這個世界上有透明人，也有可以讓人變透明的葯。
透明人因為不會被看見，所以沒有人注意到他們的存在；然而，這個城市一定有這樣的人。這是孤獨少年陽一唯一尊敬的人——真鍋先生說的話。
孤僻的真一不管是在學校，或是和同學或和媽媽在一起，都覺得很難融入，唯一能讓他安心與信賴的人，就是這位真鍋先生。但是，真鍋先生為什麼會知道這些秘密呢？
陽一住的小城發生了離奇的失蹤事件，密室中的女人像水蒸氣一樣的消失了，陽一覺得只有透明人才有辦法從密室把人帶走而不被發現……
《透明人的小屋》有一個感人溫馨的故事，和一個足夠吸引人一氣讀到故事最後一頁的優質謎團，雖然和島田其他本格作品裡華麗宏偉的謎團設計相比，這個密室消失的詭計，顯得平凡得多。小說描寫最棒的是男孩「我」和真鍋先生之間亦父亦友的那份情感。從小失去父親的「我」，在隔壁真鍋先生那裡獲得了一份滿滿的父愛的填補，可是當看到真鍋先生掀開母親的裙子時，未懂事的「我」用小孩子的理解，把這種親熱當成一種對母親的欺侮。
最後，真鍋先生的離開，母親的孤獨終老，尤其是「我」在碼頭送別真鍋先生的那幕，一種無可挽回的無奈和悲哀，被刻畫得綿細入理。除了以往閱讀島田被作品裡謎團設計的精妙所折服，這次從《透明人的小屋》里，也可見島田深厚的文學功底，才能如此生動形象的從一個小孩子的視角，來敘述整個故事，既描繪了孩童的浪漫幻想，也寫實了成人世界的殘酷遺憾。不過有人將其列為青少年的推理讀物，不太能夠理解，因為裡面厚重的現實，尤其是涉及日本和朝鮮的歷史政治的部分，似乎不是一個青少年可以負荷和分辨的內容，甚至可能有負面的誤導影響。