明末三案之所由發生，追本溯源，實由於明神宗萬曆帝在立儲問題上猶豫不決，因而引起了宮廷內外發生了很多問題，以致造成三案，擾亂糾結，時達三朝之久。
萬曆的大婚，是於萬曆六年（1578），他年及十六歲時來舉行的。他的皇后姓王，原籍是浙江餘姚，但人卻生長在北京。這位皇后知書習禮，淑靜端莊，很得萬曆的生母李太后的喜愛，但萬曆和她卻並不相投，對她一直很是冷淡，加之她又從來沒有生育過兒女，所以雖說是正位中宮，其實卻很被漠視，她之所以未被廢棄，實在全靠著李太后的庇護。與皇后同日冊封的，還有個劉昭妃，這個人也並不為萬曆所喜，而且與皇后一樣，她也沒有生育過子女。最先給萬曆生下他的皇長子來的，是宮女出身的王恭妃。這個王恭妃，原是在慈寧宮服侍李太后的一個宮女，在萬曆到慈寧宮向他的生母請安時，無意間得幸，並且懷上了孩子。萬曆在和王恭妃發生了關係之後，早已忘記了這事，但李太后卻在暗中極為注意，在這個還沒有任何名號的宮女已經顯出身懷有孕時，便把萬曆叫來，要他承認這事，並給這懷有子息的宮女以相當的名號。萬曆最初矢口否認和這個宮女有過什麼瓜葛，最後太后命人從敬事房取了起居注來，把上面的記載指給他看時，萬曆才無言答對，承認了他和這個宮女確曾有過關係。原來宮廷之中對於皇帝曾臨幸過某人某人，是否賜過什麼信物等等都是極注意的，但凡有過此類事件，無論對方系屬何人，自皇后、妃嬪以至宮女，都要把時間地點等等詳細記載入起居注中，以備日後被幸者有身之時，可以查對。萬曆在慈寧宮裡和這個宮女發生了關係，在他雖然覺得是極其偶然的事，以為不會有人知道，但實際卻已全被記入起居注中，使他想賴也賴不掉。李太后從萬曆矢口否認這一點上，已經有點感到萬曆對這個已經懷有他的孩子的宮女並不怎麼重視，因此特意開導他道：「她懷上了孩子，這是天大的好事，我早就盼著能有個孫子了。她如果真能生下個皇子，也就有了皇位的繼承人。你不要以為她是個宮女，不夠體面，其實『母以子貴』，你可以加封她呀。」萬曆被李太后說著，只好一切照辦，先把那個宮女封為才人，後來真生下了皇長子，於是又得晉位，由才人又封為恭妃。
以封建禮法而言，皇位的繼承人，首先應是嫡子。所謂嫡子，便是由皇后所生的皇子。如果皇后無出，沒能生下孩子，則就又有「無嫡立長」這麼一項規定。萬曆的這個皇長子，恰好處於皇后無出的情況之下，所以他的出生，自太后以至諸臣，便已都認定了他應是法定的皇位繼承人，對之極為看重。
在皇長子朱常洛出生後的最初幾年裡，他的地位是極穩定的，雖然不久又有個皇次子，也與他並無影響。這個皇次子只活了一歲的樣子就夭亡了，對他自然更說不上會有什麼威脅。但是，他的這個穩固的地位，到了萬曆十四年，皇三子朱常洵出生後，卻發生了動搖。
這個皇三子朱常洵的生母，是最受萬曆寵愛的鄭貴妃，由於「愛屋及烏」，萬曆對這個皇三子也極為看重，不但為他大辦喜筵，遠遠超過了為皇長子或皇次子所辦的，並且還要把鄭貴妃晉封為皇貴妃。原來這個鄭貴妃在萬曆所有的妃嬪中長得最好，又最能迎合他的心意，所以入宮之後便後來居上，被封為貴妃，位分在已生有皇長子的王恭妃之上。這種情況，從王恭妃方面來說，倒也沒有什麼不平之處，她出身低微，久受抑壓，即便更為屈辱，也不敢有什麼表示。但習於正統禮法的眾多朝臣，對此卻極為不然，他們認為，社會之能井然有序，全靠著歷代相傳的禮法加以維持，皇室居位最高，為天下人所仰視，對於各種禮法尤應特別遵奉。按照禮法，母以子貴，生有皇長子的王恭妃，地位僅能略次於皇后，其他妃嬪，沒有一個可以位居其上的。鄭貴妃入宮見寵，並非盛世應有之事，實應儘快糾正，最少也應將王恭妃也晉位為貴妃，才算合乎禮法。他們不僅私下議論，凡屬可以言事的，還紛紛上疏，論及此事，很使萬曆感到煩惱。但那時他已經學會了不聞不問聽其陰消的一招，所以對於這些疏本雖很氣惱，卻都一概留中，不予理會，漸漸倒也平靜下來，很少有人再提到這些使人不快的事了。
然而，在鄭貴妃生下了三皇子朱常洵，鄭貴妃又晉封為皇貴妃後，上疏論爭的人便又哄然而來。這一是由於鄭貴妃又晉封為皇貴妃，在位分上便已高出於王恭妃兩級，真是只比皇后僅低一級了。另外則是忽然有一傳說，說是萬曆與鄭貴妃之間曾有金合密約，已經應許了她，把她所生的皇三子立為太子，賜給她的那個金合，便是密約的信物。這個傳說，一時甚囂塵上，因此朝臣們紛紛猜測，大都認為特別又把鄭貴妃晉封為皇貴妃，便是廢長立愛的先聲。因為「母以子貴」，也可以是「子以母貴」，皇后所生的兒子稱為「嫡子」，是當然該被立為太子的，皇貴妃與皇后相去已然很微，比王恭妃已經高出了許多，她的兒子，「子以母貴」，將來被立為太子也就有了根據。這種猜測，很快便在朝臣之間形成了這樣一種意念，便是萬曆之要晉封鄭貴妃為皇貴妃，實際上是為立皇三子為太子的一步試探，非給予迎頭頂住不可。
首先為此事上疏切論的是戶科給事中姜應麟。他在疏中，首先還是從鄭貴妃的晉封不當說起，他說：「……禮貴別嫌，事當慎始，貴妃所生陛下第三子猶亞位中宮，恭妃誕育元嗣，翻令居下：揆之倫理則不順，質之人心則不安，傳之天下萬世則不正，非所以重儲貳，定眾志也。伏請俯察輿情，收還成命。其或情不容已，請先封恭妃為皇貴妃，而後及於鄭妃，則禮既不違，情亦不廢。然臣所議者末，未及其本也。陛下誠欲正名定分，別嫌明微，莫若俯從閣臣之請，冊立元嗣為東宮，以定天下之本，則臣民之望慰，宗社之慶長矣。」此疏一上，引起了很大的震動，鬥爭長達十多年的建儲之爭，也就由姜應麟拉開了戰幕。
這長期的建儲之爭，把明末的統治階級分成了三派。其中人數最多、聲勢最大的，是那些習於傳統的禮治，站在為皇長子爭取合法利益的群臣。這些人也可以稱為正統派。另一派是與第一派相反的，他們有的是鄭貴妃一家的親友，有的是鑽頭覓縫，一心想以向皇帝討好求取好處的一些投機分子。他們的人數不多，而且由於做賊心虛，很少敢於公開出面表示什麼，但是由於他們這一邊里有個現任的皇上，所以搞些陰謀花樣卻很出色。第三派的人數極少，但影響卻大，他們大多是握有實權的重臣，如曾為首輔將近十年的申時行，便是其中最顯著的一個。這一類人，他們為了合乎輿情，表面上常常顯得與第一類人沒有什麼兩樣，但在關鍵時刻卻又搖擺不定，有時倒向這邊，有時卻又站在那邊。
姜應麟出手的這第一仗，從表面上看，他是給打敗了，因為萬曆看過了疏文後，立即大怒，很發了一陣脾氣之後，立即親自降旨道：「貴妃敬奉勤勞，特加殊封。立儲自有長幼，姜應麟疑君賣直，可降極邊雜職。」這道御旨一出，姜應麟便被貶往大同境內，成了個位置極其微末的典史了，得到的懲罰實屬不輕。然而按諸實際，姜應麟雖然被貶降到了外方，他其實倒是贏得了這一回合；萬曆以貶斥懲罰了姜應麟，這頭一回合，他倒是全輸掉了。因為姜應麟在他的疏文里雖然首先便為王恭妃打抱不平，實則這不過是個陪襯，而其主要之點，則是意在確定皇長子得以冊立為東宮這一點上。萬曆沒能分清他那疏文里的主次之點，著重在為鄭貴妃晉封號以解釋，卻反說出「立儲自有長幼」的話，責怪姜應麟疑君賣直，實際上卻是已在立儲一點上，做出了肯定的回答。所以他的這道旨意一下，不但守正的朝臣人人高興，就是被貶了官的姜應麟也非常滿意，以為以他的一個微官，竟換得了「立儲自有長幼」這麼一句明確的話，實在是太值得了！萬曆初時還沒有感到有此一失，等到守正諸臣的疏本接連而來，都著重地提到他的「立儲自有長幼」的話，並且要求迅即付諸實現時，他才感到自己真是大為失策，實在太被動了。為此他更恨透了那個使他有此一失的姜應麟，直至多年以後，吏部推舉建言諸臣時，每一提到了姜應麟，便都會受到重譴。姜應麟被廢竟達二十餘年。
姜應麟的疏文，很快便掀起了一陣請立皇長子為東宮太子的狂潮，言官們紛紛上言，所論的都是此事，而且在疏文中還都提到了萬曆所說的。「立儲自有長幼」，要求他儘速予以實現。萬曆對此，先是極力鎮壓，最先上疏的沈璟、孫如法等人，都被嚴旨切責，並都以此獲罪。萬曆原想，似此嚴加罪責，總可剎住這股浪潮。但實際卻並不然，儘管一再嚴加罪責，論疏仍如雪片飛來，接連不斷。那時朝中竟自形成了一種風氣，便是以是否主張立儲，作為忠奸正邪的辨別，以致閣臣、九卿等人，為了表明自己也是順乎輿情的，不免也要上疏論及此事。不談立儲一事的，只有那些與鄭皇親一家交好的，以及隨時都以逢迎為事的那一些人。但這類人為數極少，並且又都只敢在暗中活動，竟沒有一個敢站出來和那些持正的朝臣來對抗。對付那些討