沈默的苦惱也是百官的苦惱，因為在相位穩定後，徐階終於騰出手來，開始刷新嘉靖朝渾濁不堪的吏治。
他首先開刀的自然是都察院，都察院御史職專糾劾百官，辯明冤枉，為反貪風紀之司，從成立的那天起，就是大明朝官僚體系的監督者，是朝廷對抗腐敗，提高行政效率的不二法寶。
然而嚴黨執政多年，早對都察院進行了數次清洗，將敢於直諫的正直之士或是罷官、或是流放，全換成自己的爪牙，將都察院變成了打擊異己、保護自我的看門狗，使其監督糾察的作用蕩然無存。許多不肯依附嚴黨的能臣清官被都察院彈劾下台，而很多無德無能，貪婪成性的庸官贓官，卻安然無恙，甚至得以高升。
所以徐階的第一步，就是給左都御史胡植挪挪地方，倒也不愧他。直接改任了大明朝最肥的差事，也是嚴世蕃一直盤踞的位置……工部尚書。嚴黨自然不甘心失敗，在廷推時竭力反對，但徐階已經是首輔，提前跟六部九卿打好招呼，尤其是在山西幫的支持下，取得了足足七成的支持票，將胡植踢出了都察院，並將右都御史劉燾順利的扶正。
徐階這回是用對人了，那劉燾雖然是進士，但靠帶兵打仗以戰功上位，生性嫉惡如仇、做事雷厲風行，絕對不怕得罪人。一上任，他便開始整治手下的御史隊伍，立上一本奏曰：「朝廷設風憲，所以重耳目之寄，嚴紀綱之任。近年以來，未盡得人，妄逞威福，是非倒置，風紀廢弛。臣請將闔院御史盡數開革；令各部院、各承宣布政使司重新保舉，務要堂上官開具實行，移咨吏部，審察不謬，方可任用。其後有犯贓及不稱職，舉者同罪！」也就是說，將都察院一百多名御史全都解職。然後令中央地方各大員重新保舉，且在任用後，如果出現犯贓或者不稱職，舉薦的人將同罪論處。
如此激進的方法，不要說嘉靖了，就連徐階也不能答應，直接將其奏本打回，命其重擬方案，並要求「緩一點」、「輕一點」，劉燾修改後，又被打回，又修改、再打回，如是再三，他終於忍無可忍了，直接找到徐階道：「這是最後的方案了，如果不答應，我就不幹了。」
徐階知道他說到做到，也不想打擊他的積極性，終於同意了他最新方案——設一年考核期，綜合考量查實的彈劾數目，以及涉案官員的分量。為所有御史排定名次，前三分之一者，將移文吏部予以晉陞，後三分之一者，將以不稱職彈劾，絕不姑息。同時命各部院、各布政使司，舉薦合適人選，並將其表現，計入推薦者的考核中。
在徐閣老的努力下，這項仍很強硬的措施，終於獲得了硃批，已經憋壞了的劉燾終於可以行動了。他將一干御史集結堂前，大聲宣讀了聖諭，黑著臉對手下一干人道：「我知道這樣肯定會招人恨，也知道你們會恨我，但既然當了御史，就不能想著左右逢源，招人怕、惹人恨就對了！」說著重重一拍胸口道：「文官補飛禽、武官補猛獸，我們胸前卻是的神獸獬豸，獬豸是什麼？專觸不直、不正、不法者！是人間正氣的守護神，是姦邪小人的『鬼見愁』！太祖皇帝賦予我們糾察百官、風聞奏事而不論罪的權力，就是希望我們能像獬豸一樣，與貪贓枉法者勢不兩立，保大明政治清明！」
「無數前輩沒有辜負太祖的期望，他們不畏強權、仗義死節，彈劾了無數巨貪蠹國者，為國除害的同時，也成全了自己百世流芳的美名，以至於人們一提起御史。便會肅然起敬，認為是忠臣、是清官！」說到這，他重重嘆口氣道：「但這二十年來，我們和光同塵，我們同流合污，甚至助紂為虐、為虎作倀，我們玷污了自己的神聖，我們喪失了自己的尊嚴和傳統……你們捫心自問，大明朝立國二百年，可曾有哪一朝的御史，比我們還差勁？」
一席擲地有聲的講話，羞得眾御史都低下了頭，劉燾這才放緩了語氣，道：「我也知道，原先嚴黨執政，都察院也在他們手中，大伙兒有心殺賊、無力回天……才人在屋檐下，不得不低頭，這是時局使然，也不能全怪大家。」剛說了兩句讓人寬心的，他又話鋒一轉道：「但現在壓制言路的人走了，沒有人剝奪咱們說話的權力了，如果還奉行『百言百當、不如一默』，甚至還給別人當槍使。那請你這就離開，本官會讓你體面的轉到別處任職。你要是選擇留下來，就得遵守御史的本分，不然休怪本官無情。本官這裡，只留志同道合的鐵骨男兒！」
無論心中作何感想，眾御史都齊聲應和道：「願與大人同志，復我御史美名！」
「好。」劉燾猛一揮手道：「眾御史聽令！」
「在！」
「自今日起，都察院全力糾察百官，凡大臣姦邪，小人構黨，作威福亂政者，劾！凡百官猥茸貪冒壞官紀者，劾！凡學術不正，上書陳言變亂成憲，希進用者，劾！」
「是！」眾御史被劉燾弄得熱血沸騰，不少人當時就衝動了，一種在大明朝愈發罕見的神聖感，竟重又孳生起來。
御史一衝動，百官就倒霉。想想吧，一百多個憋足了勁兒，比著賽著挑毛病、找麻煩的傢伙，不分晝夜的盯著你，就是雞蛋也要給你挑出骨頭來，多讓人不寒而慄啊。
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在吏部的通力配合下，這場廉政風暴，終於實實在在的刮起來了，無數官員應聲落馬，其中不乏顯赫一時的高官……
嘉靖四十一年六月，廣東道御史鄭洛，參奏大理寺卿萬采貪贓；江西道御史林潤彈劾倉場總督鄢懋卿貪贓；河南道御史陳克儉彈劾河南巡撫萬虞尤貪贓，證據確鑿，不容置辯，徐階和袁煒共同票擬「革職閑住」，獲得嘉靖皇帝批准。
次月，兵部侍郎何鰲、刑部侍郎塗立、工部侍郎劉伯躍等十多員中央、地方大臣，又遭到彈劾，再次獲得嘉靖皇帝批准。
又一月，有御史馬安詮、胡應坤等人，彈劾嚴家父子不法事二十條，要求將其父子押回京城問斬……摺子被內閣打回來，又通過司禮監的關係輾轉送上去，終於還是到了嘉靖皇帝跟前。
嘉靖這次終於不批准了，他招來徐階，不滿道：「老嚴嵩已經致仕了，嚴世蕃也發配雷州，那些人還想怎樣？非要斬草除根？怎麼就這麼不容人呢？」
徐階卻不緊不慢道：「皇上明鑒。您已經申明聖意，不許再彈劾嚴家父子，下官也反覆下文強調，不可能有人不知，卻還敢上書忤逆聖意，八成是別有所圖。」
「難道不是有人為討好你這個首相？」嘉靖冷哼一聲道。
「嚴閣老是下官的老上司，下官對他老人家，是發自內心的尊敬，嚴閣老在時，下官會每日問安；嚴閣老致仕了，學生也經常寫信，問候他老人家，恭祝他身體健康，壽比南山，這都是發自內心的。」徐階趕緊解釋道：「如果有人想要討好老臣，應該幫嚴閣老說好話才對，誰要是以為落井下石能讓老夫感激，那真是大錯特錯了。」
聽了徐階這話，嘉靖面上的寒意稍減，他知道這麼一件事兒。在徐階上位之後，他兒子徐璠曾經對他說，父親你受了那麼多委屈，還讓天下人多有誤會，應該報復一下嚴家父子，好給自己正名。徐階聞言勃然大怒，破口大罵道：「你這逆子難道不知？若無嚴閣老提攜，我能得到今天的地位，要是再敢說對嚴閣老不利的話，我就打斷你的腿！」
私下對兒子都是這種態度，面對別人是更是如此，這些嘉靖都是知道的。所以他才覺著徐階不是想整嚴嵩，而只是單純的為了使朝廷重煥新貌。如是想過，嘉靖便不再追究徐階的責任，吩咐道：「那兩個頂風作案的御史，要嚴加懲處，若是有背後的主使，同樣嚴懲不貸，絕不能姑息。」說著蒼涼的嘆息道：「有道是衣不如新人不如故，嚴惟中伺候朕三十年，該有個好下場啊……」
「是，老臣明白了。」見老嚴嵩在聖心中的地位仍如此之高，徐階心中凜然，只能恭聲應下。
待徐階退下後，嘉靖漠然坐在蒲團上，望著空蕩蕩的大殿，心裡充滿了孤獨，他竟十分想念老嚴嵩，幾十年的交情，甚至已經超越君臣的範疇，帶著點朋友的意味。嘉靖已經習慣有嚴嵩陪伴，有嚴嵩服侍，現在那條熟悉的老狗不在了，皇帝莫名惆悵起來。
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過了不知多久，陳洪輕手輕腳進來輕聲道：「主子，到晚課時間了。」
嘉靖聞言點點頭，陳洪便從香爐里提出那把小銅壺，伺候皇帝進了丹，本想告退，卻不見嘉靖入定，便輕聲問道：「主子有什麼心事兒嗎？」
過了一會兒，嘉靖緩緩問道：「嚴嵩最近過得怎樣？」
陳洪聞言面露悲傷道：「回主子，很不好。嚴閣老離京返鄉，沿途百姓知道了，紛紛趕來看笑話，處處指指點點，讓他老人家非常尷尬。竟然一路遭罵，萬般凄涼，無奈之下，只好命家人護送車輛在前面先走，自己則僅帶著管家嚴年和一個小廝在身邊伺候，三人雇一頭小驢騎著，綴在後面趕路……結果一個半月的路程，走了將近三個月，嚴閣老支撐不住，走到南昌就病倒了，到現在還在那養病，沒能返鄉呢。」