沈默是不反王學的，相反，他他很清楚，陽明心學乃是打破程朱理學對人們思想禁錮的最佳利器，是這個時代思想變革、社會革新的最佳助推器。這種信心不是來自主觀臆斷，而是他知道後世每一次社會變革之前，必然會掀起陽明心學的熱潮，中國的戊戌變法、五四運動，乃至日本的明治維新，全都是革新派人士與傳統官學相抗衡的力量源泉，這不是偶然，而是因為陽明心學有著反對禁錮、解放思想、追求自我的現實意義。
在心學興起以前，國朝的社會思想，是程朱理學一統江山。而程朱理學的核心思想，是將綱常天理化，把「三綱五常」當作世界的本體，要人們以此作為判斷是非的標準，和自身行動的準則。受這種綱常名教的束縛，在一百多年時間裡，社會等級森嚴、異常沉悶，人們受到沉重的精神壓迫，造成了思想上的僵化、學術上的空疏、道德上的虛偽，乃至對整個社會的禁錮。
而王陽明的「致良知」學說，初衷雖然和程朱理學一樣，都是為了以倫理道德來規範人們的思想行為，但他所提倡的「良知」畢竟是發自主體內心的道德意識，從而否認了用外在規範……也就是三綱五常……來管「心」禁「欲」，這種強調自我，主張以自家的「心」去認知外間事物的學說，無疑是「滅人慾、從天理」的程朱學術的死對頭，在解放思想，張揚人性的作用方面，甚至要比西方早些時候發生的文藝復興，更加徹底和堅決的弘揚了人文精神。
這對社會進步有何重要作用呢？首先，心學強調自我認識，重視人的價值，就是提倡以人為本，反對封建禮教對人性的壓抑；二是，張揚人的理性，反對封建禮教對個人理性的貶低。在陽明心學之前，無論是黃老還是孔孟，都提倡「古之善為道者，非以明民，將以愚之。」「是以聖人之治。常使民無知無欲，使夫智者不敢為也。」、「民可使由之、不可使知之」，一以貫之的主張愚民，而陽明心學卻主張「良知之在人心，無間於聖愚」，「良知良能，愚夫愚婦與聖人同」，在道德人格上人人是平等的，沒有高低貴賤之分。
三是，在追求精神升華的同時，也肯定了對物質的追求。針對當時許多士人經商的現象，理學家們自然是大加譴責，但王陽明卻指出經商如能盡心修身「致良知」，那麼與「業儒致仕」無本質區別。無疑，這種思想為人們從事被傳統輕賤的商業，提供了正當的倫理依據。他的弟子王艮所創的泰州學派，更是提倡「百姓日用即道」，為商人治生經商的正當性提供了充分的理論保障，使經商不再是末業和賤業，而是道之所存，光明正大的，商人的社會地位因此有了儒家倫理的充分肯定。
所以無論從解放思想，還是鼓勵工商來看，陽明心學，尤其是主張「百姓日用即是道」的泰州學派，都極具弘揚價值。高舉陽明心學這面大旗，是沈默很久之前便定下的方針，所以他才會修陽明公祠，才會孜孜不倦的鑽研心學各流派的著述。
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但為何心學有這麼多的進步之處，卻沒有挽救大明走向滅亡呢？因為心學發展下去，後學者們一味否定程朱理學，繼而連帶孔孟儒學也一併摒棄，放棄了儒家本身提倡的「經世致用」和「嚴謹治學」的優良傳統，不讀書，不探討實際學問，只知談心性、參話頭，形成了終日清談的空疏學風。心學以外的諸子百家之學也都遭到了厄運，人人都去高談闊論，再沒人人肯埋頭研究了，各個領域幾乎都形同荒漠。翕翕訾訾，如沸如狂。創書院以聚徒，而官學幾廢；著語錄以惑眾，而經史不講。學士薄舉業而弗習，縉紳棄官守而弗務。後來到了萬曆年間，竟出現了政府崗位嚴重缺額的罕見現象，嚴重影響了國家機器的正常運轉，也怪不得張居正後來要禁毀天下書院了。
甚至連社會道德也淪喪了，人人打著「貴乎自我」的旗號，實際自私自利，只知自身享樂，毫無愛國之心，更無犧牲精神，這才讓泱泱大國，亡在了流賊、建奴的手下……說大明亡於心學有些過，因為那畢竟是多方面原因促成的，但王陽明確實也難辭其咎，他的「心學」核心是良知，作為本體表現為先天之知。他說：「人心之無不知，猶水之無不就下也。」也就是說，「人心無不知」，就像水往低處流一樣，是王學理論中，無需求證的必然前提，並非由後天的經驗綜合而形成。
這種界定和推論在邏輯上的合法性頗成問題，但在陽明心學中，卻被用來說明心與知之間的邏輯關係——既然「人心無不知」，既然「心外無物」、「心外無理」，那當然不需要對外界進行認識和改造，只要對本心，只需要整日枯坐高談，辯而論之，修鍊心性，便可窮究世界本源，繼而成就聖賢……這與禪宗多麼的相近啊。列寧曾經精闢地指出：「哲學唯心主義是經過人的無限複雜的、辯證的認識，而通向僧侶主義的道路。」而陽明心學，正是人類唯心哲學的頂峰。
事實上，即使是王陽明本人，也因為片面地、無限誇大「心」的作用，而使自己陷入了禪宗的泥坑。如果說，在心學形成的過程中，他還沒有完全摒棄「事功」思想的話，那麼到了晚年，已經明顯地表露出虛無主義的傾向……連開山宗師都如此，他的信徒們哪有不淪陷的道理？
要想擺脫這種宿命，跳出虛無主義的窠臼，唯有否定這種「人心無不知」的先驗論，所以沈默巧妙提出了「心無本體論」，意欲用這一命題說明，人心本來不具備任何道德與知識，想要獲得知識、提高道德，必須充分發揮心的認識作用，通過不同的途徑去認識，通過實踐與思考相結合把握真理。還進一步提出了「功夫即本體」，更是把道德和知識界定為後天學習和踐履的結果，否定有人可以生而知之。
這是對王學虛無主義的修正，消除其唯心空談的不良影響，使其化為「經邦弘化，康濟艱難」的經世之學，繼而提出「學問之道，貴在實行。聖賢之學，俱在踐履。更需於江山險要，士馬食貨，典制沿革，皆極意研究」，實際上與永嘉學派的「實學」有同工之妙，卻又有本質不同，因為他並未背棄心學……
沈默的「心無本體」與王陽明所謂「心無體」，有同根相生的意蘊，沈默並不否認「心」作為本體存在的地位與價值，但要求學者不可將「心」視為脫離萬物的絕對存在，而應看到作為天地萬物本體之心，是「變化不測，萬千不同」的。這樣就把對心學的研究重點從「致良知」，轉移到「用功夫」上，所以欲領悟「一心」之本體，必須以「功夫」去窮「萬殊」之心，惟有「功夫」實在，方達到對心本體的把握。在功夫與本體合一的前提下，重功夫而不廢本體，實現了對內自省和對外實踐的統一，比較圓滿地解決了功夫與本體的辯證關係。
這樣一來，沈默的新學說，既繼承心學的優點和長處，又摒棄了其缺點和短處，且仍然在心學的範疇。只是在沈默這裡，心對道德和知識的認知，不再是先天的前提，而是後天學習和實踐的結果，這樣除了可以消滅虛無主義，批判脫離現實之外，更為吸收別派的優秀思想，以及未來大力提倡科學，創造了足夠的理由。
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沈默在靈濟宮的講學，意味著王學又有新的一脈誕生，沈默將其稱為「實心學」。這個學說體現著濃重的沈氏風格，那就是八面玲瓏，老少咸宜，竟然各方各面誰也不得罪，且都覺著很不錯。
對於心學北宗來說，他們本身就是以「泰州學派」為主，而泰州學派就是沈默口中的「功夫派」，沈默的實心學雖然同時說「本體派」和「功夫派」的不是，但聽起來更傾向於「功夫派」，而且他的很多說法，都是來源於泰州學派，自然被視為同類。況且他所指出的，正是泰州學派始終無法成為主流的原因……如果只下工夫，不注重心的修為，難免行事脫離普遍道德，被人視為異端，自然不被主流接受……這是他們一直十分苦惱，卻沒有意識到原因的。所以蘆棚中的幾個泰州學派的長老，當場就被沈默征服了，整場講授都聽得如痴如醉，頻頻擊節叫好，等到最後，已經把他當成是承前啟後、開一代新風的宗師了。
而對於「本體派」的心學南宗長老，沈默的「心無本體論」雖然不那麼順耳，但沈默是他們的希望所在，他們寧肯認為，這是沈默在故意騙取北宗的信任，也萬萬不會拆他的台。況且哪怕將來沈默仍然堅持不變，他們也不必擔心，仍可藉助沈默搭起的平台，宣講自己的一套……就像徐階其實是「本體派」，但依然和泰州學派相互合作，各取所需，並沒有發生過衝突。畢竟大家同為王學門人，只是對一些問題的看法不同，大方向上是一樣的。
至於傳統的程朱理學家，因為沈默的學說，帶著濃重的心學修正色彩，有向理學倡導的「格物致知」回歸的色彩，所以看他要比看其餘王學門人順眼得多。
還有另外一家，那就是「實學」派，這一派講的是「經世致用」，立「事功」之學，溯源於南宋永嘉學派，當時可與理學、心學並稱，雖然近些年逐漸式微，但很多朝中大員，都是其堅定的信徒……代表人物是高拱、郭朴、朱