口，庇護幕後的真兇。應請另予詳審，查出元兇，才是正理。疏論而外，外間更自議論紛紛，都認為定是鄭貴妃等人在暗中指使。這使得鄭貴妃等極為驚慌，連萬曆也覺得很是煩惱。只有一點可使他們稍覺放心，便是串通刑部，對張差嚴加監管，外來的人，誰也不許探望張差。
把張差和外間隔絕，當然可以少生枝節，但是他們卻不曉得，注意此案，並願偵察出實際情況的人，竟是到處都有，在刑部中也不例外。這時刑部主事王之寀便主動出來，想要弄清此案。這王之寀在入刑部之前曾做過知縣，對於審理案情，倒也頗有經驗。他雖未被委為梃擊一案的審訊者，對此案不能公開審問，但既然身在刑部為官，自然總可想出些辦法。他幾經思索，覺得如去管理牢飯，倒是條好路子。這樣想定之後，他便討下了兼管牢飯的這個差事。他親自率領獄中人員，給犯人們一個一個地送飯，獨把張差留在最後，使他早已感到飢餓難禁。最後輪到他時，王之寀卻讓人把飯且擺在一邊，要張差供出實情，才許吃飯。那時的張差已經受過幾次杖刑，體力已很不支，又且早過飯時，已自飢餓難當。當下語無倫次地說，「我是來告狀的，你要問我什麼？」又說：「打死我吧，什麼都沒用了！」王之寀命人把飯送到張差的近處，卻使兩名獄卒把他緊緊挾住，看定了他說，「看見了么，飯在那裡，你說了實話，就給你飯吃，不說，就餓死你！」張差實已餓火中燒，十分難耐，只得開始實說了。王之寀是個問案的好手，在他的追問之下，張差的一切實情都已無法隱瞞，一次誘審，大致的情況都已和盤托出，雖然還不免有些藏掖之處，但實則已很夠了。
王之寀在訊問時，還命人把張差的口供作了筆錄，他的供詞，大致是這樣的：張差是薊州人，小名叫張五兒。他之來到北京，是由他們鄉里的馬三舅和李外父，叫他跟著一個不知道姓名的老公（民間習稱內監為老公）來的。他們叫他一切都聽那老公的吩咐，並說事成之後還可以給他幾畝地，他到京後，進了一條不知是什麼街名的大宅子，有個老公拿出飯來給他吃，並且對他說，「你去闖一下，遇著人就打死他。打死了人，我們會救你。」說著，給了他一根棗木棍，並把他帶進了後宰門，一直帶到那個宮門口。在那裡，他打翻了一個看門的，但隨後又來了很多的老公，他被捉住了。
王之寀知道張差的供詞還有很多不實不盡處，但卻已打開了缺口，由此再加審訊，一切便會更加清楚。於是，他把張差的供詞寫成了揭帖，送交署印刑部侍郎張問達代為入奏。王之寀在揭帖之末還說，依他看來，張差這人不瘋也不傻，並且很有膽量。他希望能把他綁到文華殿前，舉行朝審。或者交由九卿科道和三法司共同會審也行，那樣必會審出很多的詳情，使幕後的指使人無法遁逃。
張問達把王之寀的揭帖代為入奏以後，萬曆感到不知如何是好，只好不加批複，留中了事。但那揭帖的內容早已傳開，留中不批，並不濟事，追問此事的奏疏接著便又紛紛而來，其中促請最力的，計有大理寺丞王士昌、行人司正陸大受、戶部主事張庭、給事中姚永濟等人。在陸大受的疏文里，竟書有「奸戚」二字多處，矛頭更直接指向鄭承憲等。萬曆對於這些很覺討厭，但又無可奈何，只有一概留中不問。鄭貴妃和她那一家更是感到極為惶恐，他們不斷派人四齣活動，但也無法緩和那洶洶的來勢。這時又來了個名叫過庭訓的御史，他也上疏亟論此事，並說「禍生肘腋，不容不聞」。萬曆把他的奏疏也留中後，這過庭訓更移文到薊州去，要那裡的地方官偵報張差在家時的一切。薊州知州戚延齡很快就給過御史來了迴文，這個迴文寫得很於鄭貴妃一方有利。那迴文說，張差確實是個瘋子，他之所以成瘋，是由於鄭貴妃要在薊州修廟，派來內侍在那裡設窯燒磚，居民把柴薪賣到窯上很能獲利。張差把家裡的田都賣了，也搶著去做柴薪生意。磚窯附近的居民恨他搶奪生意，暗中把他的柴薪都給燒了。張差把柴薪被燒之事向主管內侍控訴，不料反被斥責，因此瘋了，手執木梃，說是要入京去告御狀云云。這個迴文與劉廷元的初審供詞很是相合，而且比那供詞更為詳盡。因此有人懷疑，鄭家不斷派人四齣活動，薊州知州戚延齡也許便是受了他們的賄賂，才這樣寫的。事實上也很顯然，薊州的迴文一到，不但鄭承憲等活躍了很多，就是初審此案的劉廷元等，便也覺得有了口實，重又多方活動起來了。
五月二十一日，刑部會集了十三司的司官和胡士相、陸夢龍、趙會楨、勞永嘉、王之寀等人，再行會審張差。這一次，張差的供詞造成了更大的震動。他供出了以前從沒說出的人名和地名：馬三舅名叫馬三道，李外父名叫李守才，不知姓名的老公是去修鐵瓦廠的內侍龐保，他去過的那所大宅子，是在朝陽門外有所大宅子的內侍劉成的住宅。他還明白地供出，就是龐保和劉成叫他去打上宮門的。他說，他們告訴他，「你打了小爺，就吃穿不愁了！」所謂小爺，指的當然就是皇太子，內侍一向便這麼叫他。張差還供出了他的同夥，他們一共五個人，他的姐夫孔道也是其中的一個。
這一審，真可謂「水落石出」，什麼都對得上號了。刑部於是即刻行文到薊州，要地方官協助捕拿馬三道、李守才、孔道等人，並解來候訊。另一面又行疏請，要求讓法司去到大內，把龐保和劉成都提來對質。這一次，連首輔方從哲也沉不住氣了，他竟也和給事中何士晉等人一樣，上疏請求，務要嚴究主使，不可輕易放過。萬曆也感到舉朝內外，人言籍籍，再也壓不下去了，便也降下諭旨，准許嚴究。
情勢如此緊張，最吃不住勁的自然是鄭貴妃，那龐保、劉成都是在她左右的執事太監，一旦提出去審訊，誰知道他們都會說些什麼呢？她幾次向萬曆哭訴，希望皇上替她做主。萬曆感到外面的來勢洶洶，就是他也難以壓下去，不覺嘆道，「如今鬧成這樣，怕難解了。如果讓皇太子出面，也許倒好辦些。可是，這可得你自己親自前去求他。」鄭貴妃無奈，只好去求太子。她一見面便向太子下拜，太子也忙回拜。貴妃拜罷，便開始向太子哭訴，力求太子救她，辨明她的冤枉。太子此時也很害怕，也是極想早點有個了結。聽罷貴妃的申訴，忙命伴他讀書的內侍王安代他屬草，下了一道令旨，要諸臣不必多所糾纏，元兇張差既已拿獲，把他正法也就是了，多纏反倒令人為難。這道令旨說得雖好，實則效用不大。鄭貴妃一家惹動了公憤，諸臣還是堅持著要追查元兇。情況至此，萬曆感到實在別無他法，只有由他親自出面來安撫群臣了。
那時萬曆早已倦於朝政，不見群臣已達二十五年之久了。為了這事，他只得特別破例，把首輔方從哲、閣臣吳道南，以及文武諸臣，都召入到慈寧宮裡，來和他相見。在召見之前，還把皇太子和三個皇孫也都召來。他命太子就站在他的御座之右，三個皇孫則站成一排，立在左面階下。方從哲和諸臣都到來時，萬曆先責