拜師之後，林鳳才發現，自己並不是鄭若曾唯一的徒弟……其實說是「學生」更合適。原來鄭若曾在南洋公司內部，開設了一個船長培訓班，他是第一期的十五人之一。
鄭若曾任班主任，並聘請了十餘名西洋教員授課，他也親自教授「國學」、「海洋政治學」以及「德育課」三門課。學習很重，每天都要上課，沒有假期，除了鄭若曾教授的三門課外，還有數學、地理、歷史、結構學，還有力學、物理、化學，以及介紹世界最先進海船知識的「艦船」課程。
其中最重要的是數學，西洋教員告訴他們，航海專業學的好壞，都靠數學，所以在課程安排上，也十分偏重數學。三年里，他學習了代數、幾何、三角、弧三角——地球是圓的，所以航海學需要弧三角。後來還要學習微積分，現在想想還頭痛。但培訓班的要求十分嚴苛，一學期三門考試不及格，便會被開除；兩門不及格，會被停發薪水一學期；一門不及格，則薪水減半……雖然現在只是學員，但他們的薪俸堪比朝廷一品大員，看在錢的分上，也要咬牙堅持不掛科。
除了每年有三個月的海上實習，其餘時間林鳳和他的同學們，便日復一日地重複著枯燥的學習，期間有忍受不住退學的，有跟不上班被勸退的……但據說離開班裡之後，公司安排的也不錯，若不是生性要強，他也想就這麼算了……三年下來，班上只剩下他和另外五名同學順利畢業，同時又有兩期新的培訓班開班了，而且學員更多。
本來還應該有一年的實習期，然而這三年里，南海公司的業務擴大了十倍，已經一躍成為第三大的海運集團，就更凸顯出人才的缺口。他這個昔日的大海寇，便被直接任命為第五護航隊指揮官，麾下有五艘全副武裝的戰艦，專門在海盜最猖獗的航段巡航，半年時間完成護航五十次，遭遇海盜二十七次，二十七次擊退對手，擊沉敵船十五艘，俘獲二十七艘，俘虜兩千餘人，一時風頭無兩，大名威震南洋！
上月完成任務，回港休整後，他的護航隊便沒有再出發，而是接受了一項秘密任務——搭載一千五百名僱傭兵，出擊呂宋島！
身為新式的艦隊指揮官，林鳳對發生在周邊地區的事件極為敏感，而今年最吸引他注意力的，當屬「五峰聯軍攻呂宋」莫屬了。
自打年前，朝廷頒布諭旨，有志願前去保衛呂宋者，若能大獲全勝，可封伯爵！整個海商界沸騰了。能得朝廷封伯爵，光宗耀祖還在其次，最重要的是，能合法的在呂宋安營紮寨，控制馬尼拉——這個不亞於馬六甲的重要港口！
海商們太知道這意味著什麼了，於是過年期間齊聚台灣島，攛掇王直帶頭出兵。畢竟對方是強大的西班牙，雖然他們犯了遠離後方的兵家大忌，但沒有老船主領頭，海商們也不敢輕啟戰端。
其實徐海是更好的首領人選，但他和王直早劃分了勢力範圍，東南洋不是他的地盤，所以雖然急得抓耳撓腮，為避免得罪王直，只好望洋興嘆。
而王直這些年來，身體狀況大不如前，雄心壯志好像也跟著消散，雖然也很想拔這個頭籌，但又不想得罪西班牙人。就這麼猶猶豫豫，一直到了三月里，才終於下定決心，派手下大將、義子毛海峰率其本部，聯合各路海商，湊出六十二艘大小海船，組成兩千人的聯合艦隊，從台灣雞籠出發，出擊呂宋群島。
然而這次出擊的準備太過拖沓，已經沒有了奇襲的效果，艦隊一進入馬尼拉灣，就被西班牙人的巡邏快船發現了，很快招來了早就嚴陣以待的西班牙戰艦，菲律賓總督黎牙實比親帥艦隊給予迎頭痛擊。
既然對手早有準備，這時正確的選擇就該是暫避鋒芒，然而好勇鬥狠的毛海峰，仗著兵力遠超對方，竟也列陣展開對攻。然而戰場上，不是看誰兵多就能取勝的，海戰更是如此，這支七拼八湊起來的艦隊，雖然船數眾多，但彼此毫無配合可言，且無論武器還是戰鬥力，都遠遠不及強大的西班牙海軍——拼遠程，大炮不如人家打得遠、打得准，只能被動挨打；接舷戰，西班牙更是天下無敵，殺得他們落花流水。
雙方兩次海戰，均以毛海峰部慘敗告終，至少十五條船，五百餘人喪身海底，不得已，毛海峰只好率軍撤退。
見打跑了明國人，黎牙實比著實鬆了口氣，其實他看到那聲勢浩大的艦隊，也是倒抽一口涼氣，這萬一要是寡不敵眾，那多年的辛苦犧牲，就全都白費了。但他高興得太早，很快傳來消息，明國人並未退回台灣，而是沿著呂宋海岸北上，進入了玳瑁港，並在班詩蘭建立城寨，並憑險築壘，設炮台多處，竟有常駐呂宋的準備，並受到當地人的歡迎和支持。
卧榻之側、豈容他人鼾睡？黎牙實比雖然不是中國人，但也明白這個道理。班詩蘭距離馬尼拉只有四百里，一日不將其消滅，黎總督就一日睡不好覺。經過一段時間的準備後，他調集本國在亞洲幾乎全部可調集的兵力——五艘主力艦，三十艘快艇，六百陸戰隊，五千各族僕從軍。兵分兩路，一路從陸地攻擊，另一路從海上發起突擊，意圖給對方造成腹背受敵的威嚇。
海上突擊隊的運氣極好，他們借著夜色到達玳瑁港時，竟發現對方的戰船全都停靠在港灣中，水手們全都上岸休息，只有少數人看守，結果西班牙人輕易的整支艦隊盡數燒毀。
陸地上，西班牙突擊隊也展開了猛攻，在外圍據點打死了一百多名「海盜」……是的，西班牙人就是這樣稱呼他們。這時水上突擊隊也加入進來，對毛海峰的老巢形成夾擊。然而毛海峰畢竟是久經沙場的老將，借著萬分危急之際，他終於徹底掌握了指揮權，先命人將營寨的柵欄點燃，那裡本來就堆滿了乾草，一下就火勢衝天，西班牙人根本無法攻入。
利用這難得的喘息機會，毛海峰收攏部隊，並進行了重新的整編，撐過了最危險的第一夜。
※※※※
次日，西班牙人本計畫排成方陣進行攻堅，但毛海峰不愧是老匪出身，他依據地勢修築的據點不僅建築堅固、防守嚴密，而且配備了數門大炮和很多小炮，可謂攻守兼備的王八殼子。
相比之下，西班牙人的大炮口徑太小，而且彈藥也不夠。前線指揮官薩爾西多放棄了強攻……這是十分明智的，否則仰攻據點的西班牙突擊隊，完全可能被紅了眼的毛海峰徹底消滅。
西班牙人經過研究決定，採取圍而不打的辦法，坐待毛海峰部眾的糧草消耗殆盡，這正中了小毛同學的下懷……如果西班牙人聽說過岑港之戰的話，就萬不會選擇這個看似正確的戰略。
圍困足足持續了三個月，期間自然發生了不少激烈的戰鬥，毛海峰憋著勁兒要洗刷恥辱，因此始終親臨一線指揮，使本方始終維持士氣高漲，不僅沒有被攻破據點，還給對方造成不小的殺傷。
然而西班牙人轉攻為困，佔據了戰局和補給上的優勢，毛海峰們被死死地困在了據點內，糧食日漸耗盡。令人詫異的是，王直派出的援軍，竟只在呂宋外圍露個面，就以對方的海軍強大，無法靠近為由，施施然就返航了，似乎放棄了他們。
林鳳雖然和毛海峰有仇，但不能看著同胞被西夷剿滅而無動於衷，數度請鄭若曾派自己去玳瑁港解圍，然而都遭到了拒絕。不同意的理由只有一個——時機不成熟。
南洋公司的組織十分嚴密，沒有總裁的同意，護航隊根本出不了十六浦，林鳳只能生悶氣、干著急……終於，在他變成海邊望夫石之前，總裁大人下達了出發令。這時候，已經是六月份了。
按照鄭若曾的計畫，林鳳的艦隊將不去玳瑁港，而是迂迴馬尼拉灣，趁著西班牙人兵力空虛，直取馬尼拉，圍魏救趙！按鄭若曾估計，從澳門到馬尼拉，全部航程兩千五百里……換算成他所學的單位，就是六百七十五海里，最新型號的戰船，滿載航速十八節，兩天就能到達，所以他聯絡了當地的分公司，準備在兩天後……也就是六月十八日裡應外合，幫助林鳳部拿下馬尼拉。
然而人算不如天算，艦隊出發的第二天，遇到了一場突如其來的颱風，雖然靠著林鳳的經驗和知識，艦隊躲過一劫，只折損了二百餘人，可也偏出航線數百里，足足晚了一天才到達馬尼拉灣外圍。
已經不能執行原計畫了，生性謹慎的林鳳不敢貿然行動，決定先打探清楚再說。他早已將這裡的海圖爛熟於胸，指揮著艦隊藏匿於馬尼拉灣外，一處新月形的島嶼邊，同時派出小艇趁夜色深入馬尼拉灣，與岸上的聯絡人接頭。
第二天早晨消息傳回，公司準備製造混亂的人手，果然被西班牙當局抓獲，然而之後一天，城內並未加強戒備，守軍該回家回家，似乎只當成了尋常的騷亂事件，並未想到這是某個計畫的一個環節。
裡應外合沒有可能了，下一步該怎麼辦，林鳳和那僱傭兵指揮官陷入了思考。但很快他們便不再猶豫，因為一個突髮狀況使事情簡單起來——一艘給玳瑁港送補給的西班牙運糧船，因為船底漏水而不得不緊急偏離航道，向新月島停靠，結果被林鳳的戰艦包了餃子，船上共有二