梃擊、紅丸、移宮三案，只有梃擊一案是發生在明神宗在世時的萬曆四十三年（1615），其他兩案則都發生在萬曆四十八年（1620），明神宗萬曆去世之後。雖然三案中有兩案發生在萬曆的身後，但因這三案是相互關聯，造因也同是一個，並且蘊積了很久，所以若說到三案的造因人，則又應說萬曆是最主要的。
這樣，要想弄清三案的成因，談談萬曆這個人實在是很有必要的。
朱翊鈞是明代即位為帝的第十三人，他的年號是萬曆，死後被謚為神宗。在萬曆之前，明代已有十二人為帝，但年號卻有十三個，那是由於「土木之變」曾為瓦剌所擄的朱祁鎮曾有前後兩次登基，年號也改過兩次；初號正統，繼稱天順。
在明代的一十六帝中，朱翊鈞是在位最久的。他年僅六歲便被立為太子，十歲時，他的父親明穆宗朱載垕（hòu）去世，他便即位為帝，次年十一歲才把年號改為萬曆。從隆慶六年（1572）六月他在靈前即位算起，到他於萬曆四十八年（1620）七月去世為止，萬曆身居帝位足足有四十八年還多一點。他不但以在位最久著稱，說到貪財好貨，懶散拖沓，多年倦於臨朝，把國事擾得一塌糊塗，他也是極有名的。他之所以如此，從他自幼及長所受到的教育和影響，不難看出一些端倪。
萬曆登基為帝時才年僅十歲，還完全是個孩子，扶植他習為帝業的，主要共有三人：他的母親李貴妃、太監馮保和首輔張居正。這三個人相互利用，聯合得很緊，萬曆在初年便是在他們的共同管理下長大成人的。這三個人彼此配合，把萬曆管得很緊，因而對於萬曆的影響也都很大。認真說來，李貴妃、馮保、張居正三人的聯合實是顯然違反祖訓的事。因為不許后妃干政，明太祖朱元璋不但在他生前常說，而且還在他的《寶訓》中列有專條。李貴妃後來雖被尊為太后，干政也還是不能允許。馮保更不消說了，宮門立有鐵牌：「內臣不得干預政事，犯者斬！」他先就犯了死罪。張居正是閣臣，輔政原是他的本分，但外臣勾結內臣，外臣暗結宮闈都是犯了極重的條款，為此而送命的人實在並不算少。然而他們各自為著本身的利益，還是悍然緊密聯合了，最高的統治權落入了他們的手中，《寶訓》、鐵牌還不是干擺在那裡。
他們三人的結合，是由馮保從中穿針引線撮合成功的，最初的共同目標是趕掉首輔高拱。馮保仇恨高拱，是因為高拱兩次阻擋了他升任掌管司禮監的工作。由於奉行相互牽制的政策，司禮監掌印太監（提督、掌印後常合為一員）出缺，例應由首輔加以推薦，在隆慶初年，司禮監掌印太監出缺，依次應由馮保遞補，但那時的首輔高拱因不滿意馮保，把那位置推薦給了御用監的太監陳洪。陳洪被罷後，高拱又撤開了馮保，推薦出尚膳監的孟沖。依例，尚膳監並沒有升任司禮監掌印的資格，所以馮保就更恨高拱。馮保這人極其有心計，很早便一意結納下了皇后和李貴妃，向她們訴說過由孟沖掌司禮監的不當，終於在穆宗朱載垕去世之際把司禮監的職位奪了過來。他很清楚，不去掉高拱，他的職位絕不會安穩，而要去掉高拱必須得到李貴妃和張居正的配合，內外夾攻，才行。
李貴妃的心事，馮保知道得很清楚。他知道李貴妃最切望的便是，如何把她那當了皇帝的兒子掌握在自己的手中，最好是被尊為太后之後，能擺脫一向在她之上的皇后的威勢。作為皇帝的生母，被尊為太后倒是已有先例了，但與皇后成為一無差異的敵體，她卻沒敢想望，因為就是為生母爭到同封太后權利的明憲宗的生母，她那樣力爭，也還只爭來了個光禿禿的「太后」，比不得皇后，在太后之上還另有徽號。馮保為趕走高拱和迎合李貴妃，暗自想出了個辦法，他向李貴妃說，只要趕走高拱，使張居正得為首輔，張在議上尊號時，便能左右一切，使她和皇后一樣，在太后之上也加上同樣的徽號。這便成為他們之間的，最先訂下的一個協定。
馮保雖不為首輔高拱所喜，而與次輔張居正卻一向相交甚厚，高拱所以不高興他，也許這也是原因之一。張居正和高拱由於徐階的事已經弄到了勢同水火，在穆宗臨終之際，更是鬧得很難共事。那事也是馮保惹出來的。照例，皇帝去世總要擬出一道遺詔，昭告世間。這遺詔，向來也都是首輔一人的工作。但馮保為了想把自己的名字加入到顧命大臣之列，便在暗中約了張居正，想要由他們二人先就同草遺詔。不想事機不密，卻被高拱趕來衝散了他們，高拱責問張居正道：「我當國 ，奈何獨與宮人草遺詔？」高拱問得理直氣壯，張居正只有赤顏謝過不已，實在感到很是難堪。馮保對於這些又很清楚，所以他便徑自前來與張居正商議如何趕走高拱，並且向張居正提出了要做到兩宮皇太后一體並尊的先決條件。趕掉高拱，晉居首輔，張居正當然極為高興，但那條件卻又使他為難。因為獲居首輔，德業也很重要，這並尊為太后而在徽號上有別，那是當年彭時、李賢為閣臣時硬頂住了憲宗的生母訂下來的，一時極為世所稱頌，連憲宗朱見深都曾暗派中官誇讚他們，說是「上意固如是，但迫於太后，不敢自主，非二公力爭，幾誤大事」。彭時、李賢以持正而大獲時譽，他張居正卻要出頭打破這個辦法，會得到什麼結果呢？因此，張居正很久都難決定是否可以應承這個條件。但是，從此得為首輔，又不再受到高拱的壓抑，這種誘力終要大些，使他終於答應了這個條件，並在由他主持廷議時，議定了，尊皇后為仁聖皇太后，尊李貴妃為慈聖皇太后，仁聖、慈聖，銖兩悉稱，真做到了並尊無異的地步。
與馮保內外串聯的同時，高拱也在匆匆安排著他的謀劃。馮保奪回了司禮監掌印太監，又想把自己的名字添進顧命大臣裡面，使他怒不可遏。他上疏以主上年幼為言，說是為了免於中官專政，最好免去司禮監批硃等權，以之還歸內閣。提出了重要的改革意見。同時，他還命給事中雒遵和程文二人合疏力劾馮保，準備二人的劾疏一入，他自己便立刻擬旨，把馮保逐出宮外。他安排已定，很不自秘，還把一切都告訴了張居正。張居正表面上唯唯諾諾，暗中卻把這一情況迅速通知了馮保，要他預為準備，先行下手。馮保利用高拱在閣中痛哭大行皇帝時曾說過「十歲的太子，如何治天下」的話，稍加改動，告訴兩位太后說，高拱竟說「十歲的孩子，如何做天子」！顯然有不臣之心。這話不僅使兩位太后極為震動，就是那個十歲的皇帝聽了，也不覺為之變色。這樣，驅除高拱的決定，便在宮中早已定下了。
高拱萬沒想到他會遭到暗算，次日一早，他便來到閣中，靜候消息。不久，果然便有中使傳諭，說是兩宮太后召集閣臣入宮，要宣讀太后和皇帝的詔書。高拱滿心以為所要宣讀的詔書必是認可處分馮保，於是高高興興，立即率領眾人入宮。不料，入宮之後他才知道，被處分的不是別人，卻竟是他高拱。兩宮太后宣示了高拱的種種罪狀，並即予以罷斥，命其即行出京。這個意外的驟變，有如晴天霹靂，直震得高拱跪伏在地，不能轉動。最後還是張居正攙他起來，把他掖扶出宮，才得離去。
逐去了高拱，張居正便即晉位首輔，這次的首、次輔之爭，幹得最是迅捷，真是短兵相接，勝負立見，前此後此，都沒有過。但是事情還沒就此完結，馮保深恨高拱，必欲置之死地。不久，卻巧有個叫王大臣的人，身著內侍服裝，混入宮內，一直走到乾清宮的近處才被捉獲，送到東廠。那時馮保已兼管東廠，便想藉此致高拱於族罪，便和張居正商量，看是如何入手。為了免除高拱或會起複的後患，張居正自也贊成。於是二人商議妥當，命馮保的家僕辛儒勾通王大臣，交給他一把刀，讓他說是高拱被罷斥後心懷怨望，特派他來行刺皇帝的。借事構成謀逆罪名，陷仇家以滅族之罪，自明初以來便有過多起，因此馮、張二人的密謀很快便被很多人看出，於是高拱的門下之士，甚至張居正門下的人，紛紛都來設法解脫，他們都申明利害，勸張居正萬萬不可下此毒手。張居正迫於眾意，已經感到硬做下去好處不多，加之王大臣在會鞫（jū，審問）時又翻了供，於是張居正才改變了主意，他微然一笑，說：「不會有什麼事，可以去告訴他，千萬可別嚇死！」
李太后、馮保、張居正合謀趕走了高拱，彼此都很滿意，於是便又通力合作，分擔經管這個孩子皇帝的工作。
那時李太后最關心的是如何能把她的這個兒子教好，使他快些可以成為一個像樣的皇帝。為此，她從原來居住的慈寧宮裡遷出，搬到乾清宮裡和萬曆同住，處處都加以監管。每逢臨朝之期，李太后總是將近五更便親自去到萬曆的寢所，叫起他來，免致誤事。萬曆讀書的事，她抓得最緊，不但每天都要課其背誦，講官講過的新書還要他當面再行復講。背誦不出，或是講不上來，便要罰他長跪朗讀，直到做好為止。如有逃學行為，則罰得更嚴，不但罰跪，有時還要責打。萬曆如或有些越軌行為，太后罰得更嚴。一次，萬曆喝多了酒，乘興命內侍唱個新曲，內侍推說不會，萬曆便要用劍斫他，經勸說後，還割下了